普教中影響
學童成長層面
對語言發展有負面影響
學童容易產生語言混淆情況，即「詞彙干擾現象」，令學童廣東話語音及詞彙受普通話影響，出現粵普混合嘅情況，如情況更嚴重，學童甚至不能以粵語流暢朗讀課文及表達。例如「佢推我張桌子(zhuōzi)」、「我想飲(yìn)水」等。
坊間某部份普教中教材，甚至部份學校編撰之校本普教中教材，當中普通話詞彙並不符合普通話母語者使用習慣，例如：
1) 有普教中教材指香港街頭小食「魚旦」，普通話應為「魚肉丸子」，但普通話使用者其實叫「魚旦」作「魚丸」(yúwán)，並非如教材描述一般累贅；
2) 有教材指「埋單」為香港口語用法，普通話叫「結帳」，惟事實上「埋／買單」及「結帳」均為普通話使用者常用講法；
3) 亦有普教中學校中文老師只准學生用「掏出來」非「拿出來」、「擠迫」必需寫作「擁擠」，只因該教師主觀相信此種寫法與普通話用法相同，懵然不知「掏出來」與「拿出來」各有意思，各有用處，「擠迫」一詞亦常見於港中台星馬等地華語媒體及政府公文，「擁擠」與普通話一樣之說完全無中生有。
普教中學校或有心或大意扭曲中文詞彙及語言習慣，因此接受普教中學童，可能需要應付課堂規矩，習慣避用「學校認可標準中文」以外之詞語，以致語彙量減少，表達能力下降。學童日常說話(無論使用廣東話或普通話)時，亦因為校內訓練，避免使用廣東話常用詞組及語言習慣，漸以北方詞彙取代本來香港用詞，例如「冰淇淋」取代「雪糕」(「我想食冰淇淋」、「媽媽到街市買西紅柿」)。
有學者指，過早學習拼音，學童容易將之與英文字母混淆，出現使用音標串法代替英文串法現象，導致香港學童英文水平進一步下降。
不良標籤破壞學童正確價值觀
如學校於個別班級推行普教中，轉用普通話組別嘅學生多數為本身語文能力較好之學生(學校通常在精英班推行)，非但不能證明普教中能否改善學童中文，此舉亦以實際行動，直接將接受正常廣東話之學童貶作次等人，無理損害學童自尊，向學童灌輸違反平等價值嘅語言觀念。
有學校除由校長至校工都拒絶與學童以粵語溝通外，甚至訂立惡法，禁止學童使用粵語，鼓勵學童之間互相告發使用粵語者。此舉除嚴重損害學童正常語言自信，學童正常社交生活亦會因此遭受毀滅性打擊，長遠養成學童多疑性格，無益於社會。
學校層面
教學效益不彰
如果考慮學習成效，語文科必然要以母語教授。由於普通話對大部份香港學童而言並非母語，故此大部份小學會挪用一至兩年時間，集中訓練學童普通話拼音。以致投放過多時間作語音訓練，語文科淪為單純普通話口語演練，犧牲原本可以用作語文訓練嘅寶貴時間。本地成長嘅中文教師亦都唔可以好似喺佢哋用廣東話教中文時一樣順暢噉將自己成功嘅中文學習經驗傳受畀學生，令中文學習嘅學術傳承受阻。即使中文有進步，亦只限於語彙使用時，因評卷標準中之「書面語」與普通話較為一致，似會減少「口語入文」現象。惟整體文章舖排，邏輯思維，文字賞析等能力，或會因為相對缺乏訓練而受損，削弱讀寫能力，而損害會隨學童成長逐漸浮現。
2016年公佈香港教育大學之普教中研究，亦印證上述推論：中文科以普通話上課時，教師會注重課文朗讀，忽略講授課文內容，「為讀而讀」情況十分普通；而接受正常廣東話教中文課程學生，於中學二年級之後寫作表現較普教中學生優秀。
再加上，本地學童普通話語速、接收能力遜於廣東話，會減低學生主動性，學生被迫用較陌生嘅非母語同教師／其他同學交流，減低學習意欲，亦會減低課室管理成效。早於2002年培道小學研究指出，轉用普通話後中文科成績倒退或不變。有曾試行普通教中文之學校，檢討後發現整體成效未見顯著，遂回歸廣東話教中文，恢復正常。
