Linux
Némelyik kísérletvezérlő, elemző program, stb. nem fut Windows alatt, amely a Windows felhasználóknak problémát okozhat. További okoból is a Linux különösen népszerű az idegtudósok közt (egy másik adatot lásd itt). Több Linux változat között válogathatunk. A Linux disztribúciók egyik jellegzetessége, hogy amelyik friss csomagokat tartalmaz, az gyakran valamivel instabilabb és több hibát is hordoz egyben, míg a stabilabbak régebbi csomagokat tartalmaznak. Az alábbi táblázat segít a kutatók által leggyakrabban használt disztribúciók közti eligazodásban.
Frissebb csomagok, de több hiba
Stabilabb rendszer, de régebbi csomagok
CentOS (A Red Hat EL ingyenes változata)
Ha valaki most ismerkedik a Linux rendszerekkel, akkor érdemes lehet Linux Minttel kezdenie, mert
ezt a rendszert sokan használják (a 2. legnépszerűbb Linux disztribúció), így könnyű támogatást szerezni hozzá
sok idegtudományi és kutatáshoz szükséges szoftver támogatja
sok olyan mindennapos használathoz szükséges dolog be van állítva, amit a többi rendszernél nekünk kell megtenni, amellyel egyébként a kezdők egy-két munkanapot könnyen eltölthetnek vele.
Debian, Ubuntu és Mint használóknak óriási segítséget jelent a Debian Neuroscience Repository. Ennek segítségével néhány kattintással telepíteni tudjuk a legtöbb elemzéshez használandó programot, és a továbbiakban a frissítéssel sem kell bajlódnunk.