La construction de la chapelle puis de l'église:
L'abbé Aubin né à Vannes en 469 connaissait bien la source de la Renarde où il venait se rafraîchir à l'occasion de ses voyages à Paris, Arles, Sens et Angers dont il fut l'évêque. Il fit ériger une petite chapelle sur les ruines d'une villa romaine où les lapins étaient rois - on les appelait les conins et c'est la raison pour laquelle on appela les habitants "villa conings" qui deviendra Villeconin (cela étant une version proposée par certains historiens).
On ignore si l'église actuelle a été bâtie sur les vestiges de cette petite chapelle. L'abbé Aubin (moine à Vannes puis abbé à Tincillac est devenu par la suite Evêque d'Angers en 529, en raison de ses nombreuses qualités reconnues.
L' église fut placée sous le vocable de Saint Aubin et de Saint Thibault de Marly abbé des Vaux de Cernay comme patron en second.
Peu à peu, les seigneurs successifs l'embellirent, l'agrandirent. Jadis elle faisait partie du diocèse de Chartres et appartenait à son chapitre, cédée par échange en 1185, en cette année, Renaud, évêque de Chartres, donne à la maison de l'Hôpital Saint Jean de Jérusalem (commanderie de Chauffour) l'église de Villeconin, sous la condition expresse que les frères renoncent au projet de bâtir une église et d'avoir un cimetière dans la ville de Chartres.
La commanderie avait souhaité plusieurs fois mettre ce projet à exécution avant d'accepter la proposition de l'évêque.
A Villeconin, le commandeur a la collation de la cure avec toutes les dîmes de la paroisse. Remarquons que la chapelle de Fourchainville (hameau de Villeconin), qui appartient jusqu'en 1215 à Guillaume Menier, châtelain d'Etampes, entre, à partir de cette date, dans les possessions des Hospitaliers. C'est un religieux de l'ordre la chapelle.
L'église a appartenu aux Hospitaliers jusqu'à la Révolution. Les archives communales notent que Michel Chrétien de Rotrou, Seigneur de Saudreville, Fourchainville, Villeneuve et autres lieux, décédé le 10 novembre 1779, a été inhumé le 12 novembre 1779 dans le cimetière du lieu par François Matran, prêtre religieux de l'Ordre de Saint-Jean-de-Jérusalem, prieur, curé de Villeconin.
D’après Maxime Legrand et Léon Marquis, un premier édifice aurait été construit au début du XIIème siècle, dont subsisteraient le clocher (à deux niveaux avec ses baies romanes et les piliers massifs visibles dans le bas-côté sud), et le pilier sud du chœur (avec les têtes sculptées sur sa base).
La Guerre des Cent ans (1337-1453):
L’église Saint Aubin, comme de nombreuses églises est dévastée et pillée, notamment au cours du conflit qui oppose les Armagnacs et Bourguignons . L’édifice est partiellement détruit à cette époque, le clocher subsiste.
Fin XVème siècle:
L'église est en reconstruction. D’après Maxime Legrand et Léon Marquis, à cette époque auraient été édifiées les grandes arcades et les voûtes à nervures pénétrantes. Ces travaux ont du être financés par les paroissiens et par les famillesseigneuriales de Villeconin, dont on retrouve aujourd’hui les armoiries en clefs de voûtes, sur quelques vestiges de pierres tombales ou sur la litre funéraire (vestige situé au droit de l’escalier menant à la tribune, aux armes de la famille de Rotrou).
D’après Maxime Legrand et Léon Marquis, les portails dateraient de la fin XVème ou du début XVIème siècle. On peut imaginer que les hospitaliers ont construit dès le XII ème non seulement une église mais une habitation pour le curé, voire quelques dépendances.
Dans l’acte d’achat de 1622, est mentionné un ancien presbytère situé au nord de l’église. Sur l’inventaire de 1789 il est écrit que « ces espaces n’existent plus ». Aujourd’hui on peut émettre l’hypothèse que la porte murée à la 4e travée du bas-côté nord serait la porte du presbytère médiéval.
XVIIème siècle:
La cloche est datée de 1604, elle fut offerte par Marie Arbaste Cochefillet. Les inscriptions autour d'elle indiques : "l'an 1604 je fus faite et nommée Marie bénie par le curé de Villeconin Louys Guibourt".En 1622 le curé, prieur hospitalier de st-Jean, achète un ensemble de bâtiments situés au nord de l’église, dont le plus proche est distant d’à peine 1,55 m de celle-ci, organisés autour d’une cour accessible du chemin allant à St-Yon, et pourvus de jardins, dans le but d’en faire le presbytère.
