หลักสูตรปริญญาโท
พ.ศ. 2551
คณะการแพทย์แผนไทย ได้มีแนวคิดในการพัฒนาภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยที่ช่วยในการดูแลรักษาสุขภาพของประชาชน ให้มีความเป็นสากลและเป็นที่ยอมรับของนานาชาติ จึงได้ยกระดับความรู้ทางวิชาชีพการแพทย์แผนไทย สู่งานวิจัยที่สูงขึ้น ดังนั้นการพัฒนาคนให้มีความรู้ ความเชี่ยวชาญในเชิงวิชาการและวิชาชีพขั้นสูง จึงมีแนวคิดในการจัดทำหลักสูตรการแพทย์แผนไทยมหาบัณฑิต เพื่อเปิดโอกาสทางการศึกษาสำหรับบัณฑิตที่สำเร็จการศึกษาในระดับปริญญาตรี ในสาขาวิชาการแพทย์แผนไทย สาขาวิชาการแพทย์แผนไทยประยุกต์ หรือในสาขาวิชาอื่นที่เกี่ยวข้อง เพื่อศึกษาต่อในระดับปริญญาโท
พ.ศ.2552
มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ได้มีคำสั่งแต่งตั้งคณะกรรมการจัดทำหลักสูตรการแพทย์แผนไทยมหาบัณฑิต ตามคำสั่งมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ที่ 0547/2552 ลงวันที่ 7 เมษายน 2552 โดยมีคณบดีคณะการแพทย์แผนไทย (รองศาสตราจารย์ ดร.สนั่น ศุภธีรสกุล) เป็นประธาน และได้รับเห็นชอบจากสภามหาวิทยาลัย เมื่อวันที่ 24 พ.ย. 2552 และได้รับการรับรองจากสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา เมื่อวันที่ 21 ธันวาคม 2552
พ.ศ.2553
หลักสูตรการแพทย์แผนไทยมหาบัณฑิต ได้เปิดรับนักศึกษารุ่นแรก โดยมีนักศึกษาเข้าศึกษาในหลักสูตร ทั้งหมด 4 คน ภายในปีนี้ทางสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา ได้มีนโยบายให้ทุกหลักสูตรดำเนินการปรับปรุงหลักสูตรให้เป็นไปตามกรอบมาตรฐานคุณวุฒิระดับอุดมศึกษาแห่งชาติ พ.ศ.2552 ซึ่งทางหลักสูตร ได้ดำเนินการตามนโยบายของสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา ได้มีคำสั่งแต่งตั้งคณะกรรมการปรับปรุงหลักสูตรการแพทย์แผนไทยมหาบัณฑิต ตามคำสั่งมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ที่ 1262/2553 ลงวันที่ 5 กรกฏาคม 2553 โดยมีคณบดีคณะการแพทย์แผนไทย (รองศาสตราจารย์ ดร.สนั่น ศุภธีรสกุล) เป็นประธาน
พ.ศ. 2554
หลักสูตรการแพทย์แผนไทยมหาบัณฑิต ฉบับปรับปรุง พ.ศ. 2554 ได้ผ่านการเห็นชอบจากสภามหาวิทยาลัย เมื่อวันที่ 28 พฤษภาคม 2554 และได้รับการรับรองจากสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา เมื่อวันที่ 30 กันยายน 2554
พ.ศ. 2557 - 2559
หลักสูตรได้มีการวางแผนปรับปรุงหลักสูตร และเริ่มใช้ในปีการศึกษา 2560 เป็นปีการศึกษาแรก หลักสูตรการแพทย์แผนไทยมหาบัณฑิต ฉบับปรับปรุง พ.ศ. 2559 ได้ผ่านการเห็นชอบจากสภามหาวิทยาลัย เมื่อวันที่ 21 พฤษภาคม 2559 และได้รับการรับรองจากสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา เมื่อวันที่ 1 ธันวาคม 2559
พ.ศ. 2564
หลักสูตรได้มีการวางแผนปรับปรุงหลักสูตร และเริ่มใช้ในปีการศึกษา 2564 เป็นปีการศึกษาแรกหลักสูตรการแพทย์แผนไทยมหาบัณฑิต ฉบับปรับปรุง พ.ศ. 2564 ได้ผ่านการเห็นชอบจากสภามหาวิทยาลัย เมื่อวันที่ 14 พฤศจิกายน 2563 และได้รับการรับรองจากสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา เมื่อวันที่ 21 ตุลาคม 2564