Logiciels

Communautés et macro-écologie

  • ade4 : méthodes et outils graphiques pour l'analyse de données multivariées.

  • adephylo : analyse comparative de données multivariées.

  • betapart : décomposition de la diversité beta à partir de données taxonomiques, fonctionnelles et phylogénétiques.

  • biomod2 : Ensemble modeling of species distribution. Stable version / Development version.

  • EasyABC : méthodes d'échantillonages efficaces pour l'ABC (Approximate Bayesian Computation)

  • mmSAR : modélisation de la courbe aire-espèce.

Dynamique des populations et démographie

  • Dynmod : A simple spreadsheet interface for demographic projections of tropical ruminant livestock populations.

  • E-SURGE : estimation des paramètres démographiques (e.g. survie, dispersion) via les modèles de capture-recapture.

  • mmage : A R package for sex-and-age population matrix models.

  • U-CARE : tests d'ajustement pour modèles de capture-recapture et manipulation jeux de données de capture-recapture.

Ecologie du déplacement

  • adehabitatLT: méthodes statistiques pour l'analyse de trajets d'animaux (visualisation du trajet, "nettoyage" des données, segmentation du trajet, etc.).

  • adehabitatHR: estimation du domaine vital à partir de données collectées sur l'occupation de l'espace par la faune sauvage (méthode du noyau, polygone convexe minimum, LoCoH, etc.).

  • adehabitatHS: analyse exploratoire de la sélection de l'habitat par la faune sauvage.

  • BRB/MKDE : Calcul des distributions spatiales d'utilisation (UD; temps passé par unité de surface), d'intensité (ID; temps passé par visite par unité de surface) et de récursion (RD; fréquence des visites par unité de surface) dans le domaine vital d'un animal, à partir des données de déplacement.

Ecologie moléculaire

  • abc : algorithmes ABC pour l'estimation de paramètres et la sélection de modèles (paquet R)

  • apTreeshape : Simulation et analyse de topologies d'arbres phylogénétiques à l'aide d'indices statistiques (paquet R)

  • Baypass : identification des marqueurs génétiques sujet à selection ou associés à des variables populations spécifiques (e.g., environmentales, phenotypiques).

  • Bottleneck : détection de variations récentes de taille de population à partir de données alléliques (logiciel avec interface graphique)

  • DetSel : détection de marqueurs génétiques sous sélection (paquet R)

  • DIYABC v2 : méthode ABC pour l'inférence de scénarios démographiques complexes à partir de données de polymorphisme génétique de type SNP, séquences d'ADN ou marqueurs microsatellites (logiciel avec interface graphique)

  • GeneClass2 : assignation d'individus à des populations à partir de génotypes multilocus (logiciel avec interface graphique)

  • IBDSim : simulation de données génétiques de type microsatellites, SNP et séquences d'ADN sous divers modèles d'isolement par la distance avec hétérogénéités spatiales et temporelles

  • KimTree : estimation des temps de divergence entre populations à partir de jeux de données massifs de marqueurs SNP

  • LFMM : inférence de la structure génétique des populations et tests d'association avec des variables écologiques basés sur les modèles mixtes à variables latentes

  • LocalDiff : analyse Bayésienne de la différenciation génétique locale pour caractériser des patrons non-stationnaires d'isolement par la distance

  • MEMM : Estimation du noyau de dispersion du pollen et la variance de fertilité mâle à partir de données spatiales et génétiques

  • Migraine : inférence par maximum de vraisemblance de paramètres démographiques à partir de données génétiques

  • PCAdapt : scans génomiques pour la détection de signatures d'adaptation locale

  • PoolSeqUtils : suite de programmes pour faciliter la mise en place de plans d'expérience et pour faire des tests de qualité sur des données "Pool-Seq"

  • PoPS : prédiction de l'ascendance géographique sous des scénarios de changements environnementaux

  • Rehh : recherche de signatures de sélection fondée sur des tests utilisant l'homozygote haplotypique (paquet R)

  • SelEstim : détection de signatures de sélection à partir de données de fréquences alléliques et inférence de l'intensité de la sélection

  • sNMF : inférence rapide des coefficients d'ascendance à partir de gros jeux de données multilocus

  • spaMM : modèles linéaires généralisés hiérarchiques (e.g., prise en compte de structures spatiales)

  • StrainRanking : classification, à partir de données démographiques et génétiques récoltées au cours d'une épidémie, des souches d'un pathogène en fonction de leurs contributions au développement de l'épidémie

  • TESS : Classification Bayésienne basée sur la tessélation pour l'analyse de la structure spatiale des populations