Sekolah Kebangsaan Manjoi Dua telah ditubuhkan pada 1 Januari 1988, apabila Sekolah Kebangsaan Manjoi dipecahkan menjadi dua buah sekolah yang berlainan pentadbirannya iaitu Sekolah Kebangsaan Manjoi Satu dan Sekolah Kebangsaan Manjoi Dua. Kedua-dua buah sekolah ini terletak dalam satu kawasan, berkongsi kantin dan berkongsi padang.
Semasa pelaksanaannya, Sekolah Kebangsaan Manjoi Dua mempunyai 170 orang murid lelaki dan perempuan yang kesemuanya berbangsa Melayu. Terdapat seramai 48 orang guru di bawah pentadbiran Guru Besar iaitu Encik Noor Hasni b Ahmad Zain. Pada masa itu, sekolah hanya mempunyai sebuah bangunan dua tingkat (kemudiannya dinamakan blok A) yang mengandungi:-
1 bilik pejabat dan bilik guru besar
1 bilik penolong kanan – penolong kanan
1 bilik guru , 1 bilik sembahyang / pusat sumber, 1 bilik gerakan
2 buah tandas murid lelaki dan perempuan 1 tandas guru lelaki dan guru perempuan
1 stor, 1 bilik SPBT,1 bilik pemulihan khas , 1 bilik bimbingan dan kaunseling
9 bilik darjah
Oleh kerana kekurangan bilik darjah, 5 buah kelas ditumpangkan di bangunan Sekolah Kebangsaan Manjoi Satu. Pada masa itu ada dua sesi persekolahan iaitu 13 buah kelas di sesi pagi dan 13 buah kelas di sesi petang. Beberapa bulan kemudian pembangunan bangunan (kemudian dinamakan blok B) selesai. Bangunan ini merupakan bangunan pasang siap yang mengandungi 5 buah bilik darjah. Untuk menampung keperluan murid-murid yang semakin bertambah.