PLANO DE ENSINO
Curso: Ciência da Computação, DOURADOS, Integral (201X) - 4a Série
Professor: CLEBER VALGAS GOMES MIRA
Disciplina: Tópicos em Computação II
Carga Horária: 68 h Período Letivo: 01/201X a 12/201X
Ementa:
Conceitos fundamentais de genética molecular. Estruturas de dados para algoritmos de bioinformática. Comparação de cadeias. Montagem de DNA. Modelagem de árvores filogenéticas. Aspectos de evolução de genomas.
Objetivos:
Estudar alguns dos principais problemas encontrados nas áreas de Bioinformática e Biologia Computacional. Modelagem de problemas e proposição de algoritmos para comparação de sequências. Projeto de algoritmos para bioinformática.
Conteúdo:
Metodologia:
As aulas serão ministradas em sala com o uso do datashow, giz e quadro negro. Serão efetuadas 4 provas e 1 seminário. As prováveis datas das provas são:
P1 XX/XX
P2 XX/XX
P3 XX/XX
Seminários (S) entre XX/XX e XX/XX
SUBSTITUTIVA XX/XX
EXAME XX/XX
Além das avaliações anteriormente citadas, os alunos deverão realizar a implementação de alguns dos algoritmos propostos em sala de aula como exercícios, cujos resultados de avaliação contribuirão para a sua nota final na disciplina.
Bibliografia:
SETUBAL, J. C.; MEIDANIS J. Introduction to Computational Molecular Biology. PWS Publishing Company, 1997. ISBN: 0-534-95262-3.
CORMEN, T. H.; LEISERSON, C. E.; RIVEST, R. L.; STEIN, C. Algoritmos: teoria e prática. Elsevier, 2002.
Bibliografia Complementar:
HANNENHALLI, S.; PEVZNER, P. A. Transforming Cabbage into Turnip: Polynomial Algorithm for Sorting Signed Permutations by Reversals. Journal of the ACM, 46(1):1-27, 1999.
PEVZNER, P.; SHAMIR, R. eds. Bioinformatics for Biologists. Cambridge University Press, 2011. ISBN: 978-1-107-64887-6.
BOOTH, K. S.; LUEKER, G. S. Testing for the consecutive ones property, interval graphs, and graph planarity using PQ-tree algorithms. J. Comput. Systems Sci., 13(3):335-379, 1976.
Critérios de Avaliação:
Serão efetuadas 4 provas. Além disso, a entrega de exercícios resolvidos contribuirá com as notas das provas. Cada exercício resolvido vale até 1,0 ponto que será adicionado à nota final da prova. A nota final da prova não pode ultrapassar o valor de 10.
A média final será computada pela fórmula:
MF = (P1 + P2 + P3 + S) / 4, onde
P1, P2 e P3 são as notas das respectivas provas e S é a nota do seminário com valor entre 0 e 10.
A prova substitutiva substitui a prova ou seminário com menor nota. A substitutiva tem valor entre 0 e 10,0 e o conteúdo é referente a toda a matéria.
A Nota Final (F) é calculada da seguinte maneira:
Caso o valor de MF do aluno for igual ou superior a 6,0, então a nota final é F = MF.
Caso o valor de MF do aluno for entre 3,0 e 6,0, o aluno terá direito a fazer o Exame Final (E) com valor entre 0 e 10 e a nota final será F = (MF + E)/2.
O aluno com nota de MF inferior a 3,0 é automaticamente reprovado.
O Exame Final cobrará o conteúdo de toda a matéria
Será aprovado o aluno cuja nota final F for igual ou superior a 5,0.