2025
川中 太陽・川口 晃志郞・藤井 琉穂・三内 悠吾：京都府淀川水系における外来ドジョウ属魚類の侵入とその現状．伊豆沼・内沼研究報告第19巻：43-51
松村 光聖・三内 悠吾：水槽環境下におけるオオシマドジョウの繁殖行動の観察例．伊豆沼・内沼研究報告第19巻：77-83
田畑諒一・渡辺勝敏 ： 核ゲノム分析がもたらした琵琶湖産魚類の進化史に関する新たなる考察．琵琶湖博物館研究報告 第38号: 76-88.
渡辺勝敏・杉浦航・岩田明久・阿部司・辻冴月・田畑諒一．2025．絶滅危惧種アユモドキの生息地周辺域の魚類相と絶滅地域の生息環境としての潜在適性．魚類学雑誌．https://doi.org/10.11369/jji.24–046
三内 悠吾, 尾山 大知.三重県雲出川水系雲出川および岐阜県木曽川水系和良川における国内外来魚オオガタスジシマドジョウの標本に基づく記録. Ichthy, Natural History of Fishes of Japan 54: 9–12.
2024
野田叡寛. RNA-Seq解析のすすめ. 爬虫両棲類学会報 2024(2): 206-216.
木村楓. ディープラーニングによるカエル類の音響モニタリング入門. 爬虫両棲類学会報 2024(2): 192-200.
浜橋丈. 福島県から得られた北限記録のナンヨウアゴナシ. Ichthy, Natural History of Fishes of Japan 49: 10–13.
浜橋丈・吉田奈央. 兵庫県におけるサザナミフグの標本に基づく確かな記録 Ichthy, Natural History of Fishes of Japan 48: 64–68.
福家悠介・大貫渓介. 琵琶湖流域のカワリヌマエビ類の現状. 生物の科学 遺伝 78(4): 348–354.
2023
三内悠吾・岸田岳大・浜橋丈. 石垣島吹通川におけるテッポウウオ Toxotes jaculatrix (Pallas, 1767) の記録. Fauna RyukyuanaI (68): 13–16.
小粥淳史・八柳哲・神戸崇・井上頌子・荒木仁志. 環境DNAメタバーコーディングを用いた北日本の溜池における外来魚の影響評価. 保全生態学研究 28(2): 333–345.
小粥淳史・北尾圭梧・三内悠吾・大貫渓介．京都府より38年ぶりに得られたツチフキAbbottina rivularisの記録．魚類学雑誌 70(2): 205–211．
2021
福家悠介・岩﨑朝生・笹塚諒・山本佑治（2021）五島列島福江島におけるミナミヌマエビの初記録．Cancer 30: 63–71．
三内悠吾・国松翔太（2021） 静岡県大津谷川で初めてとなる国内外来種ズナガニゴイとイトモロコ（コイ科カマツカ亜科）の移入記録．Ichthy, Natural History of Fishes of Japan 9: 17–20.
国松翔太・福家悠介（2021）京都府由良川水系からのシマヒレヨシノボリの初記録および同一水系に生息するトウヨシノボリとの形態比較．Ichthy, Natural History of Fishes of Japan 4: 12–17.
国松翔太・井藤大樹（2021）徳島県立博物館所蔵標本からみた徳島県におけるシマヒレヨシノボリの分布．徳島県立博物館研究報告 31: 53–58.
2020
野村翔太（2020) 幅広いアプローチから様々な動物種の進化・生態を探る. 日本進化学会ニュース 21(1): 35–37．
山口達成・国松翔太・伊藤克哉 （2020）中国遼寧省におけるアカミミガメ販売事例と着色ガメ問題．亀楽 19: 21–24.
三内悠吾・国松翔太・奥川陽平・福家悠介（2020）近畿地方で得られたシマドジョウ属2種の奇形．Ichthy, Natural History of Fishes of Japan 3: 41–46.
福家悠介（2020）日本最古のエビノコバンの標本．Cancer 29: 25–27．
2019
山本捺由他（2019）シロスジメダカハンミョウの生態．堀道雄（編），pp.120–136．日本のハンミョウ（環境Eco選書14）．北隆館，東京．
福家悠介（2019）生き物と生き物屋のパラダイス ―琉球列島の自然史概要．Caudata 3: 2–5．
富永浩史・鹿野雄一（2019）新潟県および京都府の河川で観察・採集されたカマツカの斑紋変異個体．魚類学雑誌, 66: 113–117．
2018
丸山智朗・福家悠介（2018）オオバヌマエビの沖縄島からの初記録．Fauna Ryukyuana 43: 11–17.
