Pada awalnya SKB dibina di Kampung Makam Kota Tinggi, pada tahun 1899 yang merupakan sekolah pertama dan tertua di daerah Kota Tinggi. Guru Besar pertamanya ialah Encik Awang Perancis. Kemudian dipindahkan ke bangunan lain di Jalan Idris  dan dinamakan sebagai Sekolah Melayu Kota Tinggi. Pada tahun 1926, berpindah  di tepi Sungai Johor, Kota Tinggi. Bangunan lama masih kekal hingga kini sebagai Dewan Seri Warisan, Pejabat Pendidikan Kota Tinggi.

Pada tahun 1939, sebuah sekolah baru dibina bersebelahan bangunan asal khas untuk murid-murid lelaki dikenali sebagai Sekolah Lelaki Melayu Kota Tinggi. Sekolah Asal dikenali sebagai Sekolah Perempuan Melayu Kota Tinggi.

Pada tahun 1940, sekolah digabungkan dan dinamakan sebagai Sekolah Melayu Bandar Kota Tinggi. Tuan Haji Syed Abd Rahim bin Syed Muhammad sebagai Guru Besar. Sekolah Melayu Bandar Kota Tinggi terletak di 114, Jalan Omar, 81900 Kota Tinggi telah ditukar nama sebagai Sekolah Kebangsaan Bandar Kota Tinggi. Pada 8 April 2019 SKB telah dipilih sebagai Sekolah Tranformasi 2025 (TS25) kohort 4. 

Kedudukan SK Bandar di PTB 2337 berdasarkan warta kerajaan bertarikh 10.03.1938 dengan keluasan 0.686 hektar atau 1.695 ekar.

Terkini, sekolah ini mempunyai 3 blok bangunan 4 tingkat, 1 blok bangunan 3 tingkat dan 1 blok bangunan 2 tingkat dengan keluasan tapak lebih kurang 0.8 hektar. Melaksanakan  persekolahan satu sesi dengan bilangan kelas perdana 17 kelas dan 2 kelas pra sekolah. Komposisi murid datangnya dari lebih 15 lokasi petempatan bandar dan pinggir bandar. Encik Zainurin bin Sabtu sebagai Guru Besar. Populasi SKB terdiri dari guru seramai 40 orang, murid tahun 1 hingga tahun 6 seramai 496 orang dan  Prasekolah seramai  50 orang. Terdapat AKP seramai 5 orang , pengawal keselamatan swasta seramai  4 orang dan pekerja pembersihan swasta seramai  4 orang. Kedudukan SK Bandar adalah bersebelahan Pejabat Pendidikan Daerah Kota Tinggi di tepi Sungai Johor yang indah.