จากการเปิดหลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาวิทยาการคอมพิวเตอร์ หลักสูตรพ.ศ. 2554 ซึ่งมีการเปิดสาขาวิชาในลักษณะแขนง ซึ่งมี 2 แขนงให้เลือก คือ แขนงวิทยาการคอมพิวเตอร์ และแขนงวิศวกรรมซอฟต์แวร์ พบว่าทั้งสองแขนงมีจุดเด่นซึ่งแตกต่างกัน ทั้งในเรื่องของรายวิชาที่ศึกษา และความสนใจในการเลือกเรียนของผู้สมัคร
แขนงวิศวกรรมซอฟต์แวร์เป็นทางเลือกของนักพัฒนาโปรแกรม และผู้ที่ต้องการประกอบอาชีพทางด้านการพัฒนาซอฟต์แวร์ โดยในการเรียนไม่ต้องลงลึกในทางทฤษฎีทางคอมพิวเตอร์มากนักแต่เน้นในการประยุกต์นำแนวคิดเชิงทฤษฎีเหล่านั้นมาปรับใช้กับการบริหารจัดการซอฟต์แวร์ในองค์กร ซึ่งผู้เรียนมีพื้นฐานในการเขียนโปรแกรมมาพอสมควร และแขนงวิศวกรรมซอฟต์แวร์เป็นทางเลือกของผู้สำเร็จการศึกษาทางด้านวิทยาการคอมพิวเตอร์ที่ต้องการศึกษากระบวนการทำซอฟต์แวร์อย่างเต็มรูปแบบซึ่งจากการเรียนในระดับปริญญาตรี อาจจะได้เรียนมาบ้างแต่ยังไม่ครอบคลุม และเป็นหลักสูตรที่รองรับผู้สำเร็จการศึกษาในระดับปริญญาตรี สาขาวิชาวิศวกรรมซอฟต์แวร์ที่ต้องการทำการวิจัยในเชิงลึก
จากเหตุผลดังกล่าวจึงทำให้ภาควิชาพิจารณาการจัดตั้งสาขาวิชาวิศวกรรมซอฟต์แวร์ขึ้น เพื่อให้การเรียนการสอนมีความเจาะจงและส่งเสริมความเชี่ยวชาญและประสบการณ์ของผู้เรียนมากขึ้น โดยได้ทำการนำเสนอหลักสูตรใหม่ปีพ.ศ.2559 แต่เนื่องจากต้องใช้เวลาในการดำเนินการพิจารณาหลักสูตรใหม่ต่อสภามหาวิทยาลัยฯ จึงทำให้ไม่สามารถเปิดรับนักศึกษาได้ทันปีการศึกษา 2559 ดังนั้นจึงได้ทำการเปิดรับสมัครคัดเลือกในภาคการศึกษาที่ 1 ปีการศึกษา 2560 เป็นต้นไป
เป็นหลักสูตรใหม่ที่นำเสนอที่ประชุมสภามหาวิทยาลัยในปีพ.ศ.2559 เปิดรับสมัครสอบคัดเลือกในปี 2560 ในภาคการศึกษาที่ 1 อาจารย์ผู้รับผิดชอบหลักสูตร และอาจารย์ประจำหลักสูตร เป็นไปตามเงื่อนไขของสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา (สกอ.) และเป็นไปตามกฎระเบียบบัณฑิตศึกษา ปีพ.ศ.2558 โดยมีการประกันคุณภาพตาม AUNQA และตามกรอบมาตรฐานคุณวุฒิแห่งชาติที่กำหนดโดย สกอ.