本校創建於民國四十五年八月六日，原為縣立鹽水中學分部，始稱【鹽水中學新營分部】縣府派高宗仁先生為分部主任，招收新生四班二一三名。

時校舍闕如，乃借用新民國校上課，十月順利購得校地四、九九五五甲興建教室五間，嗣應學生班數之增加，逐年擴建校舍，增添設備。迨四十八年夏，建有教室十二間、校長室一間、辦公室二間、校門一座、教職員宿舍四戶，學生計十二班，首屆畢業生為一四五名。同年八月，奉令獨立設校，改稱【台南縣立南新初級中學】，並以原主任高宗仁先生為首任校長。自獨立設校後，在高校長苦力經營下，校務蒸蒸日上，建設與教學，齊頭並進。開闢三百公尺運動場一處，增建學藝館、綜合實驗室、圖書室、理化博物、工藝等教室多間。迨五十七年八月，政府實施九年國民義務教育，始奉令改為【台南縣立南新國民中學】。

五十八年高校長問鼎國民大會代表，於十一月十三日辭職，縣府令派教務主任莊乃文先生暫代。五十九年八月，縣府令調李再順先生接任校長，任內改建校門朝向民治路口，興建校長宿舍一間、總統蔣公銅像一座、噴水池一處。

六十三年九月，林輝先生奉令由鹽水國中調長本校，興建體育活動中心一座、紅土網球場二座，並立先總統蔣公銅像於校門廣場。

六十九年林輝先生調升後壁高中，由下營國中林榮華先生繼任。林校長熱心經營，校務順利推展，教學設備更為充實。

八十年八月林校長奉令與新化國中梁宗禮校長對調服務。梁校長接任後積極推展校務，從學生生活教育著手，樹立優良校風，改善各項教學設備。梁校長於八十七年二月一日奉准退休，縣府令派下營國中吳義雄校長接掌本校校務。吳校長學驗俱豐、勇於改革。接任後適逢教改階段暨九二一震災校園重建期間，枵腹從公，勤於任事，任內致力校園之整體規劃，於改善校園環境建樹良多。如：午餐廚房、文薈樓、育英樓、永欣樓之興建、舊校舍拆除、操場南移、新設視聽教室、語言教室、圖書館等。並於九十學年度開辦音樂班，興建音樂館。吳校長於九十五年八月一日奉准退休，縣府遴聘南化國中陳文全校長接掌本校校務。

陳文全校長嗣於九十六年十二月完成大門及傳達室改建。九十七年七月完成民治路段圍牆解構，改為綠色圍籬。民國九十九年十二月二十五日台南縣市合併升格為直轄市，本校改名為台南市立南新國民中學，校長仍為陳文全先生。一OO年二月進行本校第一棟老舊校舍拆除重建，建設經費為六六二五萬元；於一O一年六月落成啟用，由教職員票選命名為「南新大樓」。一O二年三月完成南新大樓前庭廣場及兩側道路透水鋪面工程。 陳校長到任以來，秉承學校優良傳統，以「跨越五十風情，開展創意南新」為職志，積極提昇學校競爭力，發展學校特色，並加強學生生活教育，注重正常教學及升學輔導，培養和諧的校園氣氛，結合教職員、家長及社區賢達，共同努力打拼，為學校開拓一個更有競爭力、充滿活力、與不斷追求卓越的未來。