長門高等学校全日制課程は、「自治」「自学」「自尊」を校訓とし、学ぶ志のあるものすべてに門戸を開くという建学の精神で生徒を受け入れている。しかしながら、全国的にも不登校生徒の数は増加しており、全日制課程での教育システムでは、卒業が難しく退学しなければならないという生徒が少なからずいるのが現状である。これに対して、高校卒業の資格を保障するセーフティーネットの役割と、さらに学校不適応により全日制課程での教育が困難であるさまざまな生徒の教育に対応するため、通信制課程を平成19年の後期より設立した。現在は多様な生徒が在籍しており、中学から通信制課程を希望して入学する生徒も多く見られる。