ประวัติ
เดิมที่โรงเรียนมีชื่อว่า บือกาแลปาโฮะ เป็นชื่อท้องถิ่นแห่งหนึ่งของอำเภอยะหริ่งเริ่มแรกก่อตั้งเมื่อปี พ.ศ.2513 โดยจัดระบบการเรียนแบบศึกษาผู้ใหญ่ ต่อมาย้ายสถานที่ตั้งใหม่อยู่บนที่ราบลักษณะดินปนทราย ซึ่งเป็นที่อยู่ปัจจุบันของโรงเรียน มีเนื้อที่ประมาณ 10 ไร่ มีถนนเพชรเกษมสายปัตตานี – นราธิวาส ผ่านหน้าโรงเรียน ละเปลี่ยนชื่อเป็น โรงเรียนมุสลิมพัฒนศาสตร์ หลังจากย้ายสถานที่ โรงเรียนได้เปลี่ยนมาใช้หลักสูตรการศึกษาขั้นพื้นฐานในปี พ.ศ.2546 โรงเรียนเริ่มได้รับเงินอุดหนุนจากรัฐบาลเป็นปีแรกปัจจุบันโรงเรียนมุสลิมพัฒนศาสตร์ เป็นประเภทโรงเรียนเอกชนสอนศาสนาอิสลาม สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาปัตตานี เขต 1 ตั้งอยู่เลขที่ 100/1 หมู่ที่ 3 ถนนเพชรเกษม ตำบลบางปู อำเภอยะหริ่ง จังหวัดปัตตานี รหัสไปรษณีย์ 94150 โทรศัพท์ 0-7335-3409 , 0-7335-3494 ต่อมาในปี พ.ศ. 2542 ได้รับอนุญาตจัดตั้งเป็นโรงเรียนประเภทสอนศาสนาอิสลาม ตามมาตรา 15(2) สอนวิชาศาสนาอิสลาม ภาษาอาหรับและภาษาไทย โดยมีนายเจะอุเซ็ง มะลีเลาะ เป็นผู้รับใบอนุญาตและนายนิอาเรส แวดาโอะ เป็นผู้จัดการและครูใหญ่ในปีพ.ศ. 2544 ได้เปลี่ยนชื่อโรงเรียนจาก บือกาแลปาโฮะ เป็นโรงเรียนมุสลิมพัฒนศาสตร์ เป็นโรงเรียนราษฎร์สอนศาสนาอิสลาม ที่มีการสอนแบบบูรณาการทั้งวิชาศาสนาอิสลามและวิชาสามัญ โดยมีนายเจะอุเซ็ง มะลีเลาะเป็นผู้รับใบอนุญาต นายนิอาเรส แวดาโอะ เป็นครูใหญ่ และนายนคร อิบราฮิม เป็นผู้จัดการ ต่อมาในปี 2550 ได้มีการเปลี่ยนแปลงตำแหน่งครูใหญ่ เป็นผู้อำนวยการโรงเรียน โรงเรียนมุสลิมพัฒนศาสตร์ได้รับอนุญาตให้จัดตั้งเมื่อวันที่ 25 เดือนสิงหาคม พ.ศ.2513 สอนตั้งแต่ช่วงชั้นที่ 3 (ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 - 3) และช่วงชั้นที่ 4 (ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 46)