Enseignements
Après avoir enseigné à l'université Montpellier 2, notamment dans la formation de Master Bio-informatique dont j'ai été co-responsable pendant quelques années. Je suis maintenant professeur au sein de l'école d'ingénieur Montpellier SupAgro.
Principaux Enseignements et principales responsabilités liées à l'enseignement
Depuis juin 2014 je suis co-responsable (coté Montpellier SupAgro) du parcours de Master BEE (Biologie Evolution et Ecologie).
Je suis co-responsable d'UE optionnelles de deuxième année, et responsable d'une bloc d'initiation à la bio-informatique en dernière année proposée dans le cadre de la spécialité proposée par Montpellier SupAgro en amélioration des plantes (APIMET/SEPMET). Les enseignements dispensés dans cette formation sont condensée dans le temps et ainsi accessible dans le cadre de la Formation continue.
Vidéos Pédagogiques ( visible sur youtube)
voir section videos.
OFFRE de Formation Continue en bio-informatique (plus d'offres de formation Montpellier SupAgro)
Session Février 2018
Premiers pas en bio-informatique, une approche par la pratique (12-16 Février 2018)
Responsables pédagogique : V. Ranwez et JF Martin
Planning prévisionnel, procédure inscription : flyer_intro_bioinfo.pdf
La bioinformatique joue un role de plus en plus important dans de nombreux laboratoires. Cette formation est une initiation à la bioinformatique basée sur une approche pragmatique s’appuyant sur la mise en pratique par les apprenants lors de nombreux travaux pratiques tirés d'exemples réels d’analyse de donnée génomique.
Les principaux objectifs de ce module sont :
- Etre capable d’exploiter plus efficacement les ressources génomiques disponibles sur Internet (requêtes avancées et automatisation de téléchargements de données, notamment via NCBI et EnsEMBL)
- Etre capable d’analyser un tableau de données à l’aide de fonctions avancées d’Excel (formule, tableau croisé dynamique)
- Savoir se connecter à un serveur de calcul distant et y transférer des fichiers
- Connaître les commandes de base du système Linux et savoir les utiliser sur un serveur de calculs
- Avoir une connaissance des concepts utilisés par les outils de nettoyage, assemblage et mapping de reads NGS
- Etre capable de faire un blast en local et d’en filtrer automatiquement les résultats
- Bien comprendre les notions de variables, de tests et de boucles qui seront détaillées, fournissant ainsi une première base pour découvrir ensuite les langages de programmation.
L’écriture de scripts pour automatiser les analyses ne sera qu’effleurée, ce module fournit les premiers éléments clefs pour gagner en autonomie ainsi que des bases solides pour suivre d'autres formations en bio-informatique.
La formation vise une autonomie des stagiaires via une mise en situation lors de TP (qui constituent l’essentiel de la formation) portant sur des données/problèmes réels (e.g. manipulation de fichiers fasta, assemblage et mapping de données NGS). L’accent est mis sur les aspects techniques et la maitrise des outils présentés via un fort taux d’encadrement (2 ou 3 encadrants, selon les TP, pour 12 stagiaires max).
Automatiser des analyses génomiques grâce aux commandes Linux et à l'écriture de scripts (19-23 Février 2018)
Responsable pédagogique : V. Ranwez
Planning prévisionnel, procédure inscription : flyer_linux_2018.pdf
Le système d’exploitation Linux est disponible sur de nombreux ordinateurs, il offre un ensemble de commandes textuelles très puissantes qu’il est possible d’enchainer (sous forme de « script ») pour réaliser automatiquement des tâches complexes et/ou répétitives.
Les objectifs pédagogiques de cette formation sont :
i) connaître les commandes essentielles du système Linux,
ii) savoir les utiliser pour traiter des données génomiques,
iii) être capable d’utiliser un cluster de calculs pour effectuer ces traitements.
iv) savoir écrire des scripts « simples » en « bash » (le langage de base de Linux)
La formation vise une autonomie des stagiaires via une mise en situation lors de TP (qui constituent l’essentiel de la formation) portant sur des données/problèmes réels (e.g. manipulation de fichiers fasta, assemblage et mapping de données NGS). L’accent est mis sur les aspects techniques et la maitrise de Linux via un fort taux d’encadrement (2 ou 3 encadrants, selon les TP, pour 12 stagiaires max).