โรงเรียนบ้านโตะบาลา ก่อตั้งครั้งแรกเมื่อ พ.ศ. 2499 เป็นโรงเรียนประชาบาล สังกัดกรมสามัญศึกษา กระทรวงศึกษาธิการ หมู่ที่ 5 ตำบลกะดุนง อำเภอสายบุรี จังหวัดปัตตานี โดยนายนอง ปานชู   นายอำเภอสายบุรีสมัยนั้น ได้ขอบริจาคที่ดินจากนายวาเตะ กะเจะ  ผู้ใหญ่บ้านโตะบาลาสมัยนั้น จำนวนเนื้อที่ 1 งาน 50 ตารางวา และราษฎรในหมู่บ้านช่วยกันบริจาคทุนทรัพย์และแรงงานเพื่อสร้างอาคารเรียนขึ้นชั่วคราวหนึ่งหลัง และเปิดสอนเกณฑ์เด็กเข้าเรียนครั้งแรกเมื่อวันที่ 17 พฤษภาคม 2499 ในชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 โดยแต่งตั้งให้นายนิสิก นิโซะ เป็นครูผู้สอน และรักษาการในตำแหน่งครูใหญ่เป็นคนแรก