Sekolah Menengah Kebangsaan Danau Kota dibangunkan pada tahun 1999 di kawasan seluas 7 ekar di Lot 21570 Jalan Genting Klang, Kuala Lumpur bersama-sama SK Danau Kota (2) oleh Syarikat Danau Kota. Ketika itu, SMKDK dijangka beroperasi sepenuhnya pada tahun 2003.
Pendaftaran kumpulan pertama murid pada Disember 2002 hanya terdiri daripada murid Tingkatan 1 dan Tingkatan 2. Semasa mula-mula beroperasi, sekolah ini diletakkan di bawah pentadbiran seorang guru care taker iaitu Puan Noraliza bt Abidin.
Pada tahun pertama pembukaannya, terdapat hanya 15 orang guru dan 5 orang staf sokongan yang berkhidmat di SMKDK. Manakala jumlah murid ialah 10 orang murid Tingkatan 2 dan 150 orang murid Tingkatan 1.
Pada 1 April 2003, sekolah ini telah menerima seorang Pengetua iaitu Puan Mahani bt Mohammad. Beliau bersama-sama Pengerusi PIBG SMKDK, Encik Zahari b Abdul Rahim, telah berusaha keras untuk mendapatkan premis tetap untuk sekolah ini. Pada ketika itu, SMKDK tersenarai antara sekolah yang bermasalah. Akhirnya, usaha mereka membuahkan hasil apabila sekolah ini dibenarkan beroperasi di 3 buah blok utama di premis kekal pada 3 Januari 2005. Namun begitu, premis ini masih tidak mempunyai kemudahan yang lengkap serta masih belum memiliki sijil layak duduk.
Antara kemudahan yang ada namun masih belum boleh digunakan ialah 36 buah bilik darjah, makmal sains, bilik ICT, bilik lukisan kejuruteraan, bilik seni dan makmal bahasa. Sehingga 2006, kemudahan-kemudahan ini masih belum boleh digunakan kerana pembinaannya terbengkalai.
Pada tahun 2005, hanya 14 buah bilik darjah, pejabat, bilik guru, bilik kaunseling, bilik SPBT, perpustakaan dan bilik media sahaja yang dapat digunakan. Pada tahun tersebut, terdapat 32 orang guru, 8 orang staf sokongan serta 464 orang murid bagi 3 buah kelas Tingkatan 3, 5 buah kelas Tingkatan 2, 5 buah kelas Tingkatan 1, sebuah kelas Tingkatan Peralihan dan 3 buah kelas Pendidikan Khas (PPKI - PKBP ketika itu).
Kini, warga SMKDK dipenuhi dengan lebih 1700 orang murid dan lebih 100 orang tenaga pengajar.