Fue fundado durante el gobierno del presidente Augusto B. Leguía, por Decreto Supremo Nº 1706 del 2 de junio de 1927. Comenzó a funcionar como anexo del Instituto Pedagógico de Varones, dirigido por el educador y escritor Augusto Aguirre Morales. Su sede estuvo situada inicialmente en el centro de Lima, en la Avenida Abancay y a espalda del antiguo edificio del Ministerio de Educación (hoy sede de varios órganos del poder judicial). Aun cuando el Instituto Pedagógico fue clausurado poco después a causa de las turbulencias políticas, el colegio siguió funcionando.
En 1933 fue denominado Plantel de Segunda Enseñanza. En 1935 fue el primer plantel escolar del Perú que tuvo una sección nocturna. En 1937 se realizó un concurso interno para darle un nombre, resultando ganador el del coronel Alfonso Ugarte, el héroe de la guerra del Pacífico que murió en la batalla de Arica el 7 de junio de 1880. Por resolución del 17 de julio de ese mismo año fue oficializado dicho nombre.
En 1952 se trasladó a su actual sede en el distrito de San Isidro, constituyéndose en una Gran Unidad Escolar, una de las tantas que fueron inauguradas por el gobierno del general Manuel A. Odría, después llamado el Ochenio.
Desde temprano fue considerado como uno de los colegios más renombrados del país. Fue ganador de varios desfiles cívicos patrióticos, obteniendo galardones como:
El Sol Radiante Pre Militar medalla de Oro y Plata de eficiencia Pre Militar.
Primer Puesto Gallardete de Honor del Ministerio de Educación 1988 a nivel nacional y Segundo Puesto a nivel nacional 1995.
Gallardete de Honor del Comando Conjunto de las Fuerzas Armadas.
Mediante el decreto de urgencia Nº 004‐2009 dado por el segundo gobierno del presidente Alan García el 9 de enero del 2009 se creó el Programa Nacional de Recuperación de las Instituciones Públicas Educativas Emblemáticas y Centenarias, con el fin de modernizar y reforzar la infraestructura de 20 colegios en Lima y Callao, y otros 21 en el resto del país.[1] Su objetivo era alcanzar, en las escuelas y colegios estatales, una educación de excelencia con igualdad de oportunidades para todos.
El colegio Alfonso Ugarte fue incluido en dicho programa y se empezaron inmediatamente las obras, en las que se invirtieron más de 13 millones de nuevos soles (cerca de 5 millones de dólares). La estructura remodelada fue inaugurada y entregada a la comunidad el día 24 de marzo del 2010, en una ceremonia que contó con la presencia de presidente Alan García y miembros del gabinete ministerial.
El colegio reúne ahora las características de una escuela moderna: su frontis lo asemeja al de un campus universitario, demarcado por un cerco perimétrico de rejas, que reemplaza a los antiguos muros de concreto que lo rodeaban; sus pabellones son de sólidas estructuras de concreto, amplios e iluminados en sus 14.700 m² de área construida; y alberga un centro de recursos tecnológicos, laboratorios de física, química y biología, un teatro, una sala de cine, un complejo deportivo con canchas de césped sintético, una pista atlética de ocho carriles, una piscina semi-olímpica y un moderno gimnasio totalmente equipado.[2]
Carlos Velásquez
Arturo Tapia
Alberto Rivera y de Piérola
Aurelio del Corral
Víctor Vera Cubas
Jorge Castro Harrison
Luis Cabello Hurtado
Adrián Albarracín
Eloy Álvarez Castro
Teodoro Pablo Enríquez Hospina
Galo Castillo Aguilar
Pedro Bartolomé Ruiz Chávez
Juan Carlos Ruiz Sánchez
Francisca Loli Pineda
Raúl Sotelo Matías
Lizandro Quispe Vizcarra