สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษามัธยมศึกษามุกดาหาร เป็นหน่วยงานที่อยู่ภายใต้การกำกับดูแลของสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐานมีหน้าที่ดำเนินการให้เป็นไปตามอำนาจหน้าที่ตามความในมาตรา 38 แห่งพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ พ.ศ.2542 และที่แก้ไขเพิ่มเติม มาตรา 37 แห่งพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการกระทรวงศึกษาธิการ พ.ศ.2546 และที่แก้ไขเพิ่มเติม และตามประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง การแบ่งส่วนราชการภายในสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษา พ.ศ.2560 และฉบับที่ 2 พ.ศ.2561 ดังต่อไปนี้
มาตรา 38 แห่งพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ พ.ศ.2542 และที่แก้ไขเพิ่มเติมกำหนดให้สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษา มีอำนาจหน้าที่ในการกำกับดูแล จัดตั้ง ยุบ รวม หรือเลิกสถานศึกษาขั้นพื้นฐาน ในเขตพื้นที่การศึกษา ประสาน ส่งเสริมและสนับสนุนสถานศึกษาเอกชนในเขตพื้นที่การศึกษาประสานและส่งเสริมองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นให้สามารถจัดการศึกษาสอดคล้องกับนโยบายและมาตรฐานการศึกษา ส่งเสริมและสนับสนุนการจัดการศึกษาของบุคคล ครอบครัว องค์กรชุมชน องค์กรเอกชนองค์กรวิชาชีพ สถาบันศาสนา สถานประกอบการ และสถาบันสังคมอื่นที่จัดการศึกษาในรูปแบบที่หลากหลายในเขตพื้นที่การศึกษา
มาตรา ๓๗ แห่งพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการกระทรวงศึกษาธิการ พ.ศ. 2546 และที่แก้ไขเพิ่มเติม กำหนดให้สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามีอำนาจหน้าที่เกี่ยวกับการศึกษาตามที่กำหนดไว้ในกฎหมายว่าด้วยระเบียบบริหารราชการกระทรวงศึกษาธิการหรือกฎหมายอื่น และมีอำนาจหน้าที่ ดังนี้
(1) อำนาจหน้าที่ในการบริหารและการจัดการศึกษา และพัฒนาสาระของหลักสูตรการศึกษา ให้สอดคล้องกับหลักสูตรแกนกลางการศึกษาขั้นพื้นฐานของสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน
(2) อำนาจหน้าที่ในการพัฒนางานด้านวิชาการและจัดให้มีระบบประกันคุณภาพภายในสถานศึกษาร่วมกับสถานศึกษา
(3) รับผิดชอบในการพิจารณาแบ่งส่วนราชการภายในสถานศึกษาของสถานศึกษา และสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษา
ตามประกาศกระทรวงศึกษาธิการเรื่อง การแบ่งส่วนราชการภายในสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษา พ.ศ.2560 ฉบับที่ 2 พ.ศ.2561 และฉบับที่ 3 พ.ศ.2566 มีอำนาจหน้าที่ ดังนี้
1. จัดทำนโยบาย แผนพัฒนาและมาตรฐานการศึกษาของเขตพื้นที่การศึกษาให้สอดคล้องกับนโยบายมาตรฐานการศึกษา แผนการศึกษา แผนพัฒนาการศึกษาขั้นพื้นฐานและความต้องการของท้องถิ่น
2. วิเคราะห์จัดตั้งงบประมาณเงินอุดหนุนทั่วไปของสถานศึกษา และหน่วยงานในเขตพื้นที่การศึกษา และแจ้งจัดสรรงบประมาณที่ได้รับให้หน่วยงานข้างต้นรับทราบและกำกับ ตรวจสอบ ติดตามการใช้จ่ายงบประมาณของหน่วยงานดังกล่าว
3. ประสาน ส่งเสริม สนับสนุนและพัฒนาหลักสูตรร่วมกับสถานศึกษาในเขตพื้นที่การศึกษา
4. กำกับ ดูแล ติดตาม และประเมินผลสถานศึกษาขั้นพื้นฐานและในเขตพื้นที่การศึกษา
5. ศึกษา วิเคราะห์ วิจัย และรวบรวมข้อมูลสารสนเทศด้านการศึกษาในเขตพื้นที่การศึกษา
6. ประสานการระดมทรัพยากรด้านต่าง รวมทั้งทรัพยากรบุคคล เพื่อส่งเสริม สนับสนุน การจัด และพัฒนาการศึกษาในเขตพื้นที่การศึกษา
7. จัดระบบการประกันคุณภาพการศึกษาและประเมินผลสถานศึกษาในเขตพื้นที่การศึกษา
8. ประสาน ส่งเสริม สนับสนุน การจัดการศึกษาของสถานศึกษาของเอกชน องค์กรปกครอง ส่วนท้องถิ่น รวมทั้งบุคคล องค์กรชุมชน องค์กรวิชาชีพ สถาบันศาสนา สถานประกอบการ และสถาบันอื่น ที่จัดรูปแบบที่หลากหลายในเขตพื้นที่การศึกษา
9. ดำเนินการและประสาน ส่งเสริม สนับสนุนการวิจัยและพัฒนาการศึกษาในเขตพื้นที่การศึกษา
10. ประสาน ส่งเสริมการดำเนินงานของคณะอนุกรรมการ และคณะทำงานด้านการศึกษา
11. ประสานการปฏิบัติราชการทั่วไปกับองค์กร หน่วยงานภาครัฐ เอกชน และองค์กรปกครอง ส่วนท้องถิ่น ในฐานะสำนักงานผู้แทนกระทรวงศึกษาธิการในเขตพื้นที่การศึกษา
12. ปฏิบัติหน้าที่อื่นเกี่ยวกับกิจการภายในเขตพื้นที่การศึกษาที่มิได้ระบุให้เป็นหน้าที่ของผู้ใด โดยเฉพาะ หรือปฏิบัติงานอื่นตามที่มอบหมาย
โดยให้แบ่งส่วนราชการภายในสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษา ไว้ดังต่อไปนี้
(1) กลุ่มอำนวยการ มีอำนาจหน้าที่ดังต่อไปนี้
(ก) ปฏิบัติงานสารบรรณสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษา
(ข) ดำเนินการเกี่ยวกับงานช่วยอำนวยการ
(ค) ดำเนินการเกี่ยวกับอาคารสถานที่ สิ่งแวดล้อม และยานพาหนะ
(ง) จัดระบบบริหารงาน การควบคุมภายใน และพัฒนาองค์กร
(จ) ประชาสัมพันธ์ เผยแพร่กิจการ ผลงาน และบริการข้อมูลข่าวสาร
(ฉ) ประสานการดำเนินงานระหว่างหน่วยงานภายในและภายนอกเขตพื้นที่การศึกษา
(ช) ดำเนินการเลือกตั้งและสรรหากรรมการและอนุกรรมการ
(ซ) ประสาน ส่งเสริมการจัดสวัสดิการและสวัสดิภาพ
(ฌ) ปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้องกับกิจการภายในของสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาที่มิใช่งานของส่วนราชการใดโดยเฉพาะ
(ญ) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย