L'Associazione Magistrati Tributari Sezione Sicilia è articolata su due livelli:
Sezione regionale, che include le rappresentanze dei magistrati tributari delle diverse province siciliane
Sezioni provinciali, che rappresentano le ramificazioni territoriali dell'AMT Sicilia per le province di Palermo, Catania, Agrigento, Enna, Messina, Ragusa e Trapani
L'AMT Sicilia fa capo a sua volta alla nazionale Associazione dei Magistrati Tributari, nei cui organi partecipano diversi magistrati tributari siciliani ( v. Rappresentanza nazionale )