Étudiant au Conservatoire national supérieur de musique et de danse (CNSM) de Paris, il y obtient deux premiers prix, en analyse (classe de Claude Ballif 1988) et en histoire de la musique (classe de Yves Gérard 1989). En 1994 il devient Ph.D.de l'Université Duke, à la suite de ses travaux sur la musique de Charles-Hubert Gervais sous la direction du Professeur Peter Williams.

Jean-Paul Montagnier est maître de conférences (1992-2000) puis professeur de musicologie à l'UFR de Sciences Historiques et Géographiques, Musicologie de l'université Nancy 2 et professeur adjoint ("adjunct professor") à l'Université McGill (Montréal). Membre du comité de rédaction de 'Eighteenth-Century Music' publié par Cambridge University Press et membre de la commission Musica Gallica, il est aussi membre de l'Institut de Recherche sur le Patrimoine Musical en France (UMR 200 du CNRS) et collabore à de nombreuses revues.