โรงเรียนบ้านบน ตั้งอยู่ที่หมู่ที่ 2 ตำบลปะเสยะวอ  อำเภอสายบุรี จังหวัดปัตตานี  เปิดทำการสอนเมื่อวันที่  17  พฤษภาคม  พ.ศ. 2509

             นายแถบ  เงินราษฎร เป็นครูใหญ่คนแรกโรงเรียนบ้านบน ได้ปลูกสร้าง และเปิดทำการสอนครั้งแรกเมื่อวันที่ 3 มกราคม พ.ศ. 2503 โดย นายนอง ปานชู นายอำเภอสายบุรีในสมัยนั้น เป็นผู้ริเริ่มสร้างอาคาร โดยใช้งบประมาณของราษฎรบริจาค เป็นเงิน 18,833  บาท สร้างอาคารขนาดกว้าง 6 เมตร ยาว 11 เมตร จำนวน 2 ห้อง ในที่ดินมัสยิดบ้านบน

ในปี พ.ศ. 2506 ได้ย้ายมาสร้างอาคารใหม่ (ที่ตั้งปัจจุบัน) ในเนื้อที่ 4 ไร่เศษ ห่างจากที่เดิมประมาณ 1  กิโลเมตร โดยมีนายแถบ เงินราษฎร์ เป็นครูใหญ่ ปัจจุบันเปิดทำการสอนตั้งแต่ระดับชั้นอนุบาล 3 ขวบ ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6

           วันที่ 18 มีนาคม พ.ศ. 2551 อาคารเรียนแบบ ป.1ก  จำนวน 5 ห้องเรียน ได้ถูกลอบวางเพลิงไหม้หมดทั้งหลัง ผู้นำชุมชน คณะกรรมการสถานศึกษาและผู้ปกครองร่วมกับทางโรงเรียนได้ ร่วมกันเรี่ยไรเงินสมทบทุนบริจาคและร่วมกันสร้างอาคารเรียนชั่วคราวขึ้น จำนวน 2 ห้องเรียนคิดเป็นเงินประมาณ 75,000 บาท เพื่อเป็นสถานที่เรียนของนักเรียนชั้นประถมปีที่ 5-6

           ในปีงบประมาณ 2551 โรงเรียนได้รับการจัดสรรงบประมาณต่อเติมอาคารเรียนแบบ สปช.105/29   วงเงิน 239,000 บาท ได้รับงบประมาณสร้างอาคารเรียนเพิ่มเติมตามแบบ สปช.105/29  จำนวน 6 ห้อง  งบประมาณในการก่อสร้างจำนวน 3,639,900บาท และได้รับงบประมาณสร้างส้วมแบบ สปช.604/45  จำนวน 1 หลัง 4 ที่นั่ง

ในปีงบประมาณ 2553 ได้รับงบประมาณสร้างส้วมแบบ สพฐ.4 จำนวน 1 หลัง 4 ที่นั่ง