Berdasarkan keputusan Direktur Jendral Pendidikan Tinggi Nomor 03/Kep/DJ/1979, maka pada tahun 1961 pemerintah telah mendirikan enam sekolah Politeknik, yaitu di Medan, Palembang, Jakarta, Bandung, Semarang dan Malang. Seluruh keberadaan sekolah politekik ini dititipkan pengelolaannya pada universitas yang ada di kota tersebut. Politeknik Negeri Samarinda (POLNES) adalah generasi kedua dalam pengembangan penyelenggaraan pendidikan Politeknik di Indonesia, yang didirikan melalui Keputusan Dirjen Dikti Nomor 80/Dikti/Kep/1985. Pada saat itu Politeknik Negeri Samarinda dikenal dengan nama Politeknik Universitas Mulawarman (Politeknik UNMUL) dan menginduk pada Universitas Mulawarman. Melalui SK MENDIKBUD Nomor 0313/O/1991 Tentang Penataan Politeknik dalam Lingkungan Universitas dan Institusi Negeri, maka Politeknik Negeri Samarinda pada saat itu diubah namanya dari Politeknik Universitas Mulawarman menjadi Politeknik Samarinda 1 dan diresmikan pendiriannya oleh MENDIKBUD pada Tahun 1993. Politeknik Samarinda 1 memiliki Jurusan dan Program Studi Teknik Mesin, Jurusan Teknik Elektro Program Studi Teknik Listrik, Jurusan dan Program Studi Akuntansi, Jurusan Administrasi Niaga Program Studi Kesektariatan dan Administrasi Perkantoran.

Pada tahun yang sama 2 Jurusan dan Program Studi yakni Jurusan dan Program Studi Akuntansi, Jurusan Administrasi Niaga Program Studi Kesektariatan dan Administrasi Perkantoran dinaikkan statusnya dari Diploma 2 menjadi Diploma 3. Pada tahun 1997, melalui SK MENDIKBUD Nomor 066/O/1997 Tentang Organisasi dan Tata Kerja, Politeknik Samarinda 1 terpisah dari Universitas Mulawarman dan namanya diubah menjadi Politeknik Negeri Samarinda (POLNES). Seluruh Jurusan dan Program Studi dinaikkan stratanya dari Diploma 2 menjadi Diploma 3.

Selanjutnya, sejak tahun 2000 dibuka Jurusan dan Program Studi Baru yakni Teknik Kimia melalui proyek EEDP Asian Development Bank. Tahun 2001 POLNES membuka Program Studi Teknik Informatika, Desain Produk, dan Pariwisata melalui proyek APBD Kaltim. Tambahan 1 Jurusan dan 3 Program Studi dimiliki Politeknik Negeri Samarinda (POLNES) sejak tahun 2005 setelah Akademi Maritim Kaltim (AMK) oleh Pemerintah Provinsi Kalimantan Timur diserahkan pengelolaannya kepada Politeknik Negeri Samarinda, melalui SK Gurbenur Kaltim Nomor 061/4570/Org tanggal 06 Juni 2005. AMK kemudian menjadi Jurusan Kemaritiman D3 dengan 3 Program Studi yakni, Teknika, Nautika, dan Ketatalaksanaan Pelayaran Niaga dan Kepelabuhan.

Dalam sejarahnya Politeknik Negeri Samarinda pernah melakukan pembinaan BLKI melalui program kerjasama antara Dirjen Pembinaan Pelatihan dan Produktivitas Tenaga Kerja Depnaker Nomor Kep.31/BPP/1997 dan Dirjen Pendidikan Tinggi DEPDIKBUD Nomor Kep.125/DIKTI/SKB/1997, serta MOU antara Kanwil Depnaker Provinsi Kalimantan Timur Nomor Kep.270/W.16/6/1997 dan Politeknik Universitas Mulawarman No. 593/PNS/PP/1997. Bidang yang dikerjasamakan adalah Program khusus teknisi Jurusan Teknik Mesin Industri dan Teknik Listrik Industri. Pada saat ini, Politeknik Negeri Samarinda memiliki 14 Program Studi baik D3 dan D4. Program Studi D3 yaitu, Teknik Sipil, Teknik Elektro, Teknik Informatika, Perawatan dan Perbaikan Mesin, Teknik Mesin Alat Berat, Teknik Komputer, Teknik Kimia, Desain Produk, Arsitektur, Akuntansi, Pariwisata, Kemaritiman, dan Administrasi Bisnis. Sedangkan Program Studi D4 yaitu, Rekayasa Jalan dan Jembatan, Teknik Mesin Produksi dan Perawatan, Teknik Informatika Multimedia, Teknik Elektro, Keuangan Perbankan, Akuntansi Manajerial, Manajemen Pemasaran dan Petro dan Oleo Kimia.

Adapun visi dan misi Politeknik Negeri Samarinda, sebagai berikut:

Visi Politeknik Negeri Samarinda

"Menjadi Perguruan Tinggi Vokasi yang Unggul di Bidang Rekayasa dan Tata Niaga pada tingkat Nasional"

Misi Politeknik Negeri Samarinda

a. Menyelenggarakan pendidikan vokasi yang bertumpu pada tingkat peningkatan kualitas, perluasan akses dan lulusan berdaya saing tinggi

b. Menyelenggarakan system tata kelola yang sehat, transparan, berkualitas dan akuntabel sebagai wujud penyelenggaraan organisasi yang sehat

c. Menyelenggarakan pengembangan dan peningkatan kualitas hasil karya intelektual yang aplikatif melalui kegiatan penelitian dan pengabdian pada masyarakat

d. Menyelenggarakan jaringan kerja sama (networking) dan pencitraan publik