วิทยาลัยแพทยศาสตร์กรุงเทพมหานครและวชิรพยาบาล ได้มีการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างใหม่ของภาควิชาฯ โดยกำหนดให้ภาควิชาพยาธิวิทยาคลินิกแยกออกจากส่วนของภาควิชาพยาธิวิทยา เมื่อเดือนเมษายน พ.ศ.2547 เพื่อให้การดำเนินด้านการเรียนการสอน และการบริการมีประสิทธิภาพยิ่งขึ้น และในปีการศึกษา 2547 ซึ่งนับเป็นปีแรกที่ภาควิชาพยาธิวิทยาคลินิกจัดการเรียนการสอนวิชาพยาธิวิทยาคลินิก (BMCP 322) และได้เปลี่ยนแปลงโครงสร้างใหม่อีกครั้งเมื่อเดือน พฤศจิกายน พ.ศ.2553 โดยเปลี่ยนจากวิทยาลัยแพทยศาสตร์กรุงเทพมหานครและวชิรพยาบาล มาเป็นคณะแพทยศาสตร์วชิรพยาบาล มหาวิทยาลัยกรุงเทพมหานคร และต่อมาพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดชทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานนามมหาวิทยาลัยว่า "มหาวิทยาลัยนวมินทราธิราช" เมื่อวันที่ 3 มิถุนายน พ.ศ.2554 และมีผลบังคับใช้เมื่อวันที่ 21 มิถุนายน พ.ศ.2556 ต่อมามีการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างใหม่อีกครั้งเมื่อมีการเปลี่ยนวาระของคณบดีเมื่อเดือนกรกฏาคม พ.ศ.2557 โดยมีการแบ่งส่วนของงานบริการไปอยู่ในการบริหารของโรงพยาบาล เป็นฝ่ายชันสูตรโรคกลาง และธนาคารเลือด ส่วนภาควิชาพยาธิวิทยาคลินิกให้ดูแลเฉพาะในส่วนของการศึกษา และในปีการศึกษา 2557 ยังเป็นปีแรกที่ทางภาควิชาฯ ได้รับผิดชอบการเรียนการสอนนักศึกษาแพทย์ชั้นปีที่ 3 เพิ่มเติมในภาคการศึกษาที่ 1 ซึ่งเคยเป็นความรับผิดชอบโดยคณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล ส่วนในภาคการศึกษาที่ 2 ยังคงสอนรายวิชาพยาธิวิทยาคลินิก เช่นเดิม ในปีการศึกษา 2559 เป็นปีการศึกษาแรกที่ภาควิชารับผิดชอบรายวิชาจุลชีววิทยาและปรสิตวิทยา หลักสูตรวิทยาศาสตร์บัณฑิต สาขาปฏิบัติการฉุกเฉินการแพทย์