โรงเรียนวัดสันติการามวิทยา เดิมเป็นโรงเรียนราษฎร์ประเภทสามัญชื่อว่า “โรงเรียนวัดสันติการาม (สงเคราะห์เด็กยากจนในพระบรมราชูปถัมภ์)” ตั้งขึ้นเมื่อ วันที่ ๑๕ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๑๕ ด้วยพระราชทรัพย์ส่วนพระองค์ของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดชฯ พระราชทานเป็นทุน
เริ่มแรกรวมทั้งทุนของรัฐบาล พ่อค้า ประชาชน ซึ่งพระครูรัตนโชติก์ (เจ้าอาวาสวัดสันติการาม) เป็นประธานบอกบุญร่วมกันบริจาคทรัพย์โดยเสด็จพระราชกุศลในครั้งนั้น

วันที่ ๑๗ ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๑๗ พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว พร้อมด้วยสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯสยามบรมราชกุมารีและสมเด็จพระเจ้าลูกเธอเจ้าฟ้าจุฬาภรณวลัยลักษณ์ อัครราชกุมารเสด็จพระราชดำเนินมาทรงเปิดอาคารเรียน และพระราชทานแนวพระราชดำริในการจัดตั้งโรงเรียนขึ้น เพื่อสงเคราะห์เด็กยากจน และพระราชทานพระราชทรัพย์ส่วนพระองค์ทุกปี เพื่อเป็นเงินเดือนครู และจัดซื้ออุปกรณ์การเรียนการสอน ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งคณะกรรมการดำเนินการจัดตั้งโรงเรียนโดยมีสมเด็จพระวันรัต (ปุ่น ปุณณศิริ) เป็นประธานกรรมการ นายสัญญา ธรรมศักดิ์ พลเรือเอกหม่อมเจ้ากาฬวรรณดิศ ดิสกุล ดร.กัลย์ อิศรเสนา ณ อยุธยา
นายจำนง ราชกิจ และนายวิเชียร วัชรพาหุ เป็นกรรมการ ระยะแรกในการจัดการศึกษา ได้อาราธนาพระภิกษุสงฆ์มาเป็นครูสอน เปิดทำการสอนระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ ๕ ถึงชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๓ โดยมีนักเรียน ชั้นละ ๑ ห้องเรียน และได้โอนเข้าสังกัดกรมสามัญศึกษา กระทรวงศึกษาธิการ เมื่อ พ.ศ. ๒๕๒๔ ทำการสอนตั้งแต่ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๑-๓ โดยให้เป็นสาขาของโรงเรียนรัฐราษฎร์อุปถัมภ์ อำเภอเมือง จังหวัดราชบุรี

ต่อมาวันที่ ๑ เมษายน พ.ศ. ๒๕๒๖ ได้ประกาศจัดตั้งให้เป็นโรงเรียนประจำตำบลทุ่งหลวงและเปลี่ยนชื่อเป็น “โรงเรียนวัดสันติการามวิทยา” สังกัดกรมสามัญศึกษา กระทรวงศึกษาธิการ เปิดสอนระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนต้น (ม.๑-ม.๓) และ ในปีการศึกษา ๒๕๓๘ เปิดสอนระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนปลาย (ม.๔–ม.๖)

โรงเรียนวัดสันติการามวิทยา เป็นโรงเรียนในสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา เขต ๘ เปิดสอนในระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนต้นและตอนปลาย (ม.๑–ม.๖) ตามหลักสูตรการศึกษาขั้นพื้นฐาน พุทธศักราช ๒๕๕๑

เมื่อปี พ.ศ. ๒๕๕๖ สำนักเลขาธิการคณะรัฐมนตรี ขอให้สำนักราชเลขาธิการนำความกราบบังคมทูลพระกรุณาว่า สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน
ขอพระราชทานชื่อโรงเรียนสงเคราะห์เด็กยากจนในถิ่นทุรกันดาร และถิ่นที่มีผู้ก่อการร้ายตามแนวชายแดนตามพระราชประสงค์ในพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวฯ
เพื่อเฉลิมพระเกียรติเนื่องในโอกาสพระราชพิธีมหามงคลเฉลิมพระชนมพรรษา ๗ รอบ ๕ ธันวาคม พ.ศ. ๒๕๕๔ พร้อมทั้งขอพระราชทานพระบรมราชานุญาต
เชิญพระมหามงกุฎประกอบเป็นตราสัญลักษณ์ของโรงเรียน และวันพุธที่ ๒๙ มกราคม พ.ศ. ๒๕๕๗ สำนักราชเลขาธิการพิจารณาแล้วสมควรให้ใช้
“ในพระบรมราชานุเคราะห์” ต่อท้ายชื่อโรงเรียนเป็น “โรงเรียนวัดสันติการามวิทยา ในพระบรมราชานุเคราะห์” ตั้งแต่นั้นมาจนถึงปัจจุบัน