สาขาวิชาวาริชศาสตร์และนวัตกรรมการจัดการ คณะทรัพยากรธรรมชาติ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ เดิมใช้ชื่อว่า ภาควิชาชลทรัพยากรศาสตร์ และภาควิชาวาริชศาสตร์ (Aquatic Science) ตามลำดับ จัดตั้งขึ้นครั้งแรกควบคู่ไปกับ โครงการจัดตั้งคณะทรัพยากรธรรมชาติ ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของแผนการพัฒนามหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ฉบับที่ 4 (พ.ศ. 2520-2524) เริ่มดำเนินการโครงการจัดตั้งภาควิชาชลทรัพยากรศาสตร์ในปี พ.ศ. 2520 โดยมหาวิทยาลัยได้รับความช่วยเหลือจากธนาคารโลก ในการว่าจ้างบริษัทจากประเทศอังกฤษมาเป็นผู้วางแผนการจัดตั้ง จนกระทั่งปี พ.ศ. 2522 จึงเสนอขออนุมัติจัดตั้งโครงการและหลักสูตรชลทรัพยากรศาสตร์และเริ่มรับนักศึกษาเป็นครั้งแรก ต่อมาในปี พ.ศ. 2523 ทบวงมหาวิทยาลัยรับรองหลักสูตร และขอเปลี่ยนชื่อเป็นหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวาริชศาสตร์ และทบวงฯ เสนอแนะให้เปลี่ยนชื่อเป็น “โครงการจัดตั้งภาควิชาวาริชศาสตร์” เพื่อให้สอดคล้องกับชื่อภาษาอังกฤษ เป็นโครงการใหม่ที่กำหนดในแผนการศึกษาและแผนพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ ฉบับที่ 5 (พ.ศ. 2525-2529)
ในปี 2538 ได้มีการก่อตั้ง ศูนย์วิจัยสุขภาพสัตว์น้ำ ซึ่งมีภาระกิจหลักคือ บริการวิชาการและวิจัย ในสาขาที่เกี่ยวข้องกับสุขภาพสัตว์น้ำและอาหารสัตว์น้ำ ปัจจุบันศูนย์วิจัยสุขภาพสัตว์น้ำทำงานภายใต้สังกัดสาขาวิชาวาริชศาสตร์และนวัตกรรมการจัดการ คณะทรัพยากรธรรมชาติ และได้รับการเปลี่ยนชื่อใหม่เป็น ศูนย์วิจัยสุขภาพสัตว์น้ำ กิจการ ศุภมาตย์
ในปี 2560 ได้มีการแบ่งส่วนราชการคณะทรัพยากรธรรมชาติใหม่ (ตามมติที่ประชุมคณะกรรมการประจำคณะฯ ครั้งที่ 10/2560 วันที่ 20 ธันวาคม 2560 และครั้งที่ 3/2561 เมื่อวันที่ 28 มีนาคม 2561) ภาควิชาวาริชศาสตร์ ได้ปรับเปลี่ยนชื่อเป็น สาขาวิชาวาริชศาสตร์และนวัตกรรมการจัดการ ซึ่งประกอบด้วย 3 หลักสูตร คือหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต (วาริชศาสตร์) หลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต (วาริชศาสตร์) หลักสูตรปรัชญาดุษฏีบัณฑิต (วาริชศาสตร์) และศูนย์วิจัยสุขภาพสัตว์น้ำ กิจการ ศุภมาตย์
สาขาวิชาวาริชศาสตร์และนวัตกรรมการจัดการ มีภารกิจหลัก 4 ด้าน คือ
จัดหลักสูตรและการเรียนการสอนหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต (วาริชศาสตร์), วิทยาศาสตรมหาบัณฑิต (วาริชศาสตร์) และปรัชญาดุษฎีบัณฑิต (วาริชศาสตร์) และร่วมสอนในหลักสูตรอื่นๆ ที่เกี่ยวข้องทั้งภายในและภายนอกมหาวิทยาลัย
มีนโยบายและแผนงานสนับสนุนการทำวิจัยของบุคลากรที่สอดคล้องกับวิสัยทัศน์และพันธกิจของภาควิชาฯ และการวิจัยเพื่อพัฒนาการเรียนการสอน
มีนโยบายและแผนในการจัดบริการวิชาการให้แก่ชุมชนตามพันธกิจของภาควิชาฯ
สนับสนุนบุคลากรเข้าร่วมกิจกรรมเพื่อการทำนุบำรุงศิลปวัฒนธรรม รวมทั้งมีการสอดแทรกในการจัดการเรียนการสอน