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書籍
葉高華，2023，《強制移住：臺灣高山原住民的分與離》。臺北：臺大出版中心。第46屆巫永福文化評論獎（簡介，幕後，勘誤）（被引用：23）
葉高華（編著）、蘇峯楠（轉譯圖繪製），2017（2022再版），《十八世紀末御製臺灣原漢界址圖解讀》。臺南：國立臺灣歷史博物館；臺北：南天書局。第42屆金鼎獎優良出版品推薦 （網路GIS，修訂序，認識番界）
期刊論文（匿名審查制）
葉高華，2022，〈平埔原住民與漢人通婚的歷史人口分析（1905-1945）〉。《新史學》33(4)：173-215。（全文，幕後）
葉高華，2022，〈福佬—客家邊界的跨語族通婚（1905-1945）〉。《人文及社會科學集刊》34(4)：745-780。（全文，幕後）
葉高華，2021，〈從解密檔案重估二戰後移入臺灣的外省籍人數〉。《臺灣史研究》28(3)：211-229。（全文）（被引用：32）
Chen, Wei-Lin, Sue-Yeon Song and Ko-Hua Yap, 2021, “The Unintended Consequences of the Pandemic: The New Normal for College Students in South Korea and Taiwan.” Frontiers in Public Health 9:598302. (Full Text)
吳秋園、葉高華*，2021，〈高中班級內友誼網絡與課業諮詢網絡的生成〉。《調查研究—方法與應用》46：161-191。（全文，幕後，報導）
Lin, C., S. Chen, Y. Chuang, W. Yang, J. Wilkerson, Y. Hsieh, K. Yap, and Y. Huang, 2020, “A Longitudinal Historical Population Database in Asia. The Taiwanese Historical Household Registers Database (1905–1945).” Historical Life Course Studies 9: 218-227. (Full Text)
葉高華，2018，〈大學多元入學是否有利「家境好」的學生？〉《臺灣社會學刊》64：171-195。（全文，影片，報導）（被引用：39）
葉高華，2017，〈臺灣民眾的家庭語言選擇〉。《臺灣社會學刊》62：59-111。（全文）＃另收錄於：張維安編，《客家與文化公民權》（新竹：交通大學出版社，2019），頁211-257。（被引用：70）
葉高華，2017，〈當纏足遇上天然足：族群融合與社會壓力〉。《民俗曲藝》197：107-133。（請參考《臺灣族群史解謎》第二章）
葉高華，2017，〈從山地到山腳：排灣族與魯凱族的社會網絡與集體遷村〉。《臺灣史研究》24(1)：125-170。（被引用：68）（請參考《強制移住》）
葉高華，2016，〈分而治之：1931-1945年布農族與泛泰雅族群的社會網絡與集團移住〉。《臺灣史研究》23(4)：123-172。（被引用：72）（請參考《強制移住》）
葉高華，2013，〈排除？還是放棄？平埔族與山胞身分認定〉。《臺灣史研究》20(3)：177-206。（被引用：44）（請參考《臺灣族群史解謎》第五章）
葉高華、劉孟奇，2013，〈再探鐵路對於20世紀初臺灣農業生產的影響〉。《經濟論文叢刊》41(3)：251-277。（修訂版）
Chen, Yu-Wen, Ko-Hua Yap and Joey Ying Lee, 2013, “Tianditu: China's first official online mapping service.” Media Culture & Society 35(2): 234-249. (Full Text)
葉高華，2013，〈日本時代集團移住對原住民社會網絡的影響：新高郡的案例〉。《臺灣文獻》64(1)：105-127。（被引用：30）（請參考《強制移住》）
葉高華，2013，〈社會脆弱性可解釋九二一地震死亡率分布嗎？〉《思與言》51(1)：135-153。（全文）（被引用：23）
Yap, Ko-Hua, Yu-Wen Chen and Ching-Chi Huang, 2012, “The Diaoyutai Islands on Taiwan's Official Maps: Pre- and Post-1971.” Asian Affairs: An American Review 39: 90-105. (Full Text)（片段1，片段2，片段3）