福家悠介（2018）尾の大部分を欠損したハイについて．爬虫両棲類学会報 2018(1): 79–81.
2017
小林大純・福家悠介（2017）石垣島東部におけるアゴヒゲハゼの新生息地および継続記録．魚類学雑誌 64(2): 207–211.
渡辺勝敏（2017）21章 適応と種分化．矢部 衞・桑村哲生・都木靖彰（編），pp. 282–299．魚類学．恒星社厚生閣，東京.
清水 勇・堀 道雄・神野 慧一郎（2017）シーボルトのアユ．生物科学，68: 185–192.
2016
渡辺勝敏（2016）インレー湖のコイ．篠原現人（編），p. 28. We love fishes 魚好きやねん．東海大学出版会，秦野．
日本魚類学会自然保護委員会（渡辺勝敏・森誠一責任編集）（2016）淡水魚保全の挑戦：水辺のにぎわいを取り戻す理念と実践（叢書・イクチオロギア4）．東海大学出版部，秦野．327 pp．
渡辺勝敏（2016）近畿地方最後のアユモドキの危機と保全―予防原則と開発圧のはざまで．日本生態学会誌, 66: 683–693.
鬼倉徳雄・渡辺勝敏（2016）国内外来種となった絶滅危惧種: その取り扱いと保全をめぐって．魚類学雑誌，63: 143–148．
高野裕樹・星野和夫・大倉哲也・松尾敏生・渡辺勝敏（2016）大分川水系に定着した国内外来魚ギギの分布と由来．魚類学雑誌，63: 11–17.
2015
渡辺勝敏・森 誠一（2015）「カゼトゲタナゴ」と「スイゲンゼニタナゴ」，その名称をめぐる混乱と保全．魚類学雑誌，62: 69–72．
2014
渡辺勝敏・一柳英隆・阿部 司・岩田明久（2014）琵琶湖・淀川水系のアユモドキ個体群の存続可能性分析．魚類学雑誌，61: 69–83．【日本魚類学会論文賞受賞】
2013
阿部 司・小林一郎・渡辺勝敏（2013）山陽地方におけるニッポンバラタナゴの在来集団．魚類学雑誌，60: 49-55.
渡辺勝敏（2013）保全の単位：考え方，実践，ガイドライン．日本魚類学会自然保護委員会（編）・向井貴彦・鬼倉徳雄・淀太我・瀬能宏（責任編集），p. 229-231．見えない脅威“国内外来魚”：どう守る地域の生物多様性．東海大学出版会，秦野．
一柳英隆・渡辺勝敏・森誠一（2013）ネコギギの生息環境と個体群動態：保全のための基礎的知見として．応用生態工学，15: 257-267.
2012
曽田貞滋（2012）山岳昆虫の適応と進化—山岳域のオサムシの適応進化と種多様性．Pp. 56-73．中村寛志・信州大学山岳科学総総合研究所・中部山岳地域環境変動研究機構編．山岳科学ブックレット No. 9 山に登った昆虫たち—山岳昆虫の多様性と保全．信州大学山岳科学総総合研究所．（分担執筆）
曽田貞滋（2012）交雑帯．Pp. 788-792．日本進化学会編．進化学事典．共立出版．（分担執筆）
渡辺勝敏，森誠一 (2012) ネコギギ：積極的保全に向けたアプローチ．魚類学雑誌，59: 168-171．
荒山和則・松崎慎一郎・増子勝男・萩原富司・諸澤崇裕・加納光樹・渡辺勝敏 (2012) 霞ケ浦における外来種コウライギギ（ナマズ目ギギ科）の採集記録と定着のおそれ．魚類学雑誌，59：141-146．
池田紘士・西川正明・曽田貞滋（2012）飛べなくなった甲虫は種が増えやすい．昆虫と自然47(7)：23-26．
曽田貞滋・秋山耕治（2012）大学キャンパスの昆虫相．（8）京都大学吉田キャンパス．昆虫と自然47(4): 20-23.
