โรงเรียนมีชื่อเดิมว่า “โรงเรียนจาบังปะ” ตั้งอยู่หมู่ที่ 4 ตำบลกาวะ อ.สุไหงปาดี จ.นราธิวาส ได้สร้างขึ้นตามความประสงค์ของผู้ปกครองนักเรียน เนื่องจากมีนักเรียนตกค้างไม่มีที่เรียน โดยขณะนั้นนักเรียนจะต้องไปเรียนที่โรงเรียนบ้านโคกสยา (ไทยรัฐวิทยา 89 ปัจจุบัน) นายสาและ บินสนิ ผู้ใหญ่บ้านในขณะนั้นได้ขอร้องไปยังอำเภอ เพื่อให้ทางอำเภอสำรวจเด็กเพื่อขอเปิดโรงเรียนใหม่ ต่อมาทางอำเภอได้มอบหมายให้ศึกษาธิการอำเภอและนายคง นิลสุวรรณ ครูใหญ่โรงเรียนบ้านโคกสยาได้ปรึกษากับผู้ใหญ่บ้านหาที่ตั้งโรงเรียน ตกลงสร้างที่บ้านกูแบเฆาะ (ที่ตั้งปัจจุบัน) จึงขอที่ดินของนางมีเนาะ และ นายมามะ เจ๊ะฮะ คนละ 1 ไร่ โดยได้บันทึกไว้เป็นลายลักษณ์อักษร

ต่อมาเมื่อ 1 ตุลาคม 2510 ทางราชการได้อนุมัติเงินสร้างอาคารเรียนแบบ 002 (วาตภัย) เป็นเงิน 40,800 บาท และทางราชการได้แต่งตั้ง นายโรจน์ แสงฤดู มาดารงตำแหน่งครูใหญ่คนแรกและโรงเรียนได้เปิดเป็นทางการ เมื่อวันที่ 22 กุมภาพันธ์ 2510 โดยนายรื่น ช่างสาร นายอำเภอ สุไหงปาดีเป็นประธาน 

1  พฤษภาคม 2513 ทางราชการได้แต่งตั้งนายธีระชัย ปักษีรักษ์ มาเป็นครูใหญ่แทน นายโรจน์ แสงฤดู ซึ่งย้ายไปโรงเรียนอื่น 

15 พฤษภาคม 2513 ทางราชการได้เปลี่ยนชื่อโรงเรียนใหม่เป็น โรงเรียนบ้านสายะ 

12 ตุลาคม 2522 โรงเรียนได้งบประมาณสร้างส้วม 1 หลัง 3 ที่นั่ง งบประมาณ 16,200 บาท                         

22  เมษายน 2524 ได้รับงบประมาณสร้างอาคารเรียนแบบ ป 1 ก จำนวน 1 ห้องเรียน งบประมาณ  120,000 บาท 

11 กันยายน 2526 ทางราชการได้บรรจุนักการภารโรง คือ นายอิสมะแอ มามะ 

23 ธันวาคม 2526 ทาง สปจ.นธ. ได้มีคาสั่งที่ 855/26 ให้นายเจริญ ทองเต็มดวง มาดารง ตำแหน่ง ครูใหญ่แทนนายธีระชัย ปักษีรักษ์ 

1 สิงหาคม 2529 ได้อนุมัติงบประมาณสร้างอาคารเรียน แบบ สปช.102/26  จำนวน 3  ห้อง ป็นเงิน 440,000 บาท และสร้างอาคารอเนกประสงค์ แบบ สปช.202/26 จำนวน 1 หลัง  งบประมาณ 200,000 บาท 

20 พฤษภาคม 2531 ได้รับงบประมาณสร้างเรือนเพาะชา เป็นเงิน 15,000 บาท 

3  มิถุนายน 2533 ได้รับงบประมาณสร้างถังน้ำ ฝ 30 เป็นเงิน 43,000 บาท 

10 มิถุนายน 2535 โรงเรียนได้รับงบประมาณ 77,300 บาท สร้างส้วม 1 หลัง จำนวน 4 ที่นั่ง ปีการศึกษา 2537 โรงเรียนได้รับอนุมัติเปิดสอนชั้นอนุบาล 

ปี 2541 นายสถิต แก้วชำนาญ ได้ลาออกจากอาจารย์ใหญ่ 

ปี 2542 นายอุดล ไทยจินดา เป็นอาจารย์ใหญ่ 

ปี 2543 นายอรุณ เบญญคุปต์ มาเป็นอาจารย์ใหญ่ 

ปี 2544 นายฮาเซ็ม สีระโก ย้ายมาเป็นอาจารย์ใหญ่โรงเรียนบ้านสายะ 

ปี 2546 นายวัฒนชัย มณีพันธุ์ ตำแหน่งผู้ช่วยผู้อำนวยการโรงเรียนอนุบาลนราธิวาส มารักษาการในตำแหน่งอาจารย์ใหญ่โรงเรียนบ้านสายะ ต่อมาได้ปรับเป็นผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านสายะ 

ปี 2551 นายศรายุทธ พฤฒิพัฒนพงศ์ ย้ายมาเป็นผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านสายะ 

ปี 2555 นางนาตยา อดิศัยนิกร ได้รับการแต่งตั้งเป็นผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านสายะ เมื่อวันที่ 19 กรกฎาคม 2555 

2 ธ.ค. 2558 ได้อนุมัติงบประมาณสร้างอาคารอเนกประสงค์ แบบ สปช.205/26 จำนวน 1 หลัง  งบประมาณ 2,438,800 บาท

2 ธ.ค. 2559 ได้อนุมัติงบประมาณสร้างอาคารเรียน แบบ สปช.102/26 จำนวน 1 หลัง  3 ห้องเรียน งบประมาณ 1,635,000 บาท

16 มิ.ย. 2560           ได้รับการบริจาคที่ดิน จำนวน 2 ไร่ 46 ตารางวา จากนายสุริยา หะยีดรอแม

ปี 2562 นางปาตีเม๊าะ หะยีลาเต๊ะ ได้รับการแต่งตั้งเป็นผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านสายะ เมื่อวันที่  2562

ปี 2563 ได้งบประมาณสร้างรั้ว 405,200 บาท และลานกีฬาอเนกประสงค์ 159,100 บาท