Nama asal Sekolah Kebangsaan St Mary Labuk sebelum ini ialah Sekolah Rendah ‘Our Lady Of Fatima’ yang telah ditubuhkan oleh Rev. Father Crowther dalam tahun 1959. Pada mulanya, cuma terdapat 4 buah kelas dan terletak di bangunan lama Sekolah Menengah St Mary. Kelas-kelas dijalankan pada sebelah petang sahaja. Ianya mempunyai sebuah kelas tadika dan kelas-kelas darjah 1 hingga darjah 3. Sekolah ini pada mulanya adalah sekolah bercampur jantina lelaki dan perempuan. 

Pada tahun 1962, sekolah ini telah diambil alih oleh Franciscan Sister dan telah diberi nama Sekolah Rendah St Cecilia. Pada ketika itu, sekolah ini menjadi Sekolah Rendah sepenuhnya dengan mempunyai kelas dari darjah 1 hingga darjah 6. Ia mempunyai 2 buah kelas untuk darjah 1 hingga darjah 3. Kebanyakan kelas kelas pada mulanya dipindahkan ke bangunan baru yang mana sekarang ini sebahagian daripada Sekolah Menengah St Cecilia. Guru Besar sekolah pada ketika itu ialah, Rev. Sister Francis Teresa. Pada akhir tahun itu, darjah 6 yang pertama telah menduduki peperiksaan Kerajaan Darjah Enam. 

Dalam tahun 1963, sekolah ini telah dibahagi dua. Murid-murid perempuan ditempatkan di Sekolah Rendah St. Cecilia, manakala murid-murid lelaki diambilalih oleh La Salle Brother’s yang mana sekolahnya dinamakan Sekolah Rendah St. Mary Jalan Labuk, Sandakan. Rev. Brother Xavier telah menjadi Guru Besar sekolah ini pada ketika itu. Pada tahun 1964, Encik John Koh telah menjadi Guru Besar. Setelah Encik John Koh bersara pada tahun 1991, beliau telah digantikan dengan Puan Tang Mew Sum yang menjawat jawatan berkenaan pada tahun 1992. Kemudian beliau bertukar ke Kota Kinabalu pada tahun 1995 dan tempat beliau diganti dengan Puan Bernadatte Lim Mee Ling pada tahun 1996 sehingga beliau bersara pada tahun 2006. 

Pada tahun 2007, Puan Caroline Neubronner telah dilantik sebagai Guru Besar sekolah ini sehingga tahun 2017. Encik Bauni Guntabid pula telah menggantikan Puan Caroline Neubronner bermula tahun 2017 dan masih memangku jawatan beliau sebagai Guru Besar sehingga ke hari ini. Di bawah pentadbiran Encik Bauni Guntabid, pelbagai perubahan telah berlaku. Bermula tahun 2020, sekolah ini telah beroperasi satu sesi berikutan siapnya bangunan kedua yang menjadikan terdapat 6 buah bilik darjah keseluruhannya. 

Sekolah St. Mary Labuk
Sekolah kebanggaan kami
Tempat kami menimba ilmu
Untuk negara Malaysia tercinta

Murid bercita-cita tinggi
Berdisiplin, berdaya saing
Memiliki ilmu yang ada
Untuk mencapai cita-cita murni

Ayuhlah warga sekolah
Berganding bahu gembeling tenaga
Membangun dan membina nama
Hingga dikenali ramai

Gurunya yang proaktif
Inovatif dan kreatif
Menjayakan wawasan pendidikan
Baktimu disanjung tinggi

Jayakan motto sekolah
Belajar dan terus belajar
Amal rajin, cekal dan sabar
Kita pasti boleh berjaya