Embedded Files
En esta página vamos a ver como se pueden cargar y superponer diferentes tipos de imágenes, en particular vamos a observar los resultados del programa de reconocimiento de estructuras. En una consola de comandos digite [~]$ freeview, este comando lanza una aplicación gráfica que permite visualizar diferentes tipos de datos.
La figura muestra la ventana principal de la aplicación, en la parte superior podemos observar los diferentes menús y botones de estado de la aplicación. A la izquierda vemos un panel que permite la manipulación y navegación de las estructuras que permite visualizar la herramienta, a la derecha vemos un panel dividido en 4 secciones (visualización por defecto) que permite observar la vista sagital, coronal, axial y 3D, el orden de las vistas depende de la seleccion del foco de interés. Y finalmente debajo tenemos dos paneles de informacion acerca de la imagen y la interación con ella.
Cargar una imagen (Volumen)
Para cargar una imagen tenemos dos opciones:
- En el menú file elegir la opción Load Volume
- Hacer click en el simbolo del perfil de cabeza humana con la cruz verde
en ambos casos se despliega una ventana en la que podemos seleccionar un volumen y de ser necesario indicar el archivo con la transformación espacial requerida. Cargue la imagen de nombre 001.mgz que se encuentra en la carpeta mri/orig de su carpeta de Resultados. Si ya ejecutó el comando de reconocimiento y este termino, esta en la capacidad de cargar los resultados del proceso. para cargar mas volumenes el procedimiento es el mismo descrito anteriormente, a manera de ilustración vamos a cargar el archivo brainmask.mgz que contiene el cerebro sin el craneo y lo vamos a cargar con la transformación al espacio Talairach.
- Hacer click en el botón de carga del volumen.
- Elegir el archivo brainmask.mgz que se encuentra en la carpeta mri/.
- Marcar la opción de cargar transformación.
- Elegir el archivo con la transformación, talairach.xfm que se encuentra en la carpeta mri/transforms/.
- Indicar el tipo de interpolación entre NearestNeighborhood y Trilinear
Una vez cargados los volúmenes la applicacion debe lucir así:
Como vemos en la barra lateral se activaron los demas botones de acción sobre los Volumenes, además de listar los volúmenes actualmente cargados.
Resaltado en azul podemos observar el volumen actualmente desplegado y debajo del listado podemos ver las opciones de visualización asociadas a este volumen.
el nombre del volumen actual, seguido de un slider de seleccion de opacidad, en este caso esta al 50% lo que permite observar al fondo la imagen original 001.mgz con el craneo y sobre esta la imagen del cerebro sin el craneo en el espacio talairach. despues aparecen un par de opciones de chequeo para manipular la visualización de esta misma forma aparece la posibilidad de elegir el mapa de colores con el que la imagen se muestra yalgunos parametros que nos permiten mejorar la calidad de la visualizacion (ie. contraste). Tambien esta la opción Clear background que remueve el fondo de la visualización 3D.
Ahora vamos a cargar los resultados de la identificación / etiquetado de estructuras corticales. Para esto debemos seleccionar el archivo aseg.mgz que se encuentra en el directorio mri. Al igual que con la imagen del cerebro sin craneo vamos a aplicar la transformación al espacio talairach, de esta forma aseguramos que las etiquetas corresponden a las estructuras anatómicas en nuestra visualización. Adicionalmente en la ventana de selección del volumen podemos indicar el mapa de colores a utilizar para el despliegue de la información contenida en el volumen, en este caso seleccionamos la opción FreeSurferColorLUT
Para mirar la correspondencia anatómica de las etiquetas vamos a seleccionar el volumen brainmask en la barra lateral y luego vamos a establecer su opacidad en 1 (100%). Vamos a desmarcar el volumen 001. Vamos a seleccionar el volumen aseg y vamos a establecer la opacidad en 0.5 (50%). Se observa claramente la correspondencia entre las etiquetas y las estructuras. Puede reducir aun mas la opacidad para ver mas facil la frontera de las estructuras y su correspondencia con la imagen del cerebro.
Si se necesita ver una imagen mas grande puede elegirse entre cuatro opciones de visualizacion que son una sola imagen en el panel, dividida en cuatro regiones iguales (por defecto), con una imagen grande y las tres restantes distribuidas horizontalmente abajo de la imagen pricipal o distribuidas verticalmente a la derecha de la imagen principal.
Ahora vamos a cargar el volumen con el resultado de la parcelación de las circunvoluciones de la materia gris. Hacemos click en el botón de carga de volumen y seleccionamos el archivo aparc+aseg.mgz en el directorio mri/, una vez mas indicamos que va a ser mapeado al espacio talairach.
Una vez cargado el volumen con la parcelación, la aplicacion debe lucir así:
En este caso deseleccionalos el volumen aseg.mgz. Seleccionamos una visualizacion con una vista principal y las tres restantes distribuidas verticalmente a la derecha. Como se ve en la figura la opacidad del volumen aparc+aseg es 1, por lo cual no es facil determinar su correspondencia con los surcos entre circunvoluciones.
Al visualizar el volumen de la segmentación y parcelación puedo identificar las estructuras identificadas pasando el ratón sobre el color, en el panel inferior se muestra la posicion del ratón así como el nombre de la estructura o circunvolución a la que pertenece el voxel marcado con ese color. De esta manera se puede hacer una inspección visual rápida de la calidad de los porcesos de etiquetado. De ser necesario es posible corregir las segmentaciones, esto con la herramienta tkmedit.
Para cambiar la imagen principal de esta visualización basta con hacer clic en los botones sobre la imagen principal que muestran una vista sagital, una coronal, una axial y una 3D.
La herrameinta de captura de pantallas (camara) toma una imagen solo de la visualización principal, tenga esto en cuenta cuando quiera guardar una imagen o visualizacion particular.
Cargar una Superficie
El ṕrocedimiento para cargar una superficie es mur parecido al realizado para cargar un volumen, se cuenta con dos opciones:
- En el menú file, seleccionar la opción Load surface
- Hacer click en la pestaña Surfaces en la barra lateral, luego hacer clic sobre el botón con un cerebro y una cruz verde.
En este caso vamos a cargar la superficie de la materia blanca derecha, entonces seleccionamos el archivo rh.white que se encuentra en la carpeta surf. Una vez cargado la superfice de colores rojo y verde aparecera en la vista 3D. Repetimos el mismo procedimiento con el archivo lh.pial el cual carga la superficie de la materia gris.
Al igual que con las etiquetas al pasar el cursor por la superfice de la visualización 3D en la información del raton aparece mas información opr ejemplo la curvatura, el número del vertice, la dirección de la normal entre otras. Por otro lado el menu de la barra lateral permite establecer ciertas características de la visualización del volumen, muchas de estas opciones estan codificadas en archivos independientes, que se fusonan en la visualización de la estructura 3D.
Page updated
Google Sites
Report abuse