SM Sains Batu Pahat diserahkan oleh pihak kontraktor kepada kerajaan Malaysia pada 21 Mac 2012. Serentak dengan itu, pihak Bahagian Pengurusan Sekolah Berasrama Penuh dan Sekolah Kecemerlangan (BPSBPSK) telah melantik Cikgu Mohammad Azman bin Abdul Hamid sebagai Penyelaras Sekolah. Dengan keluasan 50 ekar, sekolah yang berlokasi di KM8, Jalan Tanjung Laboh, 83000 Batu Pahat, Johor merupakan Sekolah Berasrama Penuh yang ke-65 di negara ini. Sesuai dengan matlamat penubuhannya, sekolah ini telah dilengkapi dengan prasarana pendidikan terkini bagi melahirkan modal insan yang berdaya saing dalam pentas dunia. Keadaan ini bersesuaian dengan Falsafah Pendidikan Kebangsaan selaras dengan aspirasi pendidikan Sekolah Berasrama Penuh. Lokasi sekolah yang dikelilingi pergunungan dan kehadiran pelangi yang sering kelihatan di sebalik Gunung Banang menenangkan suasana. Kedudukannya berjajaran dalam hub pendidikan Parlimen Batu Pahat seperti Sekolah-sekolah, Institut Pengajian Pendidikan Tinggi dan juga Kem Tentera Darat.
Pada 2 Mei 2012, seramai 90 orang pelajar Tingkatan 1 telah mendaftar di sekolah ini bersama 16 orang tenaga pengajar.
Kini, Sekolah Menengah Sains Batu Pahat diterajui oleh Pengetua, Puan Hajah Radziah binti Mohd Din. Dibantu oleh Cikgu Zaleha binti Yaacob selaku Guru Penolong Kanan Pentadbiran, Ustaz Yusri bin Yusoff Guru Penolong Kanan Hal Ehwal Murid, dan Cikgu Narima binti Sahuri, Guru Penolong Kanan Kokurikulum. Seramai 67 orang guru telah melaporkan diri setakat tahun 2023.
Pendidikan di Sekolah Berasrama Penuh (SBP) adalah untuk menyediakan suasana persekolahan dan pembelajaran yang terancang, terkawal dan sempurna bagi memupuk serta mengembangkan potensi murid yang cemerlang sebagai warganegara yang seimbang dan bertanggungjawab terhadap agama, bangsa dan negara.
SBP juga ialah wadah terbaik dalam menjana insan yang mempunyai kecemerlangan ilmu, kemapanan sahsiah, kesejagatan kepemimpinan dan kejituan patriotisme bagi melahirkan ahli sains, teknokrat dan profesional yang dapat memenuhi aspirasi negara.
Visi
Sekolah Menengah Sains Batu Pahat Unggul Bertaraf Dunia
Misi
Menggilap Potensi Diri Melalui Pendidikan Bertaraf Dunia
Matlamat
1. Meningkatkan peningkatan akademik
2. Melonjakkan kemenjadian murid dalam bidang kokurikulum dan kemahiran insaniah
3. Menyerlahkan sahsiah terpuji
Slogan
Sehebat Bitara Dan Berbudaya
Tuan Haji Hamsi Bin Jamhari (2012 - 2016)
Tuan Haji Mohamad Alim Bin Konting (2016 - 2020)
Encik Zaili Azmi bin Mustafa Alfandi (2020 - 2023)
Puan Hajah Radziah binti Mohd Din (2023 - September 2023)
Puan Zaleha Binti Yaacob (Oktober 2023 - Kini)
Delima (Merah)
Nilam (Biru)
Topaz (Kuning)
Zamrud (Hijau)
Berikut merupakan pasukan yang mewakili sekolah ke peringkat Daerah, Negeri, dan Kebangsaan.
Pasukan Bola Sepak Lelaki (Panthera)
Pasukan Ragbi Lelaki (Bison)
Pasukan Kriket Lelaki (Kamikaze)
Pasukan Hoki Lelaki dan Perempuan (Viper)
Pasukan Olahraga Lelaki dan Perempuan (As-Saqaf)
Pasukan Bola Keranjang Lelaki dan Perempuan (Gryphon)
Pasukan Memanah Lelaki dan Perempuan
Pasukan Badminton Lelaki dan Perempuan
Pasukan Catur Lelaki dan Perempuan
Pasukan Bola Jaring Perempuan
Pasukan Kawad Kaki Kadet Remaja Sekolah Lelaki dan Perempuan
Pasukan Kawad Kaki Kadet Polis Lelaki dan Perempuan
Pasukan Kawad Kaki Pengakap Lelaki dan Perempuan
Pasukan Debat Bahasa Melayu
Pasukan Debat Bahasa Inggeris
Pasukan Gamelan
Dewan Sri Banang (dewan besar)
30 bilik kelas
12 Makmal Sains/Biologi/Kimia/Fizik
Dewan Makan (800 orang kapasiti)
Kantin
Surau (800 orang kapasiti)
72 Dorm Lelaki & Perempuan (12 orang setiap dorm)
Astaka
Padang bola sepak & ragbi
Padang mini hoki
2 gelanggang bola keranjang
Gelanggang bola jaring
2 gelanggang tenis/futsal
2 gelanggang bola tampar
2 gelanggang sepak takraw
3 gelanggang badminton (indoor)
2 dataran terbuka
Tasik
Kuarters guru & staf
Sebuah bas dan sebuah van
Persatuan bagi bekas pelajar Sekolah Menengah Sains Batu Pahat dikenali sebagai Kumpulan Alumni Sehebat (KASEH). Terdahulu, ianya telah diketuai oleh Allahyarham Saudara Abid Fiqri Iskandar bin Zulkurnain sehingga pemergiannya pada 4 Disember 2022. Persatuan ini masih belum berdaftar secara sah dibawah Jabatan Pendaftaran Pertubuhan Malaysia (ROS) kerana rata-rata alumni yang masih muda. Namun begitu, beberapa program telah dianjurkan oleh KASEH telah diadakan untuk membantu para pelajar. Antaranya;
Kaseh Football League 2019 & 2022 (liga bola sepak antara rumah sukan)
Kaseh After School 2020 & 2021 (program penerangan hala tuju selepas SPM kepada pelajar tingkatan 5)
Menyertai Alumni SBP Football League 2023 - Naib Johan kategori Open