โรงเรียนบ้านเขาดิน ตั้งขึ้นเมื่อปีพุทธศักราช ๒๕๑๐ ตั้งอยู่หมู่ที่ ๓ ตำบลปากู อำเภอทุ่งยางแดง จังหวัดปัตตานี อยู่ระหว่างหมู่บ้านบูเกะตาเน๊าะ และหมู่บ้านตะโละโต๊ะโน เป็นที่ดินสาธารณประโยชน์ มีเนื้อที่ทั้งหมดตามทะเบียนที่ราชพัสดุแปลงหมายเลขที่ ปน.๗๙๗ เนื้อที่ประมาณ ๑๔ ไร่ ๒ งาน ๓๗ ตารางวา หนังสือสำคัญสำหรับที่ดินเลขที่ ๓๙๒๐๓ ราษฎรทั้งสองหมู่บ้านได้ร่วมมือกันปลูกสร้างอาคารเรียนชั่วคราวขึ้น โดยได้รับการสนับสนุนจากหน่วยพัฒนาการเคลื่อนที่ ที่ ๕๒ จังหวัดปัตตานี มีนักเรียน ๓๘ คน มีนายมนัส ไชยสุวรรณ เป็นครูทำการสอนคนเดียว โรงเรียนได้สร้างเสร็จเมื่อเดือนมกราคม พุทธศักราช ๒๕๑๐ และได้ทำพิธีเปิดเมื่อวันที่ ๒๙ พฤษภาคม ๒๕๑๐ ในการทำพิธีเปิดได้รับเกียรติจากครูใหญ่โรงเรียนบ้านพิเทน และคณะครูกลุ่มโรงเรียนบ้านพิเทน ศึกษาธิการอำเภอมายอ (นายจรัญ จันทรสิงค์) โดยมีพันเอกถนอม ไวยถนอมสัตย์ ผู้บังคับหน่วยพัฒนาเคลื่อนที่ที่ ๕๒ จังหวัดปัตตานี เป็นประธานในพิธี มีนักเรียนจากโรงเรียนบ้านมะนังยง ๔๐ คน โรงเรียนบ้านปากู ๕๖ คน และมีพิธีกรรมตามศาสนาอิสลามด้วย ซึ่งปัจจุบันอาคารเรียนดังกล่าวได้รื้อถอนไปแล้ว

การจัดการศึกษา เป็นไปตามพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ พ.ศ. 2542 เน้นการมีส่วนร่วมของชุมชนในการจัดการศึกษา และการจัดการเรียนการสอนแบบมุ่งเน้นผู้เรียนเป็นสำคัญ เพื่อให้สนองต่อความต้องการ ความสามารถ ความถนัดและความสนใจของผู้เรียนให้เต็มตามศักยภาพ

เอกลักษณ์ของโรงเรียนบ้านเขาดิน คือลักษณะที่เป็นหนึ่ง และโดดเด่นของโรงเรียน ที่ได้ปฏิบัติและดำเนินการมาจนเป็นที่เชิดชู เป็นสัญลักษณ์ของโรงเรียน ที่เป็นที่รู้จักและประทับใจแก่บุคคลอื่น ๆ และชุมชนซึ่งปรากฏให้เห็นเชิงประจักษ์เป็นเอกลักษณ์โรงเรียนบ้านเขาดิน คือ “โรงเรียนส่งเสริมคุณธรรม”

อัตลักษณ์ของโรงเรียนบ้านเขาดิน เป็นการกำหนดลักษณะความเป็นตัวตนที่โดดเด่นของนักเรียนโรงเรียนบ้านเขาดิน ที่เกิดจากการปลูกฝังจิตสำนัก ส่งเสริมสนับสนุนให้เกิดการเรียนรู้และปฏิบัติอย่างต่อเนื่องและสม่ำเสมอจนเกิดเป็นอัตลักษณ์โรงเรียนบ้านเขาดิน คือ “ละหมาดเป็นนิจ”