研究内容

Research Topics

1. 進化学：分子系統学にまつわる新規手法開発と基盤整備

   • 遠距離進化の系統解析を可能にする新手法「Graph Splitting法・Edge perturbation法」の開発（Matsui et al., Genome Biology and Evolution, 2013; Matsui and Iwasaki, Systematic Biology, 2020）

   • 近隣結合法の高精度化 —「PANJEP法」の開発（In preparation）

   • ネットワーク解析と表現型解析の結合 —「NeTaGFT」の開発（Matsumoto and Matsui, Methods in Ecology and Evolution, 2023）

   • NaviPhy（In preparation）

   • ヒトとマウスにおけるuORFの探索（Matsui et al., FEBS letters, 2006）

   • 分子系統解析の標準化（Matsui, JSBi Bioinformatics Review, 2022, Suzuki et al., Methods in Molecular Biology, 2022）

2. 微生物生態学：畑作土壌を主なターゲットとした微生物動態の解明

   • ポストコッホ生態学の樹立（Matsui M., 日本微生物生態学会誌, 2022）

   • 輪作圃場における土壌微生物叢の動態（Morigasaki, Matsui et al, Scientific Reports, 2024）

   • ラマン分光による1細胞識別技術の開発（Kanno et al., iScience, 2021; Kanno et al., STAR Protocols, 2022）

3. 表現型解析：Trait-based approachの推進

   • 表現型予測インターフェース「Bac2Feature」の開発（Fujiyoshi et al., Bioinformatics Advances, 2025）

   • 至適増殖温度予測モデルの開発（Toki et al., mSystems, 2026）

4. データベース開発：微生物を主なターゲットとした解析基盤の整備

   • MAGデータベース「Microbiome Datahub」（Mori et al., Microbiome, 2026）

   • 大腸菌のsRNAデータベース「ECSBrowser」（Shinhara et al., BMC Genomics, 2011）

5. 弓道：小笠原流

   • 段位：四段

   • 弓：直心IIカーボン20kg