Sekolah ini diasaskan pada tahun 1906 Masihi bersamaan dengan tahun 1324 Hijrah oleh Penghulu Mukim Junjong iaitu Tuan Penghulu Mat Saman atas arahan Tuan Pegawai Daerah ,Yang Mulia Tunku Mohamad Asaad. Salah sebuah rumah penghulu tersebut yang letaknya di Kampung Padang Penyangga telah dijadikan sekolah. Ketika itu, seramai 30 murid di sekitar Mukim Junjong mula belajar dengan seorang guru bernama Encik Md. Taib B. Tahir yang berasal dari Pulau Pinang. 

Pada tahun 1909, Cikgu Md Taib telah bertukar. Beliau telah diganti oleh Cikgu Ibrahim B. Sheikh Abas yang berasal dari Pulau Pinang. Kanak-kanak yang belajar pada masa itu juga bertambah ramai. Tidak lama kemudian, tempat belajar di Kampung Padang Penyangga itu telah berpindah ke tanah wakaf Masjid Junjong yang terletak berhadapan dengan masjid sekarang. Bangunan ketika itu merupakan sebuah rumah panjang yang berdinding dan beratapkan daun bertam. Dua orang guru telah bertugas pada masa itu dan bilangan muridnya telah meningkat menjadi 60 orang. 

Di sini bermulanya Sekolah Quran Junjong di mana kelas mengaji Quran dan hukum-hukum agama diajar pada sebelah petang. Guru Quran yang mula-mula bertugas pada masa itu ialah Tn. Haji Ahmad B. Salleh atau dikenali dengan panggilan Tuan Haji Mat Cik. Beliau ialah anak tempatan Junjong. Institusi pendidikan ini berpindah ke tapak tempat bangunan Majlis Tempatan Junjong (sekarang rumah hijau). Bilangan murid turut bertambah kepada 80 orang dengan tenaga pengajarnya seramai 3 orang. Guru Besar ketika itu ialah Cikgu Ibrahim B. Tahir. Pada tahun 1911, Encik Ibrahim telah bertukar dan digantikan oleh Encik Hussain yang berasal dari Pulau Pinang juga. 

Pada tahun 1912, beliau telah digantikan oleh Encik Yusoff B. Ahmad yang berasal dari Kulim. Institusi sekolah bertukar ke kawasan sekolah sekarang ini iaitu bersebelahan dengan Balai Polis (Lama). Pada tahun 1917, Encik Abdullah B. Said dari Kepala Batas, Seberang Perai telah menggantikan EncikYusof B. Ahmad sebagai Guru Besar. Beliau mengajar bersama Tn. Haji Puteh B. Saad, iaitu anak tempatan Junjong pertama dilantik menjadi guru berkelulusan Darjah Empat. 

Tahun demi tahun perkembangan sekolah ini meningkat maju dan bilangan muridnya juga bertambah. Murid-murid ketika itu datangnya dari sekitar Mukim Junjung dan Tasek Junjong, Seberang Perai. Pada tahun 1920, pihak kerajaan telah membina sebuah bangunan besar dan kukuh beratapkan genting dan bertiangkan batu. Sebuah rumah guru juga didirikan. Bangunan tersebut merupakan bangunan sekolah dan rumah guru pertama didirikan di daerah ini.

Pada tahun 1957, kerajaan telah membina sebuah lagi bangunan yang mempunyai dua buah bilik darjah, sebuah pejabat Guru Besar dan sebuah stor. Sebuah bangunan berkembar juga didirikan sebagai rumah guru. Bagi menampung kekurangan bilik darjah, maka pihak pentadbiran sekolah ini telah menjadikan dua bangunan awam sebagai bilik darjah iaitu rumah Pak Wan Kassim dan gudang bekas simpanan minyak tanah kepunyaan Jabatan Kastam. Kedua-duanya terletak dalam kawasan sekolah. 

Menjelang tahun 1975, sebuah bangunan dua tingkat telah dibina bagi menampung kekurangan bilik darjah. Bangunan ini telah dirasmikan oleh Yang Amat Berhormat Dato’ Seri Mahathir B. Mohammad pada 02 Mei 1977 yang ketika itu Menteri Pelajaran Malaysia. Sebuah bangunan tiga tingkat yang dibiayai oleh Projek Bank Dunia telah dibina pada tahun 1983. Pembinaan bangunan tersebut adalah bukti nyata yang menunjukkan perkembangan dan pertambahan bilangan muridnya yang begitu pesat. 

Pada tahun 1998, sebahagian murid di sini yang tinggal di sekitar Kampung Permatang Tiong dan Air Puteh, telah bertukar pindah ke sekolah baru iaitu SK Permatang Tiong. Sehingga kini murid sekolah ini telah menjangkau 352 orang pada tahun 2005 dan guru-guru pula telah bertambah kepada 26 orang serta seorang Pembantu Tadbir, dan seorang Pekerja Am Rendah. Dalam menjaga dan mengawal kebersihan dan keselamatan sekolah, pekerja swasta seramai tiga orang telah ditempatkan serta empat orang jaga untuk mengawal sekolah 24 jam. 

Bangunan-bangunan lama seperti dewan , satu blok kelas serta dua buah rumah pekerja dan sebuah rumah guru lama telah dilupuskan dan dirobohkan pada tahun 2004. Sebuah kelas lama telah dibaik pulih dan dinaik tarafkan untuk dijadikan sebuah kelas Pra sekolah. Kelas tersebut telah bermula pada tahun 2003 dengan pelajar seramai 25 orang. Pn Faezah Hashim merupakan guru Pra sekolah pertama dan dibantu oleh Cik Nor Hanim. Dalam usia yang matang ini, sekolah ini telah dapat melahirkan ramai pelajar yang berjaya untuk menyandang berbagai jawatan penting dalam kerajaan dan swasta. 

Kini sekolah ini mempunyai 2 buah bangunan belajar, sebuah kantin, sebuah surau, sebuah makmal ICT dan sebuah tandas yang dibina secara berasingan bagi penempatan masa banjir kerana sekolah telah dijadikan Pusat Petempatan Banjir mulai tahun 2016.