Dyncell

DynCell est une plateforme de réalité virtuelle programmé en C++ s'appuyant sur ARéVi pour la modélisation de la morphogénèse basée sur l'analyse mutationnelle.

L'idée de ce simulateur est de trouver toutes les formes atteignables à partir d'une cellule dans laquelle il y a un "génome numérique". 

Ce génome consiste en une suite de contrôle permettant de définir des directions de division et les couleurs pour les cellules lorsque le système se développe. 

Il est transmis des cellules mère aux cellules fille à chaque pas de pas de temps (correspondant à une mitose des cellules du système)

Le génome doit être mis dans le fichier  Liste/listefrenchflag et doit avoir la forme :

Le premier chiffre représente la longueur du génome (ici 4) et dans les lignes suivantes, chaque chiffre représente un type cellulaire. En 2D, il existe 128 types cellulaire et en 3D, il y a 3912 types.

Exemple de génome :

L'ensemble des types cellulaire possibles est défini dans le fichier types_2D_128.xml. Chaque type cellulaire a ses propres directions, couleurs. 

<cellType type="16" color0=".81" color1=".81" color2="0" nbDir="6" dir0="1" dir1="3" dir2="2" dir3="7" dir4="0" dir5="0 " />

Attention, il y a un décalage de 1 entre la numérotation du génome et le type cellulaire.

Pour le french flag par exemple le génome est de longueur 4 : 0 96 64 0 et les types cellulaires sont 1 97 65 et 1

De manière séquentielle, chacune des cellules teste si elle peut se dupliquer dans la première direction. Si c'est le cas elle se multiplie sinon elle  teste la deuxième direction puis la troisième...

si elle tombe sur 0, c'est la quiescence, si c'est 7 c'est l'apoptose. 

Quand elle est quiescente, le tour suivant, elle peut se différencier en avançant dans le génome et en testant les nouvelles directions de ce nouveau contrôle morphologique.

Chaque type cellulaire à une couleur distincte et un ordre de division différent.

Installation :

ARéVi, l'atelier de Réalité virtuelle développé au CERV est nécessaire pour faire fonctionner DynCell et peut ètre téléchargé : http://svn.cerv.fr/trac/AReVi/. 

Il faut aussi installer ArWidget : http://svn.cerv.fr/trac/ArWidget et scontruct.

Pour compiler DynCell, il vous faut aussi Scons que vous trouverez :  http://scons.org/ et taper scons dans un terminal à la racine de DynCell.

Commandes :

Pour lancer l'application, il suffit de taper ./dyncell dans le même répertoire.

Principales commandes pour débuter avec DynCell

• • "m" pour lancer la lecture de chaque premiere ligne de longueur 4 du génome écrit plus haut dans Liste/listefrenchflag.

  • "p" pour mettre sur pause. 

  • "z' pour effacer la forme obtenue.

  • "g" pour lancer la création du génome.