โรงเรียนวัดต้นทอง ตั้งขึ้นเมื่อวันที่ ๑๖ ตุลาคม พ.ศ.๒๔๗๗ โดยใช้สถานที่ศาลาการเปรียญวัดต้นทอง  เป็นสถานที่เรียน มีนักเรียนครั้งแรก ๙๗ คน โดยมีนายบุญ ขวัญเมือง เป็นครูใหญ่คนแรก

ปี พ.ศ.๒๔๙๙ คณะครู กรรมการวัดและกรรมการโรงเรียนโดยการนำของหลวงพ่อน้อม เจ้าอาวาส

วัดต้นทอง ได้ริเริ่มที่จะก่อสร้างอาคารเรียนขึ้น โดยจัดงานวัดหาทุนทรัพย์ ปีละครั้งเป็นเวลา ๓ ปี ได้เงินสุทธิ  ๒๒,๐๐๐ บาท นำมารวมกับงบประมาณของทางราชการ โดยประสานงานของพลตรีหลวงวิศิษฐ์ยุทธศาสตร์

ซึ่งเป็นผู้แทนราษฎรในขณะนั้น

ปี  พ.ศ.๒๕๐๑ ดำเนินการปลูกสร้าง อาคารเรียนแบบ ป.๑ ชนิดถาวรขนาด ๘ x ๓๐ เมตร เริ่มสร้างเมื่อวันที่ ๑๕ กันยายน พ.ศ.๒๕๐๑ ใช้เวลา ๑ ปี แต่ยังไม่สมบูรณ์นักมีบุคคลต่าง ๆ ร่วมมือช่วยเหลือ เช่น นายวิรัตน์  ศุขะพันธ์ นายปรีชา ศรีทองคำ นายอนันต์ ปิ่นทอง นายหน่าย ประดับมุข นายบุญนาค สว่างโชติ เป็นต้น 

วันที่ ๒๓ มีนาคม พ.ศ.๒๕๐๕ ได้ทำพิธีเปิดป้ายอาคารเรียนและส่งมอบให้เป็นสมบัติของทางราชการ  รวมมูลค่าปลูกสร้างทั้งสิ้น ๑๗๕,๖๐๐ บาท

ต่อมาถึงปี พ.ศ.๒๕๒๑ ทางราชการได้สร้างอาคารแบบ ๐๑๔ เพิ่มเติมให้อีก ๔ ห้องเรียน และปี ๒๕๒๘ ได้งบประมาณรื้ออาคารดั้งเดิมเปลี่ยนแปลงปลูกสร้างใหม่เป็นแบบ ๐๑๔  อีก ๔ ห้องเรียนต่อเป็นหลังเดียวกันกับที่สร้างในปี ๒๕๒๑ รวมเป็น ๘ ห้องเรียน

ในระยะต่อมาผู้บริหาร คณะครู พร้อมด้วยกรรมการโรงเรียน(สมัยนั้น) ได้จัดหางบบริจาคมาต่อเติมชั้นล่างอีก 5 ห้อง โดยการจัดผ้าป่าการศึกษา ของบแปรญัตติ (ปูกระเบื้องพื้นห้องชั้นล่าง)นำมาพัฒนาในส่วนต่าง ๆ   ของโรงเรียน จนมีลักษณะที่เห็นในปัจจุบัน

ในปีการศึกษา ๒๕๕๔-๒๕๕๕ ผู้บริหารและคณะครูพร้อมด้วยกรรมการสถานศึกษาได้จัดหางบบริจาคร่วมกับได้รับงบประมาณจากการที่โรงเรียนประสบอุทกภัย ซ่อมแซมหน้าอาคารเรียนโดยการเทปูนและปูกระเบื้องบางส่วนหน้าอาคาร 

ในปี ๒๕๕๖ ได้รับการสนับสนุนงบประมาณจากองค์การบริหารส่วนจังหวัดอ่างทอง ติดตั้งสื่อห้องเรียนอัจฉริยะ 

          ปัจจุบันโรงเรียนวัดต้นทองมี นางสาวจีรวัลย์ เทียนประทีป เป็นรักษาการในตำแหน่ง ผู้อำนวยการสถานศึกษา มีครูประจำการทั้งสิ้นรวม ๔ คน ครูอัตราจ้าง จำนวน ๑ คน ครูธุรการ จำนวน ๑ คน และนักการภารโรง จำนวน ๑ คน มีนักเรียนทั้งหมด จำนวน ๔๑ คน