渡辺勝敏（2012）身近な淡水魚の隠れた多様性．Pp. 113-123．阿形清和・森 哲監修・井上 敬・高井正成・高林純示・船山典子・村山美穂編，生き物たちのつづれ織り（下）．京都大学学術出版会，（分担執筆）
2011
曽田貞滋（2011）オサムシ学の新展開—生態から進化まで：概説．昆虫と自然46(3): 2-7.
日本魚類学会自然保護委員会（渡辺勝敏・前畑政善責任編集）（2011）叢書イクチオロギア1 絶体絶命の淡水魚イタセンパラ：希少種と川の再生に向けて．東海大学出版会
2010
渡辺勝敏・高橋洋 編集 (2010) 淡水魚類地理の自然史-多様性と分化をめぐって．北海道大学出版会
2009
東樹宏和・曽田貞滋（2009）共進化の地理的モザイクと生物群集．Pp. 151-184．大串隆之・近藤倫生・吉田丈人編 シリーズ群集生態学２．進化生物学からせまる．京都大学学術出版会．（分担執筆）
池田紘士 (2009) シデムシは本当に"死出"虫か～ヒラタシデムシ亜科における飛翔能力と食性の相関進化の解明～．昆虫と自然 44: 34-39.
2008
渡辺勝敏,前川光司 (2008) 日本列島の形成と淡水魚類相の成立過程---陸域の長周期変動．地球の変動と生物進化，新・自然史科学II 沢田健・綿貫豊・西弘嗣・栃内新・馬渡俊輔 編集（北海道大学出版会） 117-150.
山根英征，渡辺勝敏(2008) ギギの繁殖制限要因としての営巣場所の不足と人工巣の実用性．関西自然保護機構 30: 29-34.
2007
曽田貞滋（2007）分子系統で紐解くオサムシの自然史．Pp. 71-106．片倉晴雄・馬渡峻輔編．動物の多様性．シリーズ21世紀の動物科学２．培風館．（分担執筆）
細 将貴 (2007) 南の島で進化の攻防戦 ヘビから逃げるカタツムリ．自然保護 478: 25.
細 将貴 (2007) サキシマバイカダによるオガサワラヤモリの捕食例．Akamata 18: 9-11.
細 将貴 (2007) エコゲノミクス ⊂ 進化生態学？ 日本生態学会誌 57: 108-109.
林成多・曽田貞滋（2007）カナダ産キイロネクイハムシ類Neohaemoniaの生態．月刊むし434：16-19.
2006
東樹宏和, 曽田貞滋 (2006) ツバキとゾウムシの軍拡競走：自然選択の地理的勾配と適応的分化．日本生態学会誌 56:46-52.
佐藤拓哉, 名越誠, 森誠一, 渡辺勝敏, 鹿野雄一 (2006) 世界最南限のイワナ個体群“キリクチ”の個体群変動と生息現状．保全生態学研究 11: 13-20.
渡辺勝敏, 高橋洋, 北村晃寿, 横山良太, 北川忠生, 武島弘彦, 佐藤 俊平, 山本祥一郎, 竹花佑介, 向井貴彦, 大原健一, 井口恵一朗 (2006) 日本産淡水魚類の分布域形成史：系統地理的アプローチとその展望 (総説)．魚類学雑誌 53: 1-38.
2005
曽田貞滋（2005）湿地の宝石，ネクイハムシ．Pp. 61-70．京都大学総合博物館編．日本の動物はいつどこからきたのか—動物地理学の挑戦．岩波書店．（分担執筆）
高橋大輔, 麻田葉月, 幸田正典 (2005) 琵琶湖固有のハゼ科魚類イサザGymnogobius isazaの配偶システムへの水生菌の影響．関西自然保護機構会誌 27: 45-51.
森阪匡通 (2005) ハクジラ亜目の発する音のデザイン．勇魚 43: 37-44.
森阪匡通 (2005) ハクジラ亜目の発する音の進化．遺伝 59: 60-65.
佐藤綾, 上田哲行, 堀道雄 (2005) 打ち上げ階層を利用する砂浜の小型動物相：ハンミョウとハマトビムシの関係．日本生態学会誌 55: 21-27.
樋口文夫, 渡辺勝敏 (2005) 横浜市を流れる河川におけるアブラハヤの遺伝的多様性と交雑．魚類学雑誌 52: 41-46.
