Penubuhan Sekolah Menengah Permatang Tok jaya telah diusahakan oleh YB Datuk Seri Mohd Shariff bin Hj. Omar, Ahli Parlimen Tasek Gelugor di atas kawasan seluas 13 ekar dan telah mula dibina pada tahun 1992.
Pada tahun 2003 SMK Permatang Tok Jaya telah terpilih sebagai sekolah rintis Model Khas Negeri Pulau Pinang dengan pengambilan pelajar seramai 45 orang dan jumlah guru pula seramai 12 orang. SMK Permatang Tok Jaya merupakan :
- Sekolah Kluster Kecemerlangan Fasa Ill
- Sekolah Model Khas Pulau Pinang
- Kelas Rancangan Khas (KRK)
- Kelas Kelas Aliran Agama(KAA)
- Program Pendidikan Khas Integrasi
Pemilihan pelajar bagi Program Model Khas adalah melalui ujian kelayakan yang dikendalikan oleh pihak sekolah di mana pelajar tahun 3 yang telah dicalonkan oleh sekolah akan menduduki peperiksaan dan pemilihan dibuat berdasarkan skor pelajar tersebut