Research topics

ようこそ。ここは吉田真明の研究内容を紹介する個人ページです。

隠岐臨海実験所の利用申請や共同研究に関してはHPか、以下のリーフレットを参考にしてください。

「利用の手引き」印刷用ファイルはこちら（pdf 8,623KB)

さらに、研究内容は以下のweb記事もご参照ください。

ココリコ田中はなぜ“頭足類”に魅了された？　『タコ・イカが見ている世界』著者・吉田真明に聞く最新研究

取材対応　佐藤喬週プレNEWS 「まるでエイリアン！？イカがセントラルドグマを逸脱していた」週間プレイボーイ (29) 2021年7月9日

AMED国際戦略推進部 HFSP獲得セミナー～HFSP Research Grantsプロポーザル作成のコツ～

実験所の共同利用について

以下の研究内容について、また実験所周辺で採れる生き物について (ヒメイカ、コウイカ、アオイガイ、マダコ、ヌタウナギ、タコノマクラ、ベニクラゲムシ、カブトクラゲなど)、共同研究・情報共有・採集依頼などがあれば下記のメールアドレスまでご連絡ください。

また、下記の施設は、共同研究を目的とする場合、隠岐臨海実験所の共同利用施設としてご利用いただけます。

ナリシゲマイクロインジェクションシステムMN-153+１軸油圧マニピュレータ＋電動インジェクター、ナリシゲプラー、冷却器付きオーバーフロー水槽３基、屋外円形水槽(200L)、集合水槽、ＯＬＹＭＰＵＳ蛍光顕微鏡BX-41、簡易クライオスタット(リラトームREM-710)、PCR, 冷凍庫など

e-mail: okimbs"at"life.shimane-u.ac.jp ("at" を@に変更してください)

研究室紹介2020卒研配属S.pdf

最新の研究テーマ：極端寿命と自殺的生殖（セメルパリティ）の進化

「寿命は種ごとに規定された固定的属性である」というイメージに反して、自然界には数日で一生を終える生物から数百年に及ぶ超長命種まで、極めて広範な寿命多様性が存在する。さらに、若返り現象、休眠・冬眠、発生停止、自殺的生殖など、生物が生きる時間の進行そのものを劇的に変化させる現象が数多く知られている。寿命は単なる「長い／短い」ではなく、「止める／遅らせる」「巻き戻す」「短縮する」といった多様な時間可塑性を示す。

そのなかでも、頭足類（イカ・タコ類）の多くは、繁殖後に摂餌停止、行動変化、および筋組織の退縮を伴って急速に衰弱し死に至る「自殺的生殖」を示す。この現象は終末的単回繁殖とも呼ばれ、生涯に一度の繁殖開始を契機として、栄養を１回の繁殖に全投下して終末段階へ切り替わることを示唆する。一方で、繁殖に溢れたタコが例外的に１年以上生存する例や、タコ類で複数回産卵する種が存在する例外も知られ、「自殺的生殖」には進化の過程で改変可能な、寿命を切り替える機構があると考えられる。私たちはイイダコを研究モデルとして、繁殖開始を契機に寿命相転換が起こる自殺的生殖（セメルパリティ）の分子・ゲノム基盤を明らかにし、近縁の深海性タコ類との比較から、その進化過程を検証します。

最新の研究成果：コウモリダコの巨大ゲノム解読

コウモリダコの約12 Gbpに及ぶ巨大ゲノムを解読し、イカ・タコ類の染色体進化をつなぐ重要な手がかりを得ました。現生タコ類のゲノムが、染色体融合とその後の再編成によって形成されたことを示した成果です。

Yoshida et al. (2025), iScience 28(11): 113832. https://doi.org/10.1016/j.isci.2025.113832

Hidden/deep homology found in re-appearance phenomena of Argonauta shells

Argonaute octopuses, also known as the paper nautiluses, form own outer shells and harvest the eggs in the shells. It is clear that the argonautes acquired the shell again since the ancestral octopods have lost the outer shell. This is contrary to Dollo's law, proposed by paleontologist Louis Dollo, that is "an organism never returns exactly to a former state”. The mechanism that the argonautes were able to form the shell, especially the genetic background, has not yet been elucidated. Regarding the responsible genes of shell formation, the argonautes possibly 1) lost the shell-forming genes, but developed novel type of shell-forming genes or 2) recruited the shell-forming genes through the shell-less octopuses keep the gene sets in the genome.

Argonauta argo and A. hians are often found around the Oki Islands, Shimane, Japan. We clarified the shell-forming genes by using bioinformatics and transcriptome analysis of the two species. The transcripts were reconstructed from the RNA-Seqs from the first arm, the second arm, and mantle, and compared the gene expression among those tissues. Homology searches found 45 shell-forming genes, showing homology to that of bivalves, snails, and Nautilus, in the two argonautes in common. It was also revealed that the shell-forming genes are present not only in the first arm, which was believed to secrete the shell but in the other sites. Phylogenetic analysis revealed that the homologs of shell-forming genes were also kept genome of California-two-spot octopus (Octopus bimaculoides) as well. From these results, our data support hypothesis 2), the shell-forming genes are preserved even after the octopus has lost the outer shell and are not used in the shell formation process in common octopus.

Training course of Bioinformatics in Japanese Marine stations

We set up a research group called "Rinkai Hack" with a few volunteers to promote research education and human resources exchanges beyond the boundaries of animal/ plant research and informatics, with marine stations as the primary places of activity. Rinkai Hack is a name that means, loosely, "hack at the seaside." (There is not a perfect translation for "hack"; it means to disassemble something and create something new). The word "hackathon" (hack + marathon) is starting to become known as a label for events at which information technologists get together somewhere to focus on programming and share data. Caching on to this word, we hack marine stations to explore the way of research that exploits the potential ability of there.

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