A Escola Estadual Prof. Antônio Emílio de Souza Penna está localizada no bairro da Freguesia do Ó, que é considerado um dos bairros mais antigos de São Paulo. Inaugurada na década de 1950, funcionava na rua John Lane, numa casa muito simples, cujos cômodos eram utilizados como sala de aula. Nessa ocasião havia apenas o curso primário, porém, com o aumento populacional de nosso bairro e com a carência de escolas públicas que oferecessem o curso ginasial, houve a necessidade de um novo local para ampliação da rede, surgindo então, em 1969, a nova sede do Souza Penna no endereço onde a escola está até hoje. Durante o período diurno funcionava o GESP (Grupo Escola Souza Penna) e durante o período noturno a escola Vila Brito com seu curso ginasial. Em 1974, o Vila Brito fundiu-se com CETAL (atual Escola Tarcísio Alvares Lobo - ETAL), ficando apenas a Escola Antônio Emílio de Souza Penna com os cursos primário e ginasial.
Com o crescimento urbano, muitas comunidades instalaram-se nas proximidades. A procura por educação aumentou. O ensino tinha novas funções e denominações. O curso primário, o curso ginasial e o curso colegial, ainda não mencionado, foram substituídos pelo atual Ensino Fundamental e Ensino Médio.
A partir de 1992, o curso noturno passou a ter a maioria das turmas formadas por Ensino Médio. Esta modalidade de ensino atraiu alunos oriundos de diversas regiões, com situação econômica diversa, criando um perfil bem diversificado do corpo discente.
Em 2022, levou-se uma consulta pública para a comunidade escolar sobre a adesão ao P.E.I. (Programa de Ensino Integral), o que foi aceito pela maioria.
Em 2023, começou-se a implementação do Programa Ensino Integral com a missão de garantir o acesso e a permanência de todos, com princípios de igualdade e equidade, oferecendo ensino de excelência à comunidade, com condições de aprendizagem significativa, atualizada e eficaz, com vistas à formação integral de sujeitos protagonistas, críticos, competentes, autônomos, éticos e solidários.
Nossa visão é sermos reconhecidos como uma escola de excelência pela sociedade por proporcionar um ensino de qualidade e sermos uma escola de referência regional pela qualidade de educação e ações transformadoras da realidade social.
A escola promove a educação como processo contínuo de transmissão, construção e desenvolvimento de conhecimentos, culturas e valores ao considerar que, apesar de todo o aparato que envolve a ação educativa, é nas relações humanas que reside a essência da formação dos indivíduos.