長太伸章, 間野隆裕, 曽田貞滋 (2005) ミトコンドリアDNAに基づく矢作川流域におけるミカワオサムシの遺伝的構造の解明．矢作川研究 9: 41-47.
西浩孝, 曽田貞滋 (2005) ミトコンドリアDNA分析に基づく中国地方のマイマイ属の系統地理学的研究．ホシザキグリーン財団研究報告書 8: 185-186.
2004
山根英征, 横山正, 長田芳和, 山田卓三 (2004) ギギの繁殖生態と初期生活史．魚類学雑誌 51: 135-147.
岸田拓士, 森阪匡通, 久保田信, 天野雅男 (2004) 和歌山県白浜町番所崎の南浜にて発見されたハンドウイルカTursiops truncatus．漂着物学会誌 1: 25-27.
佐藤拓哉, 渡辺勝敏. (2004) 世界最南限のイワナ個体群“キリクチ”の産卵場所特性，および釣獲圧が個体群に与える影響．魚類学雑誌 51: 51-59.
2003
ベゴン，M.，J. ハーパー，C. タウンゼント著／堀道雄監訳／神崎護・幸田正典・曽田貞滋校閲責任（2003）生態学—個体・個体群・群集の科学．京都大学学術出版会．
林成多, 初宿成彦, 八木剛, 曽田貞滋, 岩井大輔 (2003) 中国山地およびその周辺地域における湿地性ハムシ類の保全生物学的研究．ホシザキグリーン財団研究報告書 6: 1-25.
曽田貞滋 (2003) ミトコンドリアDNA分析に基づく西日本のオオオサムシ亜属の系統地理学的研究．
ホシザキグリーン財団研究報告書6: 153-166.
安部倉完, 堀道雄, 竹門康弘. (2003) 京都市深泥池における魚類相の変遷と外来魚除去による個体群抑制効果．関西自然保護機構会誌 25: 79-85.
2002
曽田貞滋（2002）樹洞に棲む蚊と動物群集．Pp. 71-86．宮城一郎編著「蚊の不思議」．東海大学出版会．
井出純哉. (2002) クロヒカゲ成虫の分布と分散パターンの季節変化．昆虫と自然 37(5): 32-35.
鹿野雄一, 鎌田直人 (2002) 白神山地のイワナ その生態と資源量．日経サイエンス 2月号: 112-115.
曽田貞滋 (2002) DNAが語る日本列島のオサムシの分化．遺伝 56: 67-73.
立澤史郎, 藤田和, 伊藤真子 (2002) 奈良公園平地部におけるニホンジカの個体数変動．関西自然保護機構会誌 24: 3-14.
2001
曽田貞滋（2001）パッチ状生息場所の種多様性—ファイトテルマータの生物群集．Pp. 209-233．佐藤宏明・山本智子・安田弘法編著「群集生態学の現在」．京都大学学術出版会．
本田恵理 (2001) 昆虫の系統と音声信号．日本音響学会誌 57(4): 302-307.
久保田耕平, 曽田貞滋 (2001) オオオサムシ亜属における交尾器の錠と鍵．昆虫と自然 36: 20-23.
立澤史郎, 藤田和 (2001) シカはどうしてここにいる？－市民調査を通して見た「奈良公園のシカ」保全上の課題－．関西自然保護機構会誌 23: 127-140.
2000
曽田貞滋（2000）オサムシの春夏秋冬—生活史の進化と種多様性．京都大学学術出版会．
市川顕彦, 村井貴史, 本田恵理 (2000) 総説・日本のコオロギ．ホシザキグリーン財団研究報告書 4: 257-332.
中島みどり, 中田兼介, 村上興正 (2000) 京都府京田辺市周辺の里山に生息するイシガメとクサガメの分布と齢構造について．関西自然保護機構会誌 22(2): 91-103.
繁宮悠介, 西浩孝. (2000) 左右性の逆転したメガネカラッパ．南紀生物 42: 146.
曽田貞滋 (2000) 分子系統で見るオサムシの進化. オオオサムシ亜属は平行進化したのか？ インセクタリウム 37: 176-185.
曽田貞滋 (2000) 核・ミトコンドリア遺伝子の分子系統解析からみたオオオサムシ亜属の進化．SINKA 10: 14-20.
曽田貞滋 (2000) 本州中部山岳におけるマルハナバチ類の送粉生態．昆虫と自然 35 : 4-8.