โรงเรียนบ้านโคกพนมดี ก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ ๘ เดือนพฤษภาคม พ.ศ. ๒๔๙๐ โดยมีนายสารี สามารถ และชาวบ้านโคกพนมดีรวมทั้งชาวบ้านใกล้เคียงร่วมกันสละทรัพย์และแรงงาน  สร้างเป็นรูปลักษณะศาลาโรงเรียนคิดเป็นมูลค่า ๒,๕๐๐ บาท  สำหรับที่ดินโรงเรียนนั้น นายสารี สามารถ เป็นผู้อุทิศให้มีเนื้อที่ ๖ ไร่ ๒ งาน ๕๔ ตารางวา โดย  มีนายประยูร เชื้อแย้ม ผู้ช่วยศึกษาธิการอำเภอศรีมหาโพธิ เป็นผู้รับมอบ (ขณะนั้นยังไม่ยกฐานะเป็นอำเภอศรีมโหสถ) และทางราชการแต่งตั้งให้นายจรัส สังวร มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่ มีนักเรียนครั้งแรก ๔๕ คน และ ให้ชื่อโรงเรียนนี้ว่า "โรงเรียนบ้านโคกพนมดี" ในปี พ.ศ. ๒๕๕๔ ได้ส่งคืนพื้นที่ด้านทิศตะวันออกและทิศตะวันตกของโรงเรียนให้กับธนารักษ์พื้นที่ปราจีนบุรี เพื่อให้องค์การบริหารส่วนตำบลโคกไทยนำไปใช้ประโยชน์ในการจัดสร้างถนน ในหมู่บ้าน ปัจจุบันมีเนื้อที่ ๖ ไร่ ๘๒ ตารางวา

พ.ศ. ๒๔๙๘ ทางราชการได้อนุมัติเงินงบประมาณ ก.ศ.ส. สร้างอาคารเรียนถาวรในวงเงิน  ๒๕,๐๐๐ บาท พร้อมทั้งรื้ออาคารหลังเก่ามาสร้างรวมกันด้วย เป็นแบบ ป.๑ พิเศษ จำนวน ๒ ห้องเรียน ขนาด  ๙ x๑๓ เมตร

พ.ศ. ๒๕๑๕ ได้งบประมาณสร้างอาคารเรียนแบบ ป.๑ ข จำนวน ๑๓๐,๐๐๐ บาท ขนาด ๙ x๓๖ เมตร และเริ่มใช้เป็นอาคารเรียนเมื่อวันที่ ๒๗ มกราคม พ.ศ. ๒๕๑๕

พ.ศ. ๒๕๒๐ ได้งบประมาณสร้างอาคารเรียนหลังใหม่ เป็นแบบ ป.๑ ข เชื่อมต่ออาคารเรียนหลังเก่า ขนาด ๙ x๓๖ เมตร ๔ ห้องเรียน เริ่มใช้เป็นอาคารเรียนเมื่อวันที่ ๑ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๒๒

พ.ศ. ๒๕๕๐ ได้รับงบประมาณก่อสร้างอาคารเรียนแบบ สปช. ๑๐๑/๒๖  ขนาด ๖ x ๒๗ เมตร และเริ่มใช้เป็นอาคารเรียนเมื่อวันที่ ๑๖ พฤษภาคม ๒๕๕๑ 

พ.ศ. ๒๕๕๔ ได้รับงบประมาณตามโครงการโรงเรียนดีประจำตำบล รุ่นที่ ๒ ในการก่อสร้างอาคารอเนกประสงค์ แบบ สปช. ๑๐๒/๒๖  ขนาด ๑๐ x ๒๐ เมตร ถนนคอนกรีตภายในโรงเรียนและรั้วด้านทิศตะวันออกและทิศตะวันตก

พ.ศ. ๒๕๕๘ ได้รับงบประมาณก่อสร้างส้วม แบบ  สปช. ๖๐๔/ ๔๕ (ขนาด ๔ ที่นั่งพื้นติดดิน)  วงเงิน ๒๔๖,๐๐๐.- บาท

พ.ศ. ๒๕๕๙ ได้รับงบประมาณก่อสร้างบ้านพักครู ๒๐๕/๒๖ วงเงิน ๗๐๐,๐๐๐.- บาท

พ.ศ. ๒๕๖๑ ได้รับงบประมาณต่อเติมหลังคาและเทพื้นหน้าอาคารเรียน สปช.๑๐๑/๒๖  วงเงิน ๓๕๐,๐๐๐.- บาท  (งบประมาณ  ๒๕๖๒)

พ.ศ. ๒๕๖๓ ได้รับงบประมาณปรับปรุงอาคารเรียนอาคารประกอบและสิ่งก่อสร้างอื่น งานต่อเติมพื้นและทำร่องน้ำหน้าอาคารเรียน สปช.๑๐๑/๒๖  วงเงิน  ๒๕๗,๐๐๐  (งบประมาณ  ๒๕๖๓)

พ.ศ. ๒๕๖๓ ได้รับงบประมาณปรับปรุงซ่อมแซมอาคารเรียน อาคารประกอบ (อาคารโรงอาหาร) วงเงิน  ๓๓๑,๓๐๐  บาท  (งบประมาณ  ๒๕๖๔)

พ.ศ. ๒๕๖๔  ได้รับงบประมาณปรับปรุงอาคารเรียนสปช.๑๐๑/๒๖  วงเงิน  ๒๗๓,๖๐๐ บาท  (งบประมาณ  ๒๕๖๕)

พ.ศ. ๒๕๖๕  ได้รับงบประมาณปรับปรุงซ่อมแซมอาคารเรียนอาคารประกอบและสิ่งก่อสร้างอื่น ยกอาคารเรียน ป.๑ ข ฝั่งทิศตะวันตก วงเงิน  ๕๐๐,๐๐๐ บาท  (งบประมาณ  ๒๕๖๖)

พ.ศ. ๒๕๖๗ ได้รับงบประมาณปรับปรุงซ่อมแซมอาคารเรียนอาคารประกอบและสิ่งก่อสร้างอื่น ยกอาคารเรียน ป.๑ ข ฝั่งทิศตะวันออก วงเงิน  ๕๐๐,๐๐๐ บาท  (งบประมาณ  ๒๕๖๗)