Sekolah ini diasaskan dengan dua bilik darjah yang telah dipinjam daripada Sekolah Perempuan Methodist Ipoh. Sekolah ini adalah cawangan Anglo Chinese School Ipoh. Guru Besarnya ialah Encik Low Chooi Beng. Dua buah kelas untuk darjah satu dengan lebih kurang 60 orang murid. Guru yang mengajar hanya 2 orang. Kawasan tanah tiga ekar adalah milik Lembaga Amanah Gereja.
Nama sekolah ini diambil sempena nama seorang paderi Methodist iaitu Encik Ho Seng Ong. Beliau berasal dari Singapura. Beliau telah banyak berjasa kepada Lembaga Gereja bukan hanya sebagai seorang guru, tetapi juga sebagai Guru Besar, doktor dan juga paderi. Oleh kerana jasa baik beliau itu maka namanya dikekalkan hingga sekarang.
Pengasas Sekolah Ho Seng Ong Methodist ialah Encik Low Chooi Beng. Beliau menjadi Guru Besar sekolah ini di awal penubuhannya iaitu pada tahun 1964. Pada masa itu sekolah ini adalah sebuah cawangan Anglo Chinese School Ipoh. Beliau bertugas sehingga ke tahun 1968 apabila Encik Samuel Seow dilantik sebagai pemangku Guru Besar.