Sejarah Sekolah Menengah Kebangsaan Berapit telah terlakar pada Januari 1988. Pada mulanya, sekolah ini telah menumpang di Sekolah Rendah Jenis Kebangsaan Perkampungan Berapit dengan jumlah pelajar seramai 200 orang sementara bangunan rasmi siap sepenuhnya. Sekolah ini dilengkapi dengan empat buah blok yang terdiri daripada pejabat, kelas, bilik masakan, jahitan dan makmal sains. Pada usia SMK Berapit yang mencecah 26 tahun, pelbagai anjakan dan transformasi telah berlaku baik dari segi prasarana, bilangan pelajar, kakitangan, pendidik mahupun pencapaian akademik. Jumlah pelajar semakin bertambah setiap tahun bermula dengan 200 orang pelajar pada tahun 1988 kepada 2017 orang pelajar pada tahun 2014. Pertambahan ini jelas membuktikan bahawa para ibu bapa di daerah Bukit Mertajam menaruh keyakinan yang tinggi terhadap keupayaan para pendidik sekolah ini membimbing dan mendidik anak-anak mereka menjadi modal insan yang berjasa kepada nusa dan bangsa.
Pelbagai prasarana sekolah telah bertambah selaras dengan keperluan para pelajar. Komitmen yang erat antara pihak sekolah dan Persatuan Ibu Bapa dan Guru (PIBG) telah merealisasikan pembinaan pelbagai prasarana khususnya dewan sekolah yang menjadi lambang keutuhan hubungan pihak sekolah dengan PIBG. Tersergam indahnya Dewan SMK Berapit telah membawa seribu satu kebaikan kepada semua warga sekolah khususnya para pelajar. Pada tahun 2014, dewan sekolah telah dinaiktaraf dari segi kemudahan iaitu membuat lantai dan pintu baharu. Tersergamnya makmal komputer sekolah dan pusat akses sekolah adalah sebagai bukti bahawa anak didik di sini bergerak seiring dengan perkembangan teknologi maklumat. Seiring dengan Pelan Pembangunan Pendidikan Malaysia 2013-2025, sebuah projek baru di bawah Kementerian Pendidikan Malaysia sedang giat dijalankan di sekolah ini iaitu Projek 1 Bestari net. Selain itu, pemasangan jaring di dewan, kerja-kerja menaiktaraf tandas pelajar lelaki dan perempuan. mengecat kelas, melukis mural, mewujudkan koridor sejarah, laluan pejalan kaki berbumbung dan lain-lain telah giat dijalankan dalam usaha melestarikan SMK Berapit.
Sepanjang 37 tahun menggalas tugas melahirkan modal insan berkualiti, SMK Berapit telah melakar pelbagai kejayaan dalam bidang kurikulum dan kokurikulum sejak awal penubuhannya hingga kini. Penempatan sebanyak seorang pengetua yang silih berganti telah membawa pelbagai anjakan paradigma. Pengetua pertama yang menerajui pentadbiran sekolah ini ialah Encik Harris Wong Abdullah dari tahun 1989 hingga 1994. Seterusnya Encik Tan Keat Kooi telah memikul tugas sebagai pengetua kedua sekolah ini dari tahun 1991 hingga 1995. Tuan Pengetua ketiga iaitu Encik Khoo Choon Hwa telah mengambil alih tampuk pentadbiran sekolah mulai tahun 1995 hingga 2006. Beliau merupakan pengetua paling lama bertugas di SMK Berapit iaitu selama 11 tahun. Pelbagai transformasi telah dilakukan oleh beliau sehingga digelar "BAPA PEMBANGUNAN" SMK Berapit. Tiga acara berprestij yang telah dilakukan oleh beliau ialah upacara pecah tanah pembinaan dewan sekolah pada 04.09.2005, Majlis Makan Malam kutipan derma pembinaan dewan sekolah yang dihadiri oleh Menteri Pengangkutan Malaysia, YB Datuk Chang Kong Choy pada 09.09.2005 dan juga majlis perasmian dewan sekolah oleh Menteri Kesihatan Malaysia, YB Datuk Chua Soi Lek pada 30.06.2006. Pengetua keempat menerajui sekolah ini ialah Encik Ng Hook Wah dari 20.08.2006 hingga 31.03.2008 manakala Encik Toh Kim Hock menjadi pengetua mulai 01.04.2008 hingga November 2010.
Penempatan pengetua keenam iaitu Pengetua Cemerlang DG54, Encik Lee Teng Yim pada November 2011 hingga November 2014 di SMK Berapit telah membawa pelbagai transformasi kepada SMK Berapit. Pelbagai program baharu telah dijalankan dalam usaha menjalin hubungan yang erat antara pelajar-pelajar, guru-guru, pihak pentadbir dan PIBG. Program Sambutan Hari Lahir Serentak semua pelajar SMK Berapit dan Titian Kasih 2014 merupakan satu transformasi untuk melahirkan rasa kasih sayang guru terhadap pelajar dan diharap dapat mewujudkan budaya sekolah penyayang. Seterusnya tampuk pentadbiran sekolah ini diterajui oleh pengetua wanita iaitu Puan Chew Saw Hwa mulai Disember 2014 hingga Februari 2015. Pengetua kelapan sekolah ini ialah Encik Teh Pang Eng yang memulakan tugas pada Mac 2015 hingga Mac 2016. Lakaran sejarah SMK Berapit tercipta dengan kehadiran pengetua kesembilan iaitu Encik Quek Lian Hock mulai Mac 2016 hingga Disember 2018. Pengetua kesepuluh diterajui oleh Pengetua wanita iaitu Cik Lim Geaik Hong mulai Disember 2018 hingga November 2019 manakala Cik Choo Poh Lean telah menjadi pengetua yang kesebelas mulai Novermber 2019 hingga Disember 2020. Pengetua keduabelas iaitu Tn Haji Dainuri Bin Ramly menjadi pengetua bermula Disember 2020 hingga kini.
