Logiciels
Communautés et macro-écologie
ade4 : méthodes et outils graphiques pour l'analyse de données multivariées.
adephylo : analyse comparative de données multivariées.
betapart : décomposition de la diversité beta à partir de données taxonomiques, fonctionnelles et phylogénétiques.
biomod2 : Ensemble modeling of species distribution. Stable version / Development version.
EasyABC : méthodes d'échantillonages efficaces pour l'ABC (Approximate Bayesian Computation)
mmSAR : modélisation de la courbe aire-espèce.
Dynamique des populations et démographie
Dynmod : A simple spreadsheet interface for demographic projections of tropical ruminant livestock populations.
E-SURGE : estimation des paramètres démographiques (e.g. survie, dispersion) via les modèles de capture-recapture.
mmage : A R package for sex-and-age population matrix models.
U-CARE : tests d'ajustement pour modèles de capture-recapture et manipulation jeux de données de capture-recapture.
Ecologie du déplacement
adehabitatLT: méthodes statistiques pour l'analyse de trajets d'animaux (visualisation du trajet, "nettoyage" des données, segmentation du trajet, etc.).
adehabitatHR: estimation du domaine vital à partir de données collectées sur l'occupation de l'espace par la faune sauvage (méthode du noyau, polygone convexe minimum, LoCoH, etc.).
adehabitatHS: analyse exploratoire de la sélection de l'habitat par la faune sauvage.
BRB/MKDE : Calcul des distributions spatiales d'utilisation (UD; temps passé par unité de surface), d'intensité (ID; temps passé par visite par unité de surface) et de récursion (RD; fréquence des visites par unité de surface) dans le domaine vital d'un animal, à partir des données de déplacement.
Ecologie moléculaire
abc : algorithmes ABC pour l'estimation de paramètres et la sélection de modèles (paquet R)
apTreeshape : Simulation et analyse de topologies d'arbres phylogénétiques à l'aide d'indices statistiques (paquet R)
Baypass : identification des marqueurs génétiques sujet à selection ou associés à des variables populations spécifiques (e.g., environmentales, phenotypiques).
Bottleneck : détection de variations récentes de taille de population à partir de données alléliques (logiciel avec interface graphique)
DetSel : détection de marqueurs génétiques sous sélection (paquet R)
DIYABC v2 : méthode ABC pour l'inférence de scénarios démographiques complexes à partir de données de polymorphisme génétique de type SNP, séquences d'ADN ou marqueurs microsatellites (logiciel avec interface graphique)
GeneClass2 : assignation d'individus à des populations à partir de génotypes multilocus (logiciel avec interface graphique)
IBDSim : simulation de données génétiques de type microsatellites, SNP et séquences d'ADN sous divers modèles d'isolement par la distance avec hétérogénéités spatiales et temporelles
KimTree : estimation des temps de divergence entre populations à partir de jeux de données massifs de marqueurs SNP
LFMM : inférence de la structure génétique des populations et tests d'association avec des variables écologiques basés sur les modèles mixtes à variables latentes
LocalDiff : analyse Bayésienne de la différenciation génétique locale pour caractériser des patrons non-stationnaires d'isolement par la distance
MEMM : Estimation du noyau de dispersion du pollen et la variance de fertilité mâle à partir de données spatiales et génétiques
Migraine : inférence par maximum de vraisemblance de paramètres démographiques à partir de données génétiques
PCAdapt : scans génomiques pour la détection de signatures d'adaptation locale
PoolSeqUtils : suite de programmes pour faciliter la mise en place de plans d'expérience et pour faire des tests de qualité sur des données "Pool-Seq"
PoPS : prédiction de l'ascendance géographique sous des scénarios de changements environnementaux
Rehh : recherche de signatures de sélection fondée sur des tests utilisant l'homozygote haplotypique (paquet R)
SelEstim : détection de signatures de sélection à partir de données de fréquences alléliques et inférence de l'intensité de la sélection
sNMF : inférence rapide des coefficients d'ascendance à partir de gros jeux de données multilocus
spaMM : modèles linéaires généralisés hiérarchiques (e.g., prise en compte de structures spatiales)
StrainRanking : classification, à partir de données démographiques et génétiques récoltées au cours d'une épidémie, des souches d'un pathogène en fonction de leurs contributions au développement de l'épidémie
TESS : Classification Bayésienne basée sur la tessélation pour l'analyse de la structure spatiale des populations