Al in de 14e eeuw waren er Joden in Zwolle, welke rond 1349 tijdens de pestepidemie verdwenen. Eind 17e eeuw vestigden zich weer joden in Zwolle. Begin 18e eeuw werd een joodse gemeente opgericht, Synagogen diensten vonden in privé-huizen plaats. In 1746 werd de eerste synagoge in gebruik genomen en in 1757 een gebouw aan de Librije. De nieuwe synagoge, ontworpen door architect F.C. Koch, is ingewijd in 1899. De voorgevel is ontworpen door de architect J. Gosschalk. De architectuur is eclectisch, waarbij elementen van verschillende stijlen zijn samengevoegd, de voorgevel heeft kenmerken van renaissance en gotiek. Het is een eenbeukig gebouw met aan de oostgevel een apsis waarin de arke is geplaatst. In de gevelsteen rechts boven de ingang is de tekst uit Jesaja 56-7 aangebracht, waarin de jaaraanduiding (5)659 is verwerkt, wat overeenkomt met 1899. De arke en bima zijn opgetrokken in neobarok stijl. De synagoge bood oorspronkelijk plaats aan 400 mannen en op de galerijen aan 150 vrouwen.
In de kleine synagogenruimte van dit complex bevindt zich de uit 1757 daterende ark uit de vorige synagoge in de Librije. De diensten in de tweede wereldoorlog vonden tot najaar 1942 plaats. Daarna werd de synagoge in beslag genomen en gebruikt voor de opslagplaats van meubels van gedeporteerde joden en opslag van munitie.
Het heeft in de oorlog nauwelijks schade geleden.Torarollen en een deel van de rituele voorwerpen waren verstopt. Begin jaren tachtig werd het op de monumentenlijst geplaatst en ondergebracht in de Stichting Voortbestaan Synagoge Zwolle die het gebouw weer in oude luister heeft hersteld. Bij de restauratie is de synagogen in twee delen gesplitst,
een voor de erediensten en een voor vergaderingen en culturele bijeenkomsten. De synagoge is in 1989 opnieuw ingewijd. Op de verdieping bevindt zich een kleine tentoonstelling van de joodse gemeenschap van Zwolle.
In 1995 werden gedenkstenen aangebracht met de namen van de 499 in de oorlog omgekomen Zwolse Joden.