Cá ngựa vị ngọt, tính ôn, không độc, có tác dụng làm ấm thận, tráng dương, tiêu báng hòn, nhọt sưng, thúc đẻ, chữa liệt dương ở nam giới và hiếm muộn ở phụ nữ. Để chữa sản phụ đẻ khó, dân gian thường lấy cá ngựa đốt tồn tính, tán bột, uống 10 g, đồng thời tay cầm cá ngựa.
Cách sử dụng cá ngựa phổ biến nhất là ngâm một đôi trong rượu để uống. Người bán thường buộc từng cặp 2 con bằng nhau, coi như một đực một cái. Cũng có thể kết hợp cá ngựa với ba kích, hồ đào, phà cố chỉ, nhân sâm (lượng bằng nhau) làm viên uống với rượu, mỗi ngày 20-30 g.
Ngoài việc tăng cường chức năng tình dục thì cá ngựa còn được cho là bài thuốc khá hữu ích đối với những cặp vợ chồng đang ngày ngày mong mỏi một thiên thần bé nhỏ. Sở dĩ như vậy bởi trong loài động vật biển này có chứa chất DHA (docosahexanenoic acid), chất giúp cho việc sinh sản tinh trùng. Theo kinh nghiệm dân gian, việc dùng cá ngựa một đôi sấy khô vàng, tán bột, uống ngày 3 lần (mỗi lần 1g, dùng nước chiêu thuốc) có thể chữa liệt dương ở nam giới và vô sinh ở nữ giới. Tuy nhiên, theo các bác sĩ thì vô sinh, hiếm muộn do nhiều nguyên nhân gây lên nên những người rơi vào trường hợp này trước hết cần được thăm khám để có hướng điều trị phù hợp nhất; không có loại "thuốc tiên" nào có thể chữa trị được tất cả các trường hợp.
Lương y Vũ Quốc Trung cũng gợi ý một số bài thuốc từ cá ngựa tốt cho "chuyện ấy" như sau: Đối với nam giới mắc chứng liệt dương, phụ nữ chậm có con do dương khí suy thì sử dụng 30g cá ngựa 30g, 30g nhân sâm, 20g cốt toái bổ, 20g long nhãn; tất cả cắt nhỏ, ngâm với 1 lít rượu trong 7 - 10 ngày, càng lâu càng tốt; ngày uống 20 - 40ml, có thể pha thêm mật ong. Đối với các trường hợp liệt dương, di tinh, tảo tiết, bạch đới khí hư (huyết trắng) thì sử dụng 2 con cá ngựa, 1 con gà sống non, nấm hương ngâm nước cho nở; gà luộc, rút bỏ xương, đặt cá ngựa, nấm hương, hành hoa hoặc hành củ thái lát, gừng tươi thái lát lên trên và xung quanh, thêm muối, rượu, gia vị hầm nhừ trong khoảng 30 phút, gắp bỏ hành, gừng, thêm tiêu, ớt, gia vị. Nếu ngâm thì dùng một đôi cá ngựa, 6g đại hồi, 10g dâm dương hoắc, 12g kỷ tử, 20g dương quy và 1 lít rượu trắng; ngâm trong 1 tháng là dùng được. Mỗi ngày uống 30ml, dùng cho trường hợp di tinh, liệt dương, yếu sinh lý.