La chiesa di Civiglio risulta elencata tra le dipendenze del capitolo della cattedrale fin dalla fine del XIII secolo.

La parrocchia figura negli atti della visita pastorale compiuta dal vescovo Ninguarda alla fine del XVI secolo nella pieve di Zezio, con la dedicazione a San Tommaso apostolo; il numero di parrocchiani era di 220 di cui 140 comunicati. La chiesa parrocchiale risultava annessa al convento delle monache agostiniane di San Tommaso, ivi stabilitesi sul finire del XVI secolo, chiamate da Marco Gallio, commendatore dell'abbazia di Sant'Abbondio. 

Nel compendio delle croniche del clero della diocesi di Como risalente al 1619 la chiesa di San Tommaso figurava tra le parrocchie rurali della pieve di Zezio. 

Nel 1651 la parrocchia di San Tommaso risultava compresa nella pieve della cattedrale, volgarmente detta di Zezio. Nel 1768, durante la visita del vescovo Giambattista Mugiasca nella pieve di Zezio, nella chiesa parrocchiale di San Tommaso, erano istituite la confraternita senza abito del Santissimo Sacramento, eretta dal vescovo Carlo Ciceri nel 1606; la confraternita del Santissimo Rosario, eretta con autorità apostolica all'altare della Madonna nel 1640; la confraternita senza abito della Dottrina Cristiana, eretta dal vescovo Ambrogio Torriano. Il numero dei parrocchiani era di 296 di cui 206 comunicati. 

Entro i confini della parrocchia di Civiglio esisteva l'oratorio di San Nicola da Tolentino in Campassio. Nello stato di tutte le chiese parrocchiali della città e diocesi di Como spedito dal vescovo Mugiasca al governo di Milano nel 1773.

 Nel 1781, secondo la nota specifica delle esenzioni prediali a favore delle parrocchie dello stato di Milano, il numero delle anime, conteggiato tra la Pasqua del 1779 e quella del 1780, era di 285. Nel 1788 la parrocchia di San Tommaso, compresa nella pieve di Zezio, era di patronato della comunità. Il numero dei parrocchiani era di 324. Entro i confini della parrocchia di Civiglio esisteva l'oratorio filiare di San Nicolao. 

Verso la fine del XVIII secolo la parrocchia di San Tommaso di Civiglio risultava compresa nella pieve della cattedrale, volgarmente detta di Zezio. Secondo quanto si desume dal confronto con la "nuova divisione dei distretti compresi nel Regno d'Italia e spettanti alla diocesi di Como per le scuole normali" compilata nel 1816, la parrocchia di Civiglio risultava elencata tra le parrocchie della pieve di Zezio. 

Nel 1901, anno della visita pastorale del vescovo Teodoro Valfré di Bonzo nella pieve di Zezio, i parrocchiani erano 500, compresi gli abitanti delle frazioni di Scivei, Visigna, Preel. Nel territorio parrocchiale esistevano gli oratori di San Nicola da Tolentino e di Sant'Antonio di Padova. Nella chiesa parrocchiale erano erette la confraternita maschile del Santissimo Sacramento, costituita con decreto 11 luglio 1792 del vicario Luigi Natta Stampa; la compagnia femminile del Sacro Cuore di Gesù, aggregata alla compagnia di Sant'Anna nell'ospedale di Como. La parrocchia era di nomina comunitativa. 

Dal 1938 la parrocchia di San Tommaso di Civiglio è stata compresa nel vicariato foraneo di Tavernerio, fino al decreto 29 gennaio 1968, in seguito al quale fu assegnata alla zona pastorale I di Como e al vicariato di Como; con decreto 10 aprile 1984 è stata inclusa nel vicariato A di Como centro.