Inicio Labores a inicios del año escolar en el año 1955 en el barrio Montes en la Calle 38 con Kra 25, funcionaban 5 cursos de Básica Primaria de primero a Quinto grado, bajo la dirección de Eucaris Blanco de Pantoja. En ese tiempo los estudiantes llevaban las sillas de sus casas para poder estudiar.

Al año siguiente la secretaria de educación entrego los pupitres y demás; y los docentes muy motivados comenzaron a arreglar el frente del lugar. En el año 1957 nombran a a Rodolfo Giacometo como director y esta institución le coloca el nombre de 16 para varones y la convierten en escuela piloto y los docentes nombrados fueron seleccionados.

Funcionaba con jornada continua, y era considerada la mejor del dpto. del Atlántico. En 1967 fue nombrado como rector Juan Barros, el cual creo el dpto. de psicoorientacion y según ordenanza del 16 de Diciembre del año 1992, fue reglamentada la Educación Ampliada o sea hasta el grado Noveno, y su funcionamiento se inicio el 1 de Febrero del año 1994., acogiendo lo propuesto en la Ley General de Educación.

En el año 2000, se inicia la Educación Media con el grado Decimo, y en Abril 2001 se aprueba la Educación Media mediante Resolución 00496 dándose la primera promoción de bachilleres: A partir de ese momento la institución cambia de nombre de Centro de Educación Básica al de Colegio Distrital San José.

En el año 2009. Ocurre la fusión con el antiguo Víctor Luis Domínguez, CEB 26, y el colegio distrital San José bajo la rectoría de la licenciada Manuela Arcón Mazzo, y el distrito le cambia el nombre por el de Institución Educativa Distrital San José.

La planta física fue remodelada y ampliada por el Distrito de Barranquilla, siendo inaugurada por el ex alcalde Alex Char en presencia de la alcaldesa de Barranquilla Elsa Noguera el día 16 de Abril del 2012 a las 4 y 30 de la tarde.