Yap, Ko-Hua, 2011, “Incorporating Local Contexts into Explaining Voting Behavior in Taiwan.” Issues & Studies 47(2): 119-149. (Full Text)（科普）
其他出版文章
葉高華，2025，〈導讀：去留之間——前往保留地的途中〉。收錄於：《日治時期森林計畫事業區分調查史料：林野調書上卷》（南天書局）。（文字）
葉高華，2025，〈高雄的人口變遷與移民構成（1920～2020）〉。收錄於：李文環主編，《世紀高雄：城市變遷與未來願景》（高雄市立歷史博物館），頁150-177。（全文）
葉高華，2022，〈得票率如何誤導人？從催票率看藍綠勢力消長〉。收錄於：菜市場政治學共同編輯群，《菜市場政治學EP2：民主方舟》（臺北：左岸文化），頁176-181。（網路初稿）
葉高華，2021，〈臺灣的日式地名〉。《在地》2：117-123。（全文）
葉高華，2020，〈1920年地名大變革〉。《臺灣學通訊》116：8-11。（全文）
葉高華，2018，〈再論十八世紀末臺灣的四組地名〉。《歷史臺灣》16：159-169。（全文）
葉高華，2018，〈外省人的人數、來源與分布〉。《臺灣學通訊》103：15-17。（被引用：38）
葉高華，2017，〈跨界的學術困境：評《挑釁的提問：台灣研究的歷史與社會探索》〉。《台灣社會學》34：183-190。（全文）
葉高華，2017，〈部落土地重疊的歷史根源〉。《原住民族文獻》31：38-43。（全文）
葉高華，2017，〈分而治之：日本時代原住民的集團移住〉。《臺灣學通訊》99：22-23。（全文）
葉高華，2016，〈從原住民族分布圖談起〉。《人文與社會科學簡訊》17(4)：19-26。（全文）
葉高華，2014，〈搖搖欲墜的臺灣民主？從民主態度調查談起〉。收錄於：王宏仁編，《巷仔口社會學》（新北：大家出版），頁14-21。（網路版）
葉高華，2012，〈為什麼沒有一起變老？從地圖看台灣城鄉人口差異〉。《人籟論辯月刊》89：18-21。（網路版）
葉高華，2011，〈解讀日治時期臺灣統計地圖〉。《臺灣學通訊》59：8-9。（全文）
葉高華，2009，〈住南住北有差別—流行病傳播的地理因素〉。《人籟論辯月刊》63：40-41。
網路文章
葉高華，2025，〈稻米，文明化與強制移住〉。歷史學柑仔店。
葉高華，2024，〈「大家都是平埔族後裔」的神話與現實〉。歷史學柑仔店。
葉高華，2020，〈瘟疫的長久烙印──回顧100年前西班牙流感蔓延時的台灣〉。思想坦克。
葉高華，2018，〈別再漂了，來談真正的人口遷移〉。巷仔口社會學。
葉高華，2015，〈考大學及其背後的故事—以中山大學為例〉。巷仔口社會學。
葉高華，2013，〈網路地圖與公民社會〉。巷仔口社會學。
地圖出版
「1930年山地原住民部落」、「2000年山地原住民部落」，收錄於詹素娟，《典藏台灣史（二）台灣原住民史》（臺北：玉山社，2019）。
歷年行政區圖20張，收錄於林修澈編，《重修竹南鎮志》（竹南鎮公所，2018）。
「1920年行政區」、「1920-1945年臺北州行政區」，收錄於王泰升，《去法院相告：日治台灣司法正義觀的轉型》（臺北：臺大出版中心，2017）。
「2000年山地原住民部落」，收錄於周婉窈，《臺灣歷史圖說（三版）》（臺北：聯經，2016）。
清代行政區圖6張與漢人原鄉分布圖，收錄於周婉窈，《少年臺灣史》（臺北：玉山社，2014）。
清代行政區圖6張，收錄於林慶彰、蔣秋華編，《清領時期臺灣儒學參考文獻》（永和：華藝，2013）。
「1909年8月行政區」，收錄於翁佳音、陳怡宏譯，《平埔蕃調查書》（臺南：國立臺灣歷史博物館，2013）。
日本時代行政區圖5張，收錄於藍奕青，《帝國之守：日治時期臺灣的郡制與地方統治》（臺北：國史館，2012）。
歷年行政區圖8張，收錄於潘英海等撰述，《國姓鄉志》（南投：國姓鄉公所，2012）。
「1918年流行性感冒疫情」分布圖，收錄於《臺灣學通訊》70（2012.10），頁9。
日本時代人口統計地圖3張，收錄於《臺灣學通訊》69（2012.9），頁5、8、9。
日本時代農業統計地圖5張，收錄於《臺灣學通訊》61（2012.1），頁2、9、10。
「1915年阿片吸食率」分布圖，收錄於《臺灣學通訊》45（2010.9），頁6。