Sekolah Berasrama Penuh Integrasi Kubang Pasu mula dibina pada 13 Januari 2003 dengan kos RM 37 juta dan keluasan 64 ekar. IKUPS adalah salah sebuah Sekolah Berasrama Penuh yang terletakdi Bukit Kayu Hitam dan mula beroperasi pada 4 Julai 2004. Sekolah ini adalah Sekolah Berasrama Penuh Integrasi ke-12.

 Integrasi adalah gabungan pelbagai aliran di peringkat menengah atas. Ini bererti di tingkatan 4 dan 5 murid akan ditempatkan sama ada di Sains Tulen Agama atau Sains Tulen. Sementara di Tingkatan 1, 2 dan 3 murid diwajibkan mengambil  Bahasa Arab dan salah satu matapelajaran Bahasa Antarabangsa yang lain sama ada Bahasa Jepun, Bahasa Perancis atau Bahasa Mandarin.