Сказочка bioALgebr1

Сказочка bioALgebr1 из канала # cellbook

https://chat.molpit.org/channel/cellbook

13/2/2017

bioALgebr1 - это первая попытка разработать символьный биологический анализ, если угодно, в каком-то смысле, "биологическую алгебру" деления и развития клеток для проекта CellBook. Символьный анализ есть на Maple и MapleSim, однако это программное обеспечение инженерных расчетов с уже разработанной "инженерной алгеброй". После запуска bioALgebr1 без обсуждения с Иваном в полном тупике. Хотя сразу после семинара обсуждение с Антоном "биологического умножения" дало некоторые варианты записи для "биологической алгебры". Чуть подробнее. В субботу 11/2/17 на семинаре как бы походя, была высказана простая мысль. Если у нас два типа связей, которые могут образоваться и разорваться, то у нас есть только физическая модель. Взяв полимер в растворители и даже несколько разных полимеров получаем химическую модель. И лишь когда мы возьмём распределение множественных связей со своим распределением по типам, энергиям и характерным расстояниям, то всё это уже становится биологической моделью, но только при том условии, что существует уровни ниже и уровни выше, на которых имеют место не менее простые, и даже более сложные типы взаимодействий. Конечно, без образа паттерна и процессов его передачи невозможно построить формальную биологическую модель. Но такие модели надо пытаться строить, чтобы создать некоторые канонические модели, преобразования в которых будут определять "биологическую алгебру". Антон спросил о биологическом умножении. Ответ опять-таки родился сам собой. Умножение (множенные клетка) вместе с делением и приростом (или без - чистое дробление) массы и увеличением разнообразия типов экспрессии. Биологи называют это развитием. То, что предложено выше - это одна из попыток построить биологическую модель развития. Необходимо подчеркнуть важность беспокойных состояний и процессов созидания нового.