Ces bâtiments resteront le domaine privé des hospitaliers jusqu’à la Révolution. Ils pourraient correspondre à ceux figurés au plan terrier de 1753 et à la carte de 1784, que l’on retrouve au cadastre 1825. Sur le plan 1860 concernant un échange entre M. Jouvin et la commune, les bâtiments semblent avoir été divisés, voire reconstruits.
XVIIIème siècle:
Au cours du XVIIIème siècle, Villeconin et son église sont inondés plusieurs fois à la suite de violents orages. En 1711 le mobilier de l’église est renversé et le sol recouvert de limon.
En 1735 et 1753, les caveaux situés dans l’église sont défoncés.
En 1780 l’orage de grêle cause d’importants dégâts au mobilier de l’église, les eaux montent jusqu’à une hauteur de 2,35 m à l’intérieur de l’édifice ; le presbytère est également inondé.
A la veille de la Révolution on compte quatre châtellenies sur le territoire de Villeconin : le château de la Grange, en ruine, le château de Villeconin, propriété de la famille de Talaru, comtes de Chamarande, le château de Saudreville, propriété de la famille de Rotrou, le château du Fresne, propriété de la famille de Barville.
La Révolution:
En 1792 le conseil communal décide de supprimer de l’église toutes armoiries, l’ordre est exécuté partiellement puisque certaines subsistent aujourd’hui aux clefs de voûtes.En 1794, la commune de Villeconin est autorisée à utiliser église et presbytère pour ses propres besoins. Le presbytère et ses jardins sont vendus à deux particuliers en 1794 et 1796.Le culte étant rétabli, un décret du 28 août 1808 donne à l’église le titre de succursale, la commune étant dépourvue de presbytère.
XIXème siècle:
En 1818, l’église est rétablie en église paroissiale, la commune étant autorisée à acheter une maison pour la convertir en presbytère. Cette maison, située au sud de l’église, de l’autre côté de la rue, abrite la cure jusqu’en 1908, puis est louée à des particuliers jusqu’en 1978, date à laquelle la commune décide la convertir en foyer rural puis en mairie. En 1833 la commune acquiert un bâtiment et ses dépendances pour y établir l’école.
En 1836, le Conseil municipal vote la translation du cimetière au sud-est du village (des plans entre 1846 et 1890 illustrent l’aménagement et l’agrandissement du nouveau cimetière).
En 1852, pour assainir l’église et la protéger de l’humidité des terres, de « larges fossés » sont creusés autour de l’édifice.
Les fossés sont améliorés et partiellement clôturés d’une grille de fer forgé, en 1859.
Malgré les fossés, suite à de violents orages, en 1873 on note « 2 m d’eau à l’intérieur de l’église » et 30 cm de boue empêchant de pénétrer dans l’édifice, en 1875 on note 66 cm d’eau dans l’église.En 1867, sur l’emplacement de l’ancien presbytère (situé au nord de la l’église), projet de mairie-école, il ne sera réalisé qu’en 1871. Pose de la pompe à incendie sur l’ancien puits (pompe actuellement conservée dans la cour de la mairie).
En 1884, travaux de réparation de couverture de l’église.
A la fin du XIXème siècle, l’état de l’église, du clocher et du presbytère nécessite de nombreux travaux de réparation comme le fait remarquer, en 1896 et 1897, M. Bruneau, président de la fabrique dans ses courriers au préfet.
XXème siècle:
En 1926, l'église est inscrite à l’Inventaire supplémentaire des monuments historiques par arrêté du 6 mars 1926.De 1932-1934, des travaux de restauration de la toiture (couverture et charpente) de l’église sont envisagés.
Dans son devis descriptif, rédigé le 15 mars 1932, Fourgeau, architecte à Etampes, prévoit le remaniement des égouts et le rejointoiement en ciment portland au dessus des contreforts, « sur les éperons et rampes en pierre de taille lorsqu’il est nécessaire », la démolition de la couverture zinc (visible sur des cartes postales du début XXe) du passage vers la sacristie et sa reconstruction « en terrasse ciment ».
En 1934, suivant un projet de l’architecte Fourgeau, l’emmarchement de l’entrée occidentale est avancé d’environ 1,20 m au pied de l’édifice, pour gagner de l’espace sur la place.
En 1934, travaux de couverture.
En 1935 projet d’aménagement, de reprofilage et de plantation de la place qui s’étend à l’ouest et au sud de l’église, alignements et profils seront réalisés.
En 1971, réfection du beffroi ; en 1974, remplacement de l’horloge posée en 1911 ; 1978-79, couverture de la nef, puis du clocher et du bas-côté sud ; en 1985 couverture du bas-côté nord.
En 1995, les laborieux travaux de réfection du chœur de l'église ont été enfin terminés et réceptionnés le 21 décembre 1995, assez tôt pour accueillir la messe de noël.