Transformasi dalam bidang kurikulum di SMK Berapit semakin rancak dengan bermulanya Program Kolaborasi kursus Automatif (Syarikat Tan Choong of Automotives Studies Sdn. Bhd.) dan kursus Bakeri (Syarikat Eddie Choong Bakery And Cullinery) anjuran PIBG pada Januari 2011. Lawatan kumpulan pertama dan kedua pihak Kementerian Pelajaran Malaysia ke SMK Berapit pada tahun 2012 untuk memantau program kolaborasi ini membuktikan kejayaan program ini. Pada 12 Jun 2014, lawatan oleh wakil PIBG dan murid tingkatan empat dan lima ke kilang pemasangan kereta Tan Choong di Rawang memantapkan lagi keberkesanan program ini. Seterusnya pelancaran program Memartabatkan Bahasa Melayu dan Memperkasakan Bahasa Inggeris (MBM dan MBI), Koridor Sejarah dan Program Sekolah Angkat AUCMB terus mewarnai transformasi pendidikan di SMK Berapit. Menjelang tahun 2015, Program Pelajar Khas Integrasi Kolaborasi kelas bakeri dengan SMK Machang Bubok telah dimeterai. Permintaan terhadap kelas vokasional yang tinggi daripada ibu bapa dan murid telah membolehkan kelas Rekaan Grafik dan Multimedia ditubuhkan pada Januari 2016 dengan kerjasama Syarikat Two Studio Multimedia Academy. Kelas Hair-Do Max Style turut ditubuhkan pada tahun 2016 dengan bilangan murid yang mengikuti kursus ini semakin bertambah. Menjelang 2018, kelas Industri Automasi pula ditubuhkan dengan kerjasama Syarikat Fourier Tvet Centre Sdn.Bhd. Menjelang 2019, banyak anjakan paradigma telah dilakukan dalam membina prasarana baharu dan menaiktaraf prasarana sedia ada. Setiap bilik darjah telah dilengkapi projektor paparan Kristal cecair (LCD) yang dapat memudahkan guru melaksanakan PDPC secara berkesan dan menarik. Penubuhan bilik Makerlab dengan kerjasama Syarikat Plexus, bilik Auditorium yang dilengkapi dengan pendingin hawa serta Bilik Interaktif merupakan satu cita-citation merealiasasikan PAK-21 di SMK Berapit.
Hasil dari pada komitmen, usaha gigih yang berterusan dan pentadbiran yang berdedikasi, sekolah ini telah mencapai pelbagai kejayaan yang boleh dibanggakan dalam bidang kurikulum dan kokurikulum. Keputusan PMR dan SPM sepanjang 32 tahun telah menunjukkan peningkatan dari segi kualiti dan kuantiti.
Nama SMK Berapit pastinya dijulang dalam bidang kokurikulum. Jika pada tahun 2012, kita berbangga dengan pencapaian Bu Yong Sheng yang telah terpilih mewakili Malaysia dalam pertandingan bola keranjang bawah 18 tahun Asean School Games ke-3 di Bandung, Indonesia, maka pada tahun 2013 pula, seorang anak didik sekolah ini, Lim Ming Chuen telah berjaya mewakili Malaysia dalam pertandingan badminton Asean School Games di Hanoi dan menjadi johan. Bagi tahun 2014 pula, SMK Berapit telah dinobatkan sebagai johan bola tampar, bola baling, ping pong, wushu dan badminton bagi peringkat daerah dan negeri. Seterusnya pencapaian dalam program Sekolah Hijau juga amat membanggakan. SMK Berapit dinobatkan sebagai Johan Daerah dan Negeri bagi tahun 2017 dan 2018. SMK Berapit juga dinobatkan sebagai Johan Pertandingan Melukis Mural Konsep 8R Peringkat Seberang Perai 2018 anjuran MPSP. Bagi tahun 2019, murid bernama Hong Xyan telah mengharumkan nama SMK Berapit di peringkat daerah, zon, negeri, negara dan antarabangsa dengan memenangi pelbagai pingat dalam acara olahraga.
Semua warga SMK Berapit turut amat berbangga dengan barisan Yang Dipertua PIBG yang telah menerajui kepimpinan yang cemerlang sepanjang 30 tahun usia sekolah ini. YDP PIBG SMK Berapit yang pertama ialah Encik Low Tat Chee (1989 - 1994) manakala Encik Lim Tow Boon pula menerajui PIBG dari 1994 - 1999. Mulai tahun 1999 hingga 2002, Encik Low Hun Chew diamanahkan sebagai YDP PIBG. Pada tahu 2003 hingga 2007, tugas YDP digalas oleh Encik Tan Ban Thong. Bermula April 2007 hingga 2017, tugas YDP PIBG telah diserahkan kepada Puan Lai Mei Lee. Bermula April 2018 hingga April 2019, tugas YDP disandang oleh DR. Lee Chai Guan. Kini mulai April 2019, Puan Lim Poh Sew telah dilantik menerajui PIBG. Ham semua pelajar, guru dan ibu bapa agar sekolah ini terus melakar pelbagai kejayaan dalam aspek kurikulum dan kokurikulum selaras dengan misi dan visi sekolah serta dapat memartabatkan pendidikan di negara kita yang tercinta ini di bawah kepimpinan pengetua cemerlang dalam menyahut seruan kerajaan merealisasikan Pelan Strategik Interim KPM 2011- 2020.