มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลอีสาน จัดให้มีระบบการประกันคุณภาพการศึกษาภายใน ระดับหลักสูตร สอดคล้องกับกฎกระทรวงว่าด้วยระบบ หลักเกณฑ์ และวิธีการประกันคุณภาพการศึกษา พ.ศ. 2553 เป็นไปตามมาตรฐานการอุดมศึกษา เกณฑ์มาตรฐานต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้องและเตรียมความพร้อมเพื่อรองรับการประกันคุณภาพภายนอก โดยเลือกใช้ระบบที่คณะกรรมการประกันคุณภาพภายในระดับอุดมศึกษาจัดทำขึ้นเป็นไปในทิศทางเดียวกับการประเมินเพื่อเผยแพร่หลักสูตรที่มีคุณภาพและมาตรฐานตามที่ประกาศไว้ในกรอบ มาตรฐานคุณวุฒิระดับอุดมศึกษาแห่งชาติ พ.ศ. 2552 

มติที่ประชุมสภามหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลอีสาน ครั้งที่ 6/2566 เมื่อวันที่ 28 เมษายน 2566 พิจารณาเห็นชอบการประกันคุณภาพการศึกษาภายใน ระดับหลักสูตร ด้วยเกณฑ์เครือข่ายการประกันคุณภาพมหาวิทยาลัยอาเซียน (ASEAN University Network Quality Assurance : AUN-QA) สำหรับหลักสูตรที่ใช้เกณฑ์มาตรฐานหลักสูตร 2565 ตั้งแต่ปีการศึกษา 2566 เป็นต้นไป