XXIème siècle:
De 2002 à 2005, reprise des enduits intérieurs et badigeon, restauration de vitraux.
En 2008, collecte des eaux pluviales dans un réseau enterré, à l’extérieur des fossés.
L’église Saint Aubin de Villeconin fait partie du groupement paroissial de Boissy le Sec, et la Forêt le Roi, membre du secteur pastoral de Dourdan, diocèse d’Evry Corbeil Essonnes.
En novembre 2009, un diagnostic complet de l'église est établi par les architectes du patrimoine.
En juin 2014, l'Association des Amis de l’Église de Villeconin décide dans la semaine du 9 juin 2014 d'acheter un nouvel orgue pour l'église. Il sera finalement installé le 15 juin 2014 dans le bas côté en face de la chapelle de la Vierge et sera bénit par le père Emmanuel.
En juin 2014, les associations des amis de l'église et de l'histoire cachée de Villeconin réalisent un guide de visite.
Le 12 juillet 2014, l'association des Amis de l’Église de Villeconin, organise un nettoyage du cloché et la restauration de l'ancienne horloge mécanique.
Le mardi 4 novembre 2014, Monsieur Jérémy Kopacz fait don d'une petite cloche d'appel dans l'église sous la voûte du clocher. Elle mesure 27 cm de diamètre et 30 cm de hauteur.
Le dimanche 23 novembre 2014 à 9h30, bénédiction de la petite cloche par le père Guy. Elle porte désormais le nom de ''Cécile''.
En 2015, la toiture complète est réparée, deux chevrons sont changés dans le grenier et réparation d'une fuite du bas coté, coté école au niveaux d'un arc boutant.
Le samedi 11 et dimanche 12 juillet 2015, enlèvement des encombrements situés sur les voûtes du bas coté sud, mentionnés dans le diagnostic des architectes du patrimoine. Ils créaient un excès de charge sur la voûte et étaient issus d'un ancien chantier de restauration de la toiture des années 70. Ils n'avaient pas été retirés par les ouvriers travaillant sur les lieux. Une moitié du grenier a été nettoyé. Les encombrements en grande partie (tuiles cassées, morceaux de bois vermoulus, morceaux de ferrailles, poussières) ont été évacués.
2016
Samedi 30 juillet, enlèvement des derniers encombrements de la voûte du bas coté sud.
Dimanche 31 juillet, Traitement d'une partie du mobilier de l'église et teinte des bancs fermés ainsi que plusieurs autre pièces de mobilier notamment le nouvel autel, acquis en juin 2016.
28 décembre, lancement de la réalisation d'un système complet de chauffage pour l'église par les employés communaux.
2017
Le 2 janvier, commencement de la construction d'un orgue à tuyaux par le facteur d'orgue amateur Jérémy Kopacz.
Samedi 15 et dimanche 16 juillet, nouveau chantier d'été et cette fois ci c'est les bancs fermés qui reçoivent une restauration.
Les planches de ceux-là sont totalement changées et remplacées. Les bancs sont tous réparés ainsi que pas mal de boiserie. Le chantier c'est poursuivit le 19 et le 20 du mois.
2018
Un nouveau chantier d'été c'est déroulé en juillet par les représentants de l'Association des Amis de l’Église, les membres de l'Atelier Volt-Technologie ainsi que des bénévoles.
Les tommettes de la nef et des bas-cotés sont intégralement traité à l'huile de lin et essence de térébenthine. Plusieurs d'entres elles sont changées et jointées.
La chapelle de la sainte vierge est restaurée et réparée, la tribune est intégralement nettoyé et traitée ainsi que toutes les pierres en grès.
Le chantier c'est déroulé sur trois jours.
Juillet 2019
Un nouveau chantier d'été c'est déroulé dans l'église. un grand rangement a été fait dans toutes les parties de l'édifice. Un point d’information à été créé à droite de la tribune et une grande partie des bancs prie dieu ont été évacués car ils étaient trop vermoulus. La décision fut prise et appuyée par le président au conseil d'administration de l'association. le plancher du troisième étage du clocher à été changé avec des planches traitées. Des poutres ont été consolidées et une rambarde de sécurité à été créé au deuxième étage du clocher. la chaire à prêcher est réparé et la chapelle de Saint Josef fut nétoyée et traitée à l'huile de lin. Une ancienne sellette fut trouvée en pièce détachées et à été restaurée.le maitre autel est démonté puis réparé. La grande estrade recouvrant le dallage du chœur est totalement démonté. Sous le maitre autel des fragments de dalle funéraire sont retrouvées et sont maintenant exposés dans l'église. Le sol de la sacristie est traité à l'huile de lin.
20 aout 2019
Changement du paratonnerre radioactif posé dans les années 50.