另外，對母語並非廣東話嘅少數族裔學童而言，普教中實際上亦阻礙佢哋融入以廣東話及繁體字為主嘅香港社區，失去日常生活中應用中文嘅機會。
損害本地教師權益
本地教師多以廣東話為母語／生活語言，廣東話表達能力遠較普通話佳，亦方便管理課室，以廣東話上課，絶對好過用普通話上。
不過一旦中文科更改教學語言，中文教師亦被迫犧牲備課及個人時間進修，以符合普教中額外所需資格，否則工作不保，使教師工作壓力增加。
學校因為推行普教中政策，或需要以重金聘用中國教員，增加原來非必要開支；或以較寛鬆條件，以較低價聘用教育資歷成疑嘅中國人為教師。
除聘請中國教員教授中文科，有部份學校更於其他科目改成以普通話教授，甚至全校各科(除英語)均使用普通話教授，學校可能會因此而考慮聘用更多以普通話為母語之教員，長此下去會損害本地(多數以廣東話為母語)教師生計。
語言政策混亂
過往香港小學一向採取母語教學原則。即便是英文中學，亦多數以廣東話及英語並行教授。不過有學校明知普教中成效成疑，但仍可能因資助來源及其他壓力，需要繼續進行普教中，遂將「普教中元素」滲入中文課堂，或不定期取消正常班別，以撥出資源開設普教中作應付行政需要。此舉損害學童學習穩定，亦令家長難以完全了解校務運作。
家庭層面
有學者曾指出，學童習慣以普通話溝通，廣東話母語之家長未必能夠與子女流暢交談，選擇噤聲，久而久之，會削弱家庭關係。父母與子女關係疏離之家庭，子女會較容易誤入歧途。
根據消費者委員會調查發現，普教中課本通常都貴過正常中文課本，增加家庭開支，加重家庭經濟負擔。
社會層面
破壞香港語言生態
有學校為令學生「更習慣使用普通話溝通」，以「創造普通話語境」名義，普通話將會成為校園環境正式語言。部份學校甚至禁止使用廣東話，要求學生於校內用中文交談時，一定要用普通話，包括早會、甚至課外時間。
由於普教中學校施行對廣東話帶有歧視及敵意之語言政策，學童習慣於校內必需使用普通話，潛移默化至身處校外環境時亦經常使用普通話與人溝通，將校內語言習慣帶到家中、社區，引發其他社會成員轉變語言慣習，造成「漣漪效應」(ripple effect)，整體上完全改變社會語言面貌與分佈。
部份家長或為配合校內語言習慣，或為催谷子女成績等，遂於家庭環境中放棄使用母語，改以普通話取代。此舉一如上世紀香港家庭棄用圍頭話、潮州話、福建話等，用廣東話取代，促成家鄉母語於香港社區大範圍消失。相信現時家庭遷就學校語言習慣棄用廣東話，亦會使廣東話漸步圍頭話、潮州話、福建話等之後塵。如情況持續，長遠而言，廣東話會淪為劣勢語言，最後消失，連帶語言所承載之香港文化亦難倖免。類似情況曾發生於中國境內，大量語言如上海話、山東話、甚至藏語等，因新一代教育語言轉變，加上政府向民眾灌輸歧視母語訊息，下一代人漸漸失去母語能力，依賴語言傳播之地方文化面臨失傳危機。
人口改變影響社會政治價值
普教中學校會向中國招聘教師，增加中國來港人口。根據黃鶴回、馬嶽、林蔚文於2016年9月頭發表之學術文章，中國移民來港人口於政治意識上較傾向保守傳統。移民人口數量龐大，使之成為有極重 要戰略價值之政治資源，極大程度上會顯著改變移民人口接收地區之主流政治取態。如果文章立論及結論正確，因普教中為香港直接及間接帶來之社會及人口轉變，勢必對推動香港政制發展帶來大量不穩定因素。