โรงเรียนบ้านมะกอได้เริ่มก่อตั้งเมื่อ พ.ศ. 2499 โดยกำนัน ผู้ใหญ่บ้านหมู่ 1, 2 และ 3 ต.ปล่องหอย อ.สายบุรี ในสมัยนั้นพร้อมด้วยนายอำเภอสายบุรี คือ นายนอง  ปานชู  เป็นผู้สนับสนุนในการบริจาคทรัพย์ในการก่อสร้างเนื่องจากไม่มีที่จะให้บุตรหลานของราษฎรในตำบลนี้ได้มีโอกาสศึกษาเล่าเรียน ในที่สุดการปรึกษา หารือกันหลายฝ่ายได้มีมติตกลงให้สร้างโรงเรียนนี้ขึ้นโดยสร้างครั้งแรก ด้วยอาคารแบบ ป 1 ก มีขนาดกว้าง 9  เมตร ยาว 12 เมตร มี 2 ห้องเรียน หลังคามุงกระเบื้องไทยฝาโดยรอบกั้นเป็นสังกะสี  ตั้งอยู่ในหมู่ที่ 3 ต.ปล่องหอย อ.สายบุรี จ.ปัตตานี ใช้เป็นสถานศึกษาที่ให้บุตรหลานราษฎรในตำบลปล่องหอยได้ศึกษาเล่าเรียนจัดเป็นโรงเรียนถาวรส่วนค่าก่อสร้างได้รับบริจาคจากราษฎร โดยมีนายนุ่ม คงนวล เป็นผู้ดำรงตำแหน่งครูใหญ่คนแรก

       ในปี พ.ศ. 2524 ได้ย้ายโรงเรียนมาตั้งในเขตหมู่ที่ 1 ตำปล่องหอย  อำเภอสายบุรี จังหวัดปัตตานี  บนเนื้อที่ 2 ไร่ 1 งาน 51 ตารางวา และได้รับงบประมาณจากสำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติ จำนวน 1,000,000 บาท สร้างอาคารเรียนแบบ 017 ซึ่งเป็นอาคารเรียนและสถานที่ตั้งในปัจจุบัน

       ในปี พ.ศ. 2525 กะพ้อ ได้ยกฐานะให้เป็นกิ่งอำเภอกะพ้อ โรงเรียนบ้านมะกอจึงได้รับโอนจากอำเภอสายบุรีให้สังกัดกิ่งอำเภอกะพ้อจนถึงปัจจุบัน