การดำเนินงานเกี่ยวกับเรื่องร้องเรียนทุจริตและประพฤติมิชอบจะมีการกำหนดชั้นความลับและคุ้มครองบุคคลที่เกี่ยวข้องโดยปฏิบัติตามระเบียบว่าด้วยการรักษาความลับของทางราชการและมาตรการคุ้มครองผู้ร้องและพยาน

     เมื่อได้รับเรื่องร้องเรียน ให้ผู้ประสานงานรับเรื่องร้องเรียน ลงทะเบียนรับเรื่องร้องเรียนรวบรวมพิจารณาความชัดแจ้งเพียงพอของพยานหลักฐานในเบื้องต้น  เพื่อเสนอข้อร้องเรียนนั้นไปยังผู้อำนวยการหรือผู้ที่ได้รับมอบหมายเพื่อพิจารณาสั่งการตามที่เห็นสมควรโดยไม่ชักช้า ซึ่งจะต้องดำเนินการให้แล้วเสร็จภายใน 3 วันทำการ นับตั้งแต่วันที่ได้รับข้อร้องเรียน หากไม่สามารถดำเนินการภายในระยะเวลาดังกล่าวให้ชี้แจงเหตุผล ประกอบด้วย และผู้อำนวยการหรือผู้ที่ได้รับมอบหมายพิจารณาสั่งการ ภายใน 3 วันทำการ  นับตั้งแต่วันที่ได้รับข้อร้องเรียนจากผู้ประสานงานรับเรื่องร้องเรียน

   ในกรณีที่ผู้อำนวยการหรือผู้ที่ได้รับมอบหมายสั่งการให้หน่วยงาน/บุคคลรับผิดชอบ ตรวจสอบข้อเท็จจริง ดำเนินการจัดการข้อร้องเรียน และหรือแก้ไขปัญหาและปรับปรุงการให้บริการให้หน่วยงาน/บุคคลรับผิดชอบดำเนินการให้แล้วเสร็จภายใน 30 วัน นับตั้งแต่วันที่ สสวท. ได้รับข้อร